2023 Fiscal Year Research-status Report
マイクロサテライト不安定化を指標にした個体の早期老化状態の検出
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22K17837
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| Research Institution | Waseda University |
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Principal Investigator |
隈本 宗一郎 早稲田大学, 理工学術院, 講師(任期付) (30930987)
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| Project Period (FY) |
2022-04-01 – 2025-03-31
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| Keywords | 個体老化 / マイクロサテライト不安定化 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
個体の様々な細胞種における老化細胞特異的な遺伝子発現パターンや核相異常などが明らかになりつつある。老化細胞で示唆されているマイクロサテライト不安定化に関して、配列特異性、頻度および変異導入メカニズムは明らかになっていない。従って、加齢におけるマイクロサテライト不安定化の解析を進めてきた。2023年度は12サンプルから作成したマイクロサテライトの詳細な解析を行った。取得したマイクロサテライト検出頻度は染色体の長さに応じて高くなる傾向にあった。これは散在しているマイクロサテライトが一様に検出されており、染色体長と正の相関があることでノンバイアスな解析ができていると考えられた。検出されたマイクロサテライトのカバー率は各サンプル間で検出頻度が異なっており、12サンプルで共通して検出できている領域が少ないことが判明したため、哺乳動物を用いた網羅的なマイクロサテライト解析の場合は既報のデータ量では少なくより精度向上のに向けてシークエンスを行う必要がある。次に検出されたマイクロサテライト領域特異性に関して解析した結果、ほとんどが遺伝子間領域に存在することが判明した。この結果はこれまでの報告と矛盾しない。また少数ではあるものの遺伝子のプロモーター付近やイントロン領域にあるマイクロサテライトも検出可能であった。また、これらマイクロサテライト配列はサンプル間で配列が異なっていたことから今後マーカー候補になりうる。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
2023年度は主にマウス個体サンプルから得られたマイクロサテライトシークエンスデータの解析をおこなった。配列解析の結果から、マウス個体間でマイクロサテライトの配列が変動しうる遺伝子領域候補を同定することができた。しかし、各サンプル間のマイクロサテライトのカバー率が異なっており、12サンプル間すべてで検出できた領域が少なかったことが遅れている原因である。今後は解析するデータ量を既報よりも多くシークエンスすることでカバーする。また、申請者の予期しえなかった所属の移動に伴い、加齢個体の導入ができていないため当初の研究計画からやや遅れている。
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| Strategy for Future Research Activity |
2024年度は検出されたマイクロサテライトを含む遺伝子をリスト化しカバー率を算出する。実際の老化マウス組織からマイクロサテライトライブラリーを作製して解析を行い、特に現在解析中のマイクロサテライト含有遺伝子に関して加齢個体において解析を実施する。これらマイクロサテライト配列がヒトゲノム中にも保存されているかゲノムデータベースを参照し、その保存性を確認する。
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| Causes of Carryover |
申請当初予期していない申請者の所属変更があったため、導入予定のマウスおよび試薬購入ができなかったため。
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