2023 Fiscal Year Research-status Report
珪藻ゲノムに内在化したウイルス化石の現世における生態学的意義の解明
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22K18351
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| Research Institution | Fisheries Research and Education Agency |
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Principal Investigator |
外丸 裕司 国立研究開発法人水産研究・教育機構, 水産技術研究所(廿日市), 主任研究員 (10416042)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
本郷 悠貴 国立研究開発法人水産研究・教育機構, 水産資源研究所(横浜), 主任研究員 (20737316)
山田 和正 福井県立大学, 海洋生物資源学部, 助教 (20778401)
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| Project Period (FY) |
2022-06-30 – 2026-03-31
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| Keywords | 珪藻 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
セルソーターによって1細胞がwellに分取されるが、生存している細胞の存在を確認するため、ハウスキーピング遺伝子の発現を検出できるRT-qPCR用のプライマーとプローブの設計と評価を実施した。また、ウイルス感染を1細胞で評価できるよう、ウイルス遺伝子（複製関連酵素遺伝子）についてもプライマーとプローブの設計を実施した。ハウスキーピング遺伝子の候補として、Fructose-1、6-bisphosphatase (FB)、 Heat shock protein 90 (HSP)、 Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (GAPDH)、 Phosphoglycerate kinase (PG)、 Phosphofructokinase (PF)を選定しプライマーを設計した。1細胞当たりのTotal RNAはヒト細胞の場合、12.5 pg以下の量を含むため、C. tenuissimus NIES-3715のTotal RNAを100－0.8 pgまで2倍に希釈した系列を作製し、SYBR Greenの検出系でone step RT-qPCRを実施した。結果、希釈系列でバラツキがなくプライマーダイマーがないものはGAPDHのみとなり、GAPDHのプライマーセットを生存確認用のプライマーとして利用することにした。
珪藻ゲノム内のウイルス化石を探索するための基盤作りのため、キートセロス属を中心とした珪藻複数種についてゲノムシークエンス解析ならびにアッセンブル作業を進めた。NIES-3715株についてはロングリードシークエンスを行い、これまでに取得しているゲノムのアッセンブル高度化を目指した。また、併行してゲノム内ウイルス化石の探索を継続的に行った。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
珪藻のウイルス化石探索のための基盤作りや、ウイルス化石の探索は順調に進んでいる。また、シングルセル解析についても検出系の高度化が順調に進んでいる。以上の事から、本課題は概ね順調に進んでいるものと判断した。
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| Strategy for Future Research Activity |
引き続き珪藻の中でもキートセロス属の近縁種を中心としてゲノム解析ならびにウイルス化石の探索を行う。また、シングルセル解析の高度化を進めていく。
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| Causes of Carryover |
令和5年度は実験が順調に進み、試行錯誤等による繰り返し実験による消耗品の追加が最小限におさえられた。そのため計画予算に余剰が出た。また、年度末近くにプラスチック系消耗品の納入時期などが間に合わず、社会背景による理由もあった。次年度は余剰予算を早期にプラスチック系消耗品や試薬購入等に当て、さらなる研究の加速を図る予定である。
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Research Products
(2 results)
