マルチリージョンシークエンスによる口腔癌の発生とクローン進化機構の解明

2022 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 22K17214
• Research Institution: Dokkyo Medical University
• Principal Investigator: 福本 正知 獨協医科大学, 医学部, 講師 (00741828)
• Project Period (FY): 2022-04-01 – 2025-03-31
• Keywords: 口腔癌 / マルチリージョンシークエンス / tumor mutation burden

Outline of Annual Research Achievements

本研究は、口腔癌がどのように初期発生し、浸潤・転移をきたしていく中でどのようにクローン進化を獲得しているのかを明らかにするため、従来行われてきた“多数の口腔癌症例によるわずかな一点のゲノムシークエンス結果の比較”ではなく、“同一検体内におけるマルチリージョンでの変異解析”を行うものである。また組織内での腫瘍進展ベクトルや本来臨床的には実行困難な腫瘍組織内での時間的経過を遡って推測する、すなわち“口腔癌発生・進展の時間的・空間的多様性”も明らかにする。
より効果的なマルチリージョンシークエンスを行うためには、局所進行癌かつ遠隔転移を有する病変の選択が必要不可欠である。病変の切り出し、FFPEサンプル作製、マクロ写真撮影には一定の時間的・人的労力を要する。また多領域のNGS解析に伴うランニングコストも見込んでいる。上記観点から数十検体におよぶ解析は困難と考えている。年次ごとの研究計画として、1年次は検体処置、マルチリージョンシークエンス、結果解析の流れを確立するために、1～2検体の解析完了を目標としていた。まず本研究課題の採択を受けて、当施設の臨床研究審査委員会へ本研究計画の申請を行い、本研究課題採択の期間における臨床検体採取・使用について承認を得ることができた。また病理診断科医師と研究計画について（検体採取法、採取後の検体処理ならびにFFPEサンプル切り出しのタイミングなど）のリサーチミーティングも行った。研究計画に関わる新規アイデアについては各種学会学術大会へ参加し、最新の知見を学ぶことができた。また適当な研究検体の選定ならびに次世代シーケンス解析については、年次内に1解析を選択・委託することができた。当初の計画に合致した進捗調教であり、おおむね順調に進展していると考えている。次年度は検体選定・解析の集積について更にスピード感を持った対応を行いたい。

Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

年次ごとの研究計画として、1年次は検体処置、マルチリージョンシークエンス、結果解析の流れを確立するために、1～2検体の解析完了を目標としていた。
まず本研究課題の採択を受けて、当施設の臨床研究審査委員会へ本研究計画の申請を行い、本研究課題採択の期間における臨床検体採取・使用について承認を得ることができた。また病理診断科医師と研究計画について（検体採取法、採取後の検体処理ならびにFFPEサンプル切り出しのタイミングなど）のリサーチミーティングも行った。研究計画に関わる新規アイデアについては日本口腔腫瘍学会・日本口腔外科学会など各種学会学術大会へ参加し、最新の知見を学ぶことができた。また適当な研究検体の選定ならびにNGS解析については、年次内に1解析を選択・委託することができた。
当初の計画に合致した進捗状況であり、おおむね順調に進展していると考えている。

Strategy for Future Research Activity

引き続き当初の研究計画に沿って、研究を推進していく予定である。研究計画書から大きな変更点などはない。
より効果的なマルチリージョンシークエンスを行うためには、局所進行癌かつ遠隔転移を有する病変の選択が必要不可欠である。病変の切り出し、FFPEサンプル作製、マクロ写真撮影には一定の時間的・人的労力を要する。また多領域のNGS解析に伴うランニングコストも見込んでいる。上記観点から数十検体におよぶ解析は困難と考えている。
１年次の研究遂行状況を踏まえ、2年次では1年次の解析結果や手法をもとに、検体数を増やすことを目的とする。2～3例の追加を目指す。また１年次においては研究成果の発表は行えなかったため、累積した解析結果から得られた知見について学会発表を行いたいと考えている。

Causes of Carryover

おおむね、当該年度の所要額に沿った研究費の使用であったが、値引き交渉などにより、わずかながら4041円の残余が生じた。次年度の研究において、当初の計画予算をあわせて使用予定である。