Search for novel biomarkers of primary vitreoretinal lymphoma by comprehensive genetic analysis

2022 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 22K20785
• Research Institution: Tokyo Medical and Dental University
• Principal Investigator: 吉藤 康太 東京医科歯科大学, 東京医科歯科大学病院, 助教 (20830128)
• Project Period (FY): 2022-08-31 – 2024-03-31
• Keywords: 原発性眼球内リンパ腫 / 中枢神経浸潤 / 網羅的遺伝子解析 / 次世代シーケンサー

Outline of Annual Research Achievements

本研究の目的は、原発性眼球内リンパ腫(PVRL)の初発時硝子体検体を用いて次世代シーケンサーによる網羅的遺伝子解析を実施し、PVRLで反復して認められる遺伝子異常を明らかにし、新たなバイオマーカーを探索することである。また、PVRLで高頻度に認められ、予後不良に関係している中枢神経領域への進展に寄与する遺伝子異常を明らかにする。
本年度は、まず2例のPVRL患者の初発時硝子体から抽出したDNA検体の全エクソンシーケンスを実施し、遺伝子変異解析およびコピー数解析の解析パイプラインを構築した。当初10例程度で全エクソンシーケンスを実施する予定であったが、硝子体から抽出できるDNA量が少ないため、以降の検体はターゲットシーケンスを実施する方針とした。
2例の全エクソンシーケンスの遺伝子変異解析およびコピー数解析で認められた遺伝子異常(SNVs、InDels、CNVs)の結果や、全身性DLBCLや中枢神経系原発悪性リンパ腫の発症や進展に寄与していると報告される特定の遺伝子異常を抽出し、107遺伝子をカバーするカスタム遺伝子パネルを設計した。
現在設計したカスタム遺伝子パネルを用いてターゲットシーケンスを実施している。すでに、約30例のPVRL患者の初発時硝子体から抽出したDNA検体のターゲットシーケンスを実施し、遺伝子変異解析およびコピー数解析を行った。そして、PVRLで高頻度に認められる遺伝子異常の同定に成功している。

Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

ターゲットシーケンスによる遺伝子変異解析およびコピー数解析の解析パイプラインの構築、カスタム遺伝子パネルの設計はすでに終了し、30例以上のPVRL患者の初発時硝子体検体からDNAを抽出し、ターゲットシーケンスの実施ができている。また、これらの患者の臨床データも収集が終了しており、研究は順調に進行していると考える。

Strategy for Future Research Activity

引き続きターゲットシーケンスを実施し、それぞれの遺伝子異常の頻度を評価し、新たな分子標的治療の候補となる分子やシグナル伝達経路を探索していく。また、臨床データと照らし合わせて、PVRLの中枢神経進展に関与する遺伝子異常の同定や、PVRLで臨床因子と遺伝子異常を合わせた予後予測モデルを構築することを目標とする。

Causes of Carryover

現在データが順調に収集できており、次年度に学会発表や論文投稿が可能と考えている。次年度使用額を論文投稿費に使用できればと考えている。