2022 Fiscal Year Annual Research Report
メンブレンベシクルゲノム解析による根圏細菌間相互作用の解明
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22J01184
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| Allocation Type | Single-year Grants |
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| Research Institution | Institute of Physical and Chemical Research |
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Principal Investigator |
島崎 智久 国立研究開発法人理化学研究所, バイオリソース研究センター, 特別研究員(PD)
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| Project Period (FY) |
2022-04-22 – 2025-03-31
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| Keywords | メンブレンベシクル / ゲノム解析 / 遺伝子水平伝播 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究では細菌が生産するメンブレンベシクルに着目し、その植物根圏における細菌間遺伝子水平伝播への関与を明らかにすることを目的としている。モデル細菌叢を構築するため、タバコ根より20菌株の細菌を単離し、PacBioシークエンス解析によりその全ゲノム配列を決定した。一方で、シークエンスに十分な核酸をメンブレンベシクルから単離することが困難であったため、今後メンブレンベシクルの単離・精製法に改良が必要である。また、細菌から単離したメンブレンベシクルを宿主植物に接種する実験系を構築し、細菌間相互作用に加えメンブレンベシクルの宿主植物への影響を評価することが可能となった。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
根圏における細菌間遺伝子水平伝播を再現するためのモデル細菌叢の構築およびその全ゲノム配列解析は予定通り完了した。一方、細菌メンブレンベシクルからシークエンス解析に十分量の核酸を抽出できす、メンブレンベシクルを介して細菌間を移動する候補遺伝子の決定が困難となっており、進捗に遅れが出ている。
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| Strategy for Future Research Activity |
メンブレンベシクルからの核酸抽出方法を検討する。具体的には培養スケールのアップや限外ろ過によるメンブレンベシクルの濃縮を検討する。これにより核酸濃度の改善が見られた場合は、シークエンス解析を行いメンブレンベシクル内に含まれる核酸配列を決定する。また、今後はメンブレンベシクルを接種した植物のトランスクリプトーム解析により、メンブレンベシクルが宿主植物に及ぼす影響に関しても解析していく予定である。
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