2022 Fiscal Year Research-status Report
ニューロンの多階層エピジェネティクス情報の潜在変数モデルによる記憶の解明
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22K19823
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| Research Institution | The University of Tokyo |
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Principal Investigator |
岸 雄介 東京大学, 定量生命科学研究所, 准教授 (00645236)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
水野 忠快 東京大学, 大学院薬学系研究科(薬学部), 助教 (90736050)
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| Project Period (FY) |
2022-06-30 – 2024-03-31
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| Keywords | エピゲノム / ニューロン / 老化 / テンソル分解 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
ニューロンの老化におけるエピゲノム変化を調べるために2ヶ月齢と2年齢以上のマウスを用意し、大脳皮質と海馬を回収した。そして、NeuN陽性のニューロン核を単離し、RNA-seq、ATAC-seqとCUT&Tagにて9種類のエピゲノム修飾を調べた。このエピゲノム情報を用いて、分担者のの水野忠快先生との共同研究によりATACとCUT&Tagの10種類の統合的解析を実施した。その結果、海馬の若齢・老齢ニューロンは遺伝子発現では区別できないが、エピゲノム情報により区別できることがわかった。
この結果は、まさに本研究が目指す多階層エピゲノム情報からニューロンや個体の状態ができるということを示唆している。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
1: Research has progressed more than it was originally planned.
Reason
抑制性エピゲノムのテンソル分解により、ニューロンの老化を予測することができた。これはまさに本研究の目的である、多階層エピゲノム情報からニューロンや個体の状態を予測する、という解析である。
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| Strategy for Future Research Activity |
今後は、本年度開発した手法を、本研究の最終目的である幼少期ストレスを与えたマウスに適用し、多階層エピゲノム情報から幼少期ストレスを予測し、その原因となりうるエピゲノム変化を捉えることを目指す。
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| Causes of Carryover |
研究に必要なコンピュータが当初の計画より安価に購入することができた。次年度に、さらに計算効率を上げるために当初の計画よりハイスペックなコンピュータの購入するために使用する。
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Research Products
(12 results)
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[Journal Article] UTX deficiency in neural stem/progenitor cells results in impaired neural development, fetal ventriculomegaly, and postnatal death2022
Author(s)
Miho Koizumi, Hikaru Eto, Mai Saeki, Masahide Seki, Tsuyoshi, Fukushima, Shoichiro Mukai, Hisamitsu Ide, Yasuyuki Sera, Masayuki, Iwasaki, Yutaka Suzuki, Atsushi Tohei, Yusuke Kishi, and Hiroaki Honda
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Journal Title
The FASEB Journal
Volume: 36
Pages: e22662
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Age-associated reduction of nuclear shape dynamics in excitatory neurons of the visual cortex2022
Author(s)
Tanita Frey, Tomonari Murakami, Koichiro Maki, Takumi Kawaue, Ayaka Sugai, Naotaka Nakazawa, Taiji Adachi, Mineko Kengaku, Kenichi Ohki, Yukiko Gotoh, Yusuke Kishi
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Journal Title
bioRxiv
Volume: -
Pages: 504704
DOI
Open Access
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