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2023 Fiscal Year Research-status Report

ヒト全ゲノム解析を用いて染色体に挿入された老化ウイルスを解明する

Research Project

Project/Area Number 22K19711
Research InstitutionYamaguchi University

Principal Investigator

水上 洋一  山口大学, 大学研究推進機構, 教授 (80274158)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 杉野 法広  山口大学, 大学院医学系研究科, 教授 (10263782) [Withdrawn]
諌山 慧士朗  山口大学, 大学研究推進機構, 助教 (30780887)
渡邉 健司  山口大学, 大学研究推進機構, 助教 (50711264)
Project Period (FY) 2022-06-30 – 2025-03-31
Keywords子宮筋腫 / 全ゲノム / ウイルス
Outline of Annual Research Achievements

手術による子宮筋腫摘出組織から正常領域と病変部位を分離し、サンプルの凍結保存を行う。50症例についてRNAやDNA抽出は行われた。6例の子宮組織から全ゲノムDNAを抽出し、コバリス(所有)で300bpの長さに断片化し、DNAライブラリーを作製後、大型次世代シーケンサNova-seq(所有)でペアエンドシーケンスを行い、データをトリミング後、専用ソフトGenomic Workbench(所有)を用いてヒトゲノムにマップさせヒト全ゲノム配列の解析を行った。ヒトゲノムにマッピングされないリードをde novoで結合させ、連結されたリードをK-mer法を用いてコンピュータ上で仮想20塩基の連続断片を作製する。同時に既知の全てのウイルス配列を連結された全ウイルス参照配列を作製し各断片を自動的に照合させ、ウイルス断片の挿入領域と挿入ウイルスを確定した。ウイルス配列が多数検出されたが、ウイルス特異的な遺伝子解析ではこれらの配列は一致せず、データの精度を確認している。各組織からRNAを抽出し、Oligo dTでmRNAを精製後にライブラリを作製し、全RNAを次世代シーケンサー(Next-seq 現有)で解析する。解析データを正規化し多変量解析で老化や疾患に関する遺伝子群を選択し60万件の論文データを収載したデータベースからパスウエイ解析で経路を解明した.

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

3: Progress in research has been slightly delayed.

Reason

全ゲノム解析の解析ソフトや試薬に問題があり、問題点を解明している。全ゲノムのデータ量は非常に大きいため、1回の解析条件変更で1週間以上コンピュータが動き続けるため、解析に長時間がかかっている。

Strategy for Future Research Activity

全ゲノム解析のデータ量を増やし擬陽性を排除することで精度の高いデータが得られると考えている。

Causes of Carryover

実験施設の外壁補修工事が4ヶ月間あり、この期間は振動が発生したため、機器の稼働ができなかった。このため期間内に予算の執行が不可能になった。未使用分については全ゲノム解析の試薬などに充当する。

  • Research Products

    (8 results)

All 2024 2023 Other

All Journal Article (3 results) (of which Peer Reviewed: 3 results,  Open Access: 2 results) Presentation (4 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Multiple recombination events between endogenous retroviral elements and feline leukemia virus2024

    • Author(s)
      Ngo Minh Ha、AbuEed Loai、Kawasaki Junna、Oishi Naoki、Pramono Didik、Kimura Tohru、Sakurai Masashi、Watanabe Kenji、Mizukami Yoichi、Ochi Haruyo、Anai Yukari、Odahara Yuka、Umehara Daigo、Kawamura Maki、Watanabe Shinya、Miyake Ariko、Nishigaki Kazuo
    • Journal Title

      Journal of Virology

      Volume: 98 Pages: -

    • DOI

      10.1128/jvi.01400-23

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Ethanolamine plasmalogens derived from whale brain stimulate both follicle‐stimulating hormone and luteinizing hormone secretion by bovine gonadotrophs2023

    • Author(s)
      Saito Risa、Bando Takeharu、Kotaniguchi Miyako、Tamura Tsutomu、Kuno Tomoe、Watanabe Kenji、Mizukami Yoichi、Kitamura Shinichi、Kadokawa Hiroya
    • Journal Title

      Animal Science Journal

      Volume: 94 Pages: 1-15

    • DOI

      10.1111/asj.13839

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Human TMEM2 is not a catalytic hyaluronidase, but a regulator of hyaluronan metabolism via HYBID (KIAA1199/CEMIP) and HAS2 expression2023

    • Author(s)
      Sato Shinya、Miyazaki Megumi、Fukuda Shinji、Mizutani Yukiko、Mizukami Yoichi、Higashiyama Shigeki、Inoue Shintaro
    • Journal Title

      Journal of Biological Chemistry

      Volume: 299 Pages: 104826~104826

    • DOI

      10.1016/j.jbc.2023.104826

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] Human TMEM2 is not a hyaluronidase but a regulator of hyaluronan metabolism.2023

    • Author(s)
      Shinya Sato, Megumi Miyazaki, Shinji Fukuda, Yukiko Mizutani, Yoichi Mizukami, Shigeki Higashiyama, Shintaro Inoue
    • Organizer
      第1回国際研究皮膚科学会
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 子宮内膜の加齢に伴う機能低下に関与する遺伝子経路の解明2023

    • Author(s)
      諌山慧士朗、渡邉健司、水上洋一
    • Organizer
      第46回日本分子生物学会年会
  • [Presentation] 乳癌組織のミトコンドリア遺伝子体細胞変異はエネルギー代謝経路を変化させる2023

    • Author(s)
      渡邉 健司、山本 滋、前田 訓子、西村 愛代、諌山 慧士朗、八木 美佳子、康 東天、岡 正朗、永野浩昭、水上 洋一
    • Organizer
      第96回日本生化学会大会
  • [Presentation] メラノーマ罹患犬由来腫瘍浸潤性T細胞の抗原受容体レパートリー解析2023

    • Author(s)
      堀内風花、岡本憲明、山内章寬、工藤綾乃、渡邊健司、水上洋一、永根大幹、金井詠一、高木哲、山下匡、佐藤祐介、川本恵子、岡本まり子
    • Organizer
      第166回 日本獣医学会
  • [Remarks] 山口大学遺伝子実験施設

    • URL

      http://gene.yamaguchi-u.ac.jp

URL: 

Published: 2024-12-25  

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