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2023 Fiscal Year Research-status Report

Development of 3D skeleton compound library targeting protein-protein interaction

Research Project

Project/Area Number 22K19104
Research InstitutionTokyo Institute of Technology

Principal Investigator

中村 浩之  東京工業大学, 科学技術創成研究院, 教授 (30274434)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 岡田 智  東京工業大学, 科学技術創成研究院, 准教授 (70785229)
三浦 一輝  東京工業大学, 科学技術創成研究院, 助教 (70825330)
盛田 大輝  東京工業大学, 科学技術創成研究院, 助教 (80881929)
Project Period (FY) 2022-06-30 – 2025-03-31
Keywordsタンパク質間相互作用 / α-ヘリックス / HSP90 / 低酸素郵送因子 / 3次元骨格分子
Outline of Annual Research Achievements

多くのタンパク質間相互作用(PPI)界面を形成する部分立体構造に着眼し、そのヘリックスを模倣する籠型3D骨格低分子の創出することを目的に研究を進めた。
令和5年度は、ビシクロ[3.3.1]ノナンの効率的な合成法を開発した。ビシクロ[3.3.1]ノナンは、2つの縮合した6員環からなるsp3炭素リッチな3次元足場である。合成したビシクロ[3.3.1]ノナノールのうち、いくつかのビシクロ[3.3.1]ノナン誘導体が低酸素誘導因子-1(HIF-1)による遺伝子転写を阻害することがわかった。構造活性相関研究の結果、ビシクロ[3.3.1]ノナノール中の疎水性官能基の数とカルボン酸部位が、HIF-1による遺伝子転写阻害活性と細胞増殖阻害活性の両方に重要であることが明らかになった。ビシクロ[3.3.1]ノナノールは、細胞にヒートショック応答を誘導することなく、熱ショックタンパク質(HSP)90のクライアントタンパク質の量を変動させ、HSP90のATPase活性を特異的に阻害した。これらの結果は、ビシクロ[3.3.1]ノナノールが従来のHSP90阻害剤とは異なる作用機序を持つ新規なHSP90阻害剤であることを示している。
さらに、HIF-1による遺伝子転写を阻害する化合物群から、HSP90とヒートショックファクター1(HSF1)の相互作用を阻害する化合物を見出した。詳細な検討の結果、本化合物はHSF1タンパク質の安定性を低下させることで、ヒートショックタンパク質の転写を抑制する新規作用機序を持つ化合物であることを明らかにした。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

1: Research has progressed more than it was originally planned.

Reason

当初の計画通り、PPI阻害剤のアッセイ系を構築することを達成しただけでなく、細胞にヒートショック応答を誘導することなく、熱ショックタンパク質(HSP)90のクライアントタンパク質の量を変動させ、HSP90のATPase活性を特異的に阻害する化合物を見出したことから、予定以上に進展していると評価している。

Strategy for Future Research Activity

現在、オートファジーを阻害する籠型3次元骨格分子の開発を精力的に進めており、論文発表に向けてデータをまとめている。また、他機関の研究者との共同研究も進めており、新たなPPI阻害剤の開発のための研究費の申請を進めている。最終的には、バイオ医薬品から低分子医薬品へのパラダイムシフトを指向した研究へと展開する。

Causes of Carryover

今後の研究の推進方策にも記載したように、現在、オートファジーを阻害する籠型3次元骨格分子の開発を精力的に進めており、論文発表に向けてデータをまとめている。そのための、再現性実験などに経費を計上したため、「次年度使用額」が生じた。

  • Research Products

    (15 results)

All 2024 2023 Other

All Int'l Joint Research (1 results) Journal Article (6 results) (of which Peer Reviewed: 6 results,  Open Access: 1 results) Presentation (8 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results)

  • [Int'l Joint Research] ボン大学(ドイツ)

    • Country Name
      GERMANY
    • Counterpart Institution
      ボン大学
  • [Journal Article] Development of a Peptide Sensor Derived from Human ACE2 for Fluorescence Polarization Assays of the SARS-CoV-2 Receptor Binding Domain2023

    • Author(s)
      Okada Satoshi、Muto Yuka、Zhu Bo、Ueda Hiroshi、Nakamura Hiroyuki
    • Journal Title

      Analytical Chemistry

      Volume: 95 Pages: 6198~6202

    • DOI

      10.1021/acs.analchem.2c05818

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Peptide Cyclization by the Use of Acylammonium Species2023

    • Author(s)
      Shamoto Otoka、Komuro Keiji、Sugisawa Naoto、Chen Ting‐Ho、Nakamura Hiroyuki、Fuse Shinichiro
    • Journal Title

      Angewandte Chemie International Edition

      Volume: 62 Pages: e202300647

    • DOI

      10.1002/anie.202300647

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Asymmetric Synthesis of Bicyclic Isoxazolines via Dearomative Cycloaddition of 4-Nitroisoxazoles with Zwitterionic π-Allyl Palladium Species2023

    • Author(s)
      Morita Taiki、Ito Non、Nakamura Hiroyuki
    • Journal Title

      Organic Letters

      Volume: 25 Pages: 4787~4791

    • DOI

      10.1021/acs.orglett.3c01324

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Discovery of three-dimensional bicyclo[3.3.1]nonanols as novel heat shock protein 90 inhibitors2023

    • Author(s)
      Miura Kazuki、Joshi Manjusha、Morita Taiki、Nakamura Hiroyuki
    • Journal Title

      Bioorganic & Medicinal Chemistry

      Volume: 93 Pages: 117463~117463

    • DOI

      10.1016/j.bmc.2023.117463

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Synthesis of the diazatricycloundecane scaffold <i>via</i> gold(<scp>i</scp>)-catalysed Conia-ene-type 5-<i>exo-dig</i> cyclization and stepwise substituent assembly for the construction of an sp<sup>3</sup>-rich compound library2023

    • Author(s)
      Doi Tomoya、Umedera Kohei、Miura Kazuki、Morita Taiki、Nakamura Hiroyuki
    • Journal Title

      Organic &amp; Biomolecular Chemistry

      Volume: 21 Pages: 8716~8726

    • DOI

      10.1039/D3OB01534C

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Methylene Insertion into Nitrogen‐Heteroatom Single Bonds of 1,2‐Azoles via a Zinc Carbenoid: An Alternative Tool for Skeletal Editing2023

    • Author(s)
      Tsuda Masato、Morita Taiki、Morita Yuto、Takaya Jun、Nakamura Hiroyuki
    • Journal Title

      Advanced Science

      Volume: 11 Pages: 2307563

    • DOI

      10.1002/advs.202307563

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] Enhancing T-cell activation: Synthesis of meta-carboranes regulating CD28 binding to SH2 domains of Grb2 and PI3K2024

    • Author(s)
      Yujie Shao, Yasunobu Asawa, Shuhei Ogawa, Saki Ochi, Atsushi Yoshimori, Masayuki Oda, Hiroyuki Nakamura
    • Organizer
      日本薬学会第144年会
  • [Presentation] HIF-1α/p300タンパク質間相互作用評価系の構築と新規阻害剤探索への展開2023

    • Author(s)
      Dhina Fitriastuti、三浦一輝、岡田智、平野弘之、長田裕之、中村浩之
    • Organizer
      日本ケミカルバイオロジー学会第17回年会
  • [Presentation] SAR転移に基づくMMP-1阻害剤の設計と実証2023

    • Author(s)
      梅寺倖平、中村浩之
    • Organizer
      第27回日本がん分子標的治療学会学術集会
  • [Presentation] Comprehensive Exploration of Chemical Space Using Trisubstituted Carboranes2023

    • Author(s)
      Hiroyuki Nakamura, Yasunobu Asawa, Yujie Shao, Kazuki Miura, Atsushi Yoshimori, Kentaro Yamada
    • Organizer
      7th International Meeting on Boron Chemistry
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] ペプチド模倣分子への応用を目指した籠型骨格の開発2023

    • Author(s)
      梅寺倖平、盛田大輝、吉森篤史、Hengwei Chen、小路弘行、Jurgen Bajorath、中村浩之
    • Organizer
      第122回有機合成シンポジウム
  • [Presentation] 新規ジアザトリシクロウンデカン骨格を基盤とする化合物ライブラリーの構築と生物活性分子の創出2023

    • Author(s)
      土井知哉、三浦一輝、梅寺倖平、盛田大輝、中村浩之
    • Organizer
      第13回CSJ化学フェスタ
  • [Presentation] Discovery of disubstituted carboranes as novel heat shock protein 90 inhibitors disrupting HSP90-HSF1 interaction2023

    • Author(s)
      Shao Yujie、三浦一輝、浅輪泰允、盛田大輝、中村浩之
    • Organizer
      第40回メディシナルケミストリーシンポジウム
  • [Presentation] Asymmetric construction of bridged oxopiperazines for peptidomimetics design2023

    • Author(s)
      Nao Yamamoto, Kohei Umedera, Taiki Morita, Hiroyuki Nakamura
    • Organizer
      12th Workshop on Organic Chemistry for Junior Chemists (WOCJC-12)
    • Int'l Joint Research

URL: 

Published: 2024-12-25  

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