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2022 Fiscal Year Annual Research Report

Elucidation of amplification mechanism of epigenetics through liquid-liquid phase separation

Research Project

Project/Area Number 22J21167
Allocation TypeSingle-year Grants
Research InstitutionKonan University

Principal Investigator

鶴田 充生  甲南大学, フロンティアサイエンス研究科, 特別研究員(DC1)

Project Period (FY) 2022-04-22 – 2025-03-31
Keywordsエピジェネティック修飾 / 液液相分離現象 / 四重らせん構造
Outline of Annual Research Achievements

エピジェネティック修飾による微視的な官能基レベルの変化が、クロマチン形成を介し遺伝子発現を劇的に制御して、細胞の分化や運命を決定づける巨視的な効果をもたらす。にもかかわらず、微視的化学変化を巨視的細胞変化に結び付ける分子機構の詳細は明らかではない。さらに、ヘテロクロマチンは液液相分離現象(LLPS)によって可逆的・動的に形成される液滴であることが報告されている。しかし、エピジェネティック修飾が、核酸-タンパク質相互作用やLLPSにどのような影響を及ぼすかは全く明らかになっていない。これまでに、細胞内LLPSの一種であるストレス顆粒の内部には、四重らせん構造(G4)を形成するRNAが豊富に含まれていることが知られている。さらに、RNAは様々なエピジェネッティック修飾を受けることも知られている。そこで本研究では、マクロなエピジェネティック修飾とメゾスコピックな液液相分離現象(LLPS)の定量的相関(QREL: Quantitative Relationship of Epigenetic modification - LLPS ability)を解明する。そのために、初年度ではまずG4形成DNAおよびRNAとRGGモデルペプチドを用いてLLPSモデルシステムの構築を試み、この内容に関連する原書論文を投稿した。同時に、様々なタンパク質由来のRGGドメインや、既にG4と結合することが知られているタンパク質群についてもG4とのLLPSの検討を試みた。そのほか、文献調査や実験結果の議論などを進め、研究の推進に有用な知見が得られた。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

研究初年度である本年の達成目標は、G4を形成するRNAとカチオン性のペプチドを用いたLLPSのモデルシステムを構築することであった。これについては、筋萎縮性側索硬化症の原因遺伝子由来のRNAとRNA結合タンパク質が共通してもつドメインであるRGGドメインを模倣したペプチドを用いることで達成した。さらにはRNAの二次構造をG4から二重鎖への遷移を誘起することによる液滴の分解方法も確立することができた。また、エピジェネティック修飾を施したDNAを用いて、エピジェネティック修飾がLLPSに及ぼす影響についての定量解析も進めている。以上のことから、2022年度については、おおむね順調に研究が進展しているといえる。

Strategy for Future Research Activity

2022年度に構築したモデル系を用いて、①エピジェネティック修飾が核酸の二次構造の構造安定性に対する影響を定量する。また、当初の計画通り、②核酸に対するエピジェネティック修飾が液滴形成能に及ぼす影響やその相関を定量することを進める。さらには、より長鎖のDNAを合成することや、エピジェネティック修飾を行う酵素を用いることで、細胞内環境を模倣した条件下でも同様の定量を行う。その後に、③細胞内の液滴に対するエピジェネティクスの影響についても検討を進める。

  • Research Products

    (8 results)

All 2023 2022

All Journal Article (1 results) (of which Peer Reviewed: 1 results) Presentation (7 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results)

  • [Journal Article] Controlling liquid-liquid phase separation of G-quadruplex-forming RNAs in a sequence-specific manner2022

    • Author(s)
      Mitsuki Tsuruta, Takeru Torii, Kazuki Kohata, Keiko Kawauchi, Hisae Tateishi-Karimata, Naoki Sugimoto, and Daisuke Miyoshi
    • Journal Title

      Chem. Commun.

      Volume: 58 Pages: 12931-12934

    • DOI

      10.1039/D2CC04366A

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] エピジェネティック修飾のメチル化はDNAグアニン四重鎖とアルギニンリッチなペプチドによる液滴形成を抑制する2023

    • Author(s)
      itsuki Tsuruta, Takeru Torii, Kazuki Kohata, Keiko Kawauchi, Hisae Tateishi-Karimata, Naoki Sugimoto, and Daisuke Miyoshi
    • Organizer
      日本化学会 第103春季年会
  • [Presentation] Development for regulation method of phase separation induced by nucleic acid which causes neurodegenerative diseases2022

    • Author(s)
      itsuki Tsuruta, Takeru Torii, Kazuki Kohata, Keiko Kawauchi, Hisae Tateishi-Karimata, Naoki Sugimoto, and Daisuke Miyoshi
    • Organizer
      第11回国際被嚢動物学会議
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Dissolution of RNA G-quadruplex droplet via nucleic acid structure transition2022

    • Author(s)
      itsuki Tsuruta, Takeru Torii, Kazuki Kohata, Keiko Kawauchi, Hisae Tateishi-Karimata, Naoki Sugimoto, and Daisuke Miyoshi
    • Organizer
      XXIV International Table on nucleosides, nucleotides and Nucleic acids
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] グアニン四重らせん構造が形成する液滴の核酸配列特異的制御2022

    • Author(s)
      itsuki Tsuruta, Takeru Torii, Kazuki Kohata, Keiko Kawauchi, Hisae Tateishi-Karimata, Naoki Sugimoto, and Daisuke Miyoshi
    • Organizer
      第16回バイオ関連化学シンポジウム
  • [Presentation] Redissolution of Nucleic Acid-containing Droplet via Nucleic Acid Secondary Structure Transition2022

    • Author(s)
      itsuki Tsuruta, Takeru Torii, Kazuki Kohata, Keiko Kawauchi, Hisae Tateishi-Karimata, Naoki Sugimoto, and Daisuke Miyoshi
    • Organizer
      第12回CSJ化学フェスタ2022
  • [Presentation] Redissolution of RNA G-quadruplex droplet via nucleic acid secondary structure transition2022

    • Author(s)
      itsuki Tsuruta, Takeru Torii, Kazuki Kohata, Keiko Kawauchi, Hisae Tateishi-Karimata, Naoki Sugimoto, and Daisuke Miyoshi
    • Organizer
      The 49th International Symposium on Nucleic Acids Chemistry
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Nucleic acid secondary structure transition regulates liquid-liquid phase separation2022

    • Author(s)
      itsuki Tsuruta, Takeru Torii, Kazuki Kohata, Keiko Kawauchi, Hisae Tateishi-Karimata, Naoki Sugimoto, and Daisuke Miyoshi
    • Organizer
      ナノバイオ交流会

URL: 

Published: 2023-12-25  

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