2023 Fiscal Year Annual Research Report
メタトランスクリプトーム解析による原因不明疾患関連ウイルスの網羅的探索と解明
| Project/Area Number |
22KJ1415
|
|---|
| Allocation Type | Multi-year Fund |
|---|
| Research Institution | The Graduate University for Advanced Studies |
|---|
Principal Investigator |
熊田 隆一 総合研究大学院大学, 先導科学研究科, 特別研究員(DC1)
|
|---|
| Project Period (FY) |
2023-03-08 – 2024-03-31
|
| Keywords | バイローム |
|---|
| Outline of Annual Research Achievements |
本研究は、炎症性疾患の一因となるウイルスの網羅的同定、および、感染症疑い、だが、未鑑別の臨床検体の原因ウイルスの網羅的探索を目的とした。初年度は、申請者が構築したバイローム解析パイプラインの改良を行い、新たに、新型コロナウイルス(SARS-CoV-2)ゲノムを含むウイルスゲノム配列、細菌ゲノム配列、ファージと内在性レトロウイルスのリファレンス配列をリファレンスとして追加し、アップデートした。結果、現行の計算機環境では、解析に多大な時間がかかる事がわかったため、解析パイプラインを変更し、既存のより高速なメタゲノム解析ソフトウェアを用いた解析をメインに行うことにした。COVID-19の流行の影響から、新たな臨床データの提供を受けるが難しくなり、予定していた解析ができなくなったため、当初の予定を変更し、次世代シーケンスデータが登録されている公共データベース(SRA)に含まれているデータから、ヒトに関連するものを中心に解析することにした。その結果、ヒト胎盤とウイルス感染の関連が新たに見出された。二年目、三年目は、ヒト胎盤とウイルス感染の関連が新たに見出されたため、それらについてバイオインフォマティクス解析を進めた。ファージの有無で遺伝子発現変動解析を行ったが、有意な発現変動は見られなかった。また、バイロームを構成する要因として、ウイルス感染と宿主の獲得免疫に関する研究を行い、Kumata and Sasaki. PRSB 2022や学会発表を行った。
|
