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2013 Fiscal Year Annual Research Report

特異なクラスター活性中心をもつ酸化還元金属酵素の生物無機化学

Research Project

Project/Area Number 23000007
Research InstitutionNagoya University

Principal Investigator

巽 和行  名古屋大学, 物質科学国際研究センター, 特任教授 (10155096)

Project Period (FY) 2011-05-31 – 2016-03-31
Keywordsクラスター / 酸化還元酵素 / ニトロゲナーゼ / ヒドロゲナーゼ / COデヒドロゲナーゼ
Research Abstract

本年度も研究は順調に進み、以下に示す予想以上の重要な成果が得られた。
(1)酸化型および還元型P-クラスターのモデルとなる[Fe8S7]クラスターの合成 : 従来のP-クラスター骨格合成で用いてきたチオールの代わりに、シリル置換基をを持つよりかさ高いチオールHSTbt (Tbt=2,4,6-{CH(SiMe3)2}3C6H2)を用いることにより、P-クラスター[Fe8S7]骨格の4つの鉄原子にTbtチオラート配位子と2つのEt20が配位したP-clusterモデルの合成に成功した。これまでは鉄原子にアミドが配位していたが、今回合成したモデルクラスターはニトロゲナーゼP-clusterの配位環境をほぼ再現している。興味深い事に、新モデルクラスターにおいても鉄原子の酸化数は2Fe(III)-6Fe(II)であり、提案されているニトロゲナーゼP-clusterの酸化状態よりも2電子少ない。ニトロゲナーゼP-clusterの鉄酸化状態の再考を促す重要な発見である。
(2)超高酸化状態をとる[Fe4S4]クラスターの骨格変換反応 : 生体内ではフェレドキシン[Fe4S4]クラスターが酸素と反応して[Fe2S2]クラスターへ変換すると提案されているが、合成化学的な証明はない。我々は、超高酸化型[Fe4S4]クラスターである[Fe4S4{N(SiMe3)2}4]が供与性配位子(ピリジン)の存在下で容易に[Fe2S2]クラスターに解裂することを見出した。この反応は可逆的におこり、生体内でも[Fe4S4]クラスターから[Fe2S2]クラスターが生成する可能性を初めて示すとともに、安定とされる[Fe4S4]クラスターの骨格変換に関する常識を覆した。
(3) DPORを利用した人工酵素構築 : ニトロゲナーゼに酷似したDPORのNB-タンパク質を利用し、合成した金属クラスターの導入による人工金属酵素を構築する目的で、Pchlide結合キャビティを構成する2つの残基(BchN-Phe393, BchB-Leu41)を、金属クラスターの配位に関与できるようにシステイン残基に改変した変異NB-タンパク質を調製した。X線結晶構造解析を行い、人工金属クラスターを包含できる空間と立体配置をもつことが明らかとなった。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

1: Research has progressed more than it was originally planned.

Reason

研究実績の概要に述べたように、今年度は当初予定していた以上の研究の進展が見られた。特に、ニトロゲナーゼP-clusterのモデル研究では下記の特筆すべき成果をあげることができた。
1)これまでP-clusterモデルとして、鉄上にアミド配位子をもつクラスターの合成には成功していたが、今回、そのアミド配位子がすべてチオラートに置換され、最もP-clusterを高精度に再現したモデルを構築に成功した。その結果、ニトロゲナーゼP-clusterの鉄原子の酸化状態に関する従来の定説を見直す必要性が示唆する成果が得られた。
2)超高酸化型[4Fe-4S]クラスターに関する独自の研究から、これまで化学的には困難であるとされていた、[4Fe-4S]骨格から[2Fe-2S]骨格への可逆な変換反応を発見し、生体内で進行する鉄硫黄クラスターの構造変化に関する重要な知見を与えた。
また、アセチルCoA合成酵素や[NiFe]ヒドロゲナーゼのモデル研究も順調に進捗している。アセチルCoA合成酵素の2核ニッケル構造のより優れた構造モデルの合成を達成するとともに、還元型[NiFe]ヒドロゲナーゼの優れたモデル錯体の合成にも成功した。さらに、生化学分野との共同研究も順調で、ニトロゲナーゼ類似のDPOR酵素の研究において、合成した金属硫黄クラスターを導入できるシステイン部位を挿入した改変DPORタンパク質の創製を達成した。

Strategy for Future Research Activity

独自に開拓した金属硫黄クラスター合成概念を駆使して、酸化還元金属酵素のクラスター活性中心に関する本研究は順調に成果をあげている。今後も、これまでの研究推進方策に基づいて以下の各研究課題を引き続き強力に推進する。
〈ニトロゲナーゼ活性中心〉
本研究グループで確立した非極性溶媒中での鉄硫黄クラスター合成の考え方を発展させ、モリブデンを含む金属硫黄クラスターの合成に取り組み、ニトロゲナーゼFeMo-coモデルの構築を前進させる。一方、P-clusterの構造モデルはほぼ達成されたので、その成果を基にP-cluster骨格の電子状態と酸化還元過程の詳細な検討を行う。さらに、生化学者との共同研究も引き続き進め、ニトロゲナーゼの特異な構造を持つクラスター活性中心がタンパク質環境下で構築される仕組みの解明をめざす。また、DPOR酵素の活性中心をニトロゲナーゼ様金属硫黄クラスターに置換する共同研究を進めて、ニトロゲナーゼ機能とDPOR機能の関連性について調べる。
〈アセチルCoA合成酵素活性中心〉
2核ニッケル活性中心モデルの合成はほぼ完了しており、今後は電子移動を担う鉄硫黄クラスター部位と連動した酸化還元挙動の仕組みを解明する研究へと展開しつつ、アセチルCoAを触媒的に生合成する酵素機能のモデル反応に関する研究を深化させる。
〈[NiFe]ヒドロゲナーゼ活性中心〉。
これまで酸化型および還元型ヒドロゲナーゼ活性中心のモデル錯体合成を成功裏に進めてきた。
今後は、各型のモデル錯体の化学特性を明らかにしつつ、ヒドロゲナーゼ酵素機能を模する反応の開拓に努め、酵素反応機構の解明に資する成果をあげたい。
〈光化学系II酸素発生中心〉
光化学系II酸素発生中心の構造モデル構築として、Caを含むMn/Ca/Oクラスターの合成研究を継続して推進する。これまで培った鉄硫黄クラスター合成のノウハウを生かし、かさ高いアルコキシド配位子を利用してマンガン酸素(ヒドロキシド)クラスターモデルの高度化を行う。特に高酸化状態のマンガンを含むクラスターの構築に焦点をあてる。

  • Research Products

    (32 results)

All 2014 2013 2012

All Journal Article (12 results) (of which Peer Reviewed: 11 results) Presentation (20 results) (of which Invited: 20 results)

  • [Journal Article] Reconstitution of a sequential reaction of two nitrogenase-like enzymes in the bacteriochlorophyll biosynthetic pathways of Rhodobacter capsulatus2014

    • Author(s)
      Yamamoto, H., Kato, M., Yamanashi, K., and Fujita, Y.
    • Journal Title

      Biochemical and Biophysical Research Communications

      Volume: 448 Pages: 200-205

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2014.04.087

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Coupling of an N-Heterocyclic Carbene on Iron with Alkynes Forming η5-Cyclopentadienyl-Diìmine Ligands.2014

    • Author(s)
      T. Hatanaka, Y. Ohki, K. Tatsumi
    • Journal Title

      Angew. Chem. Int. Ed

      Volume: 53 Pages: 2727-2729

    • DOI

      10.1002/ange.201309021

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Synthetic Analogues of the Active Sites of Nitrogenase and [NiFe] Hydrogenase2014

    • Author(s)
      Y. Ohki
    • Journal Title

      Bulletin of the Chemical Society of Japan

      Volume: 87 Pages: 1-19

    • DOI

      10.1246/bcsj.20130207

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Dinuclear Iron (0) Complexes of N-Heterocyclic Carbenes2014

    • Author(s)
      T. Hashimoto, R. Hoshino, T. Hatanaka, Y. Ohki, K. Tatsumi
    • Journal Title

      Organometallics

      Volume: 33 Pages: 921-929

    • DOI

      10.1021/om401039z

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Transcriptional regulators ChlR and CnfR are essential for diazotrophic growth of non-heterocystous cyanobacteria2014

    • Author(s)
      Tsujimoto, R., Kamiya, N., Fujita Y
    • Journal Title

      Proc. Natl. Acad. Sci. USA

      Volume: 111 Pages: 6762-6767

    • DOI

      10.1073/pnas.1323570111

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Snthesis of Coordinatively Unsaturated Half-Sandwich Iron Silyl Complexes Having an N-Heterocyclic Carbene Ligand and Their Reactions with H2.2013

    • Author(s)
      T. Hatanaka, Y. Ohki, K. Tatsumi
    • Journal Title

      Eur. J. Inorg. Chem

      Volume: 33 Pages: 3966-3971

    • DOI

      10.1002/ejic.201300045

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] New Synthetic Routes to Metal-Sulfur Clusters Relevant to the Nitrogenase Metallo-Clusters.2013

    • Author(s)
      Y. Ohki, K. Tatsumi
    • Journal Title

      Anorg. Allg. Chem

      Volume: 639 Pages: 1340-1349

    • DOI

      10.1002/zaac.201300081

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Catlytic Generation of Borenium Ions by Cooperative B-H Bond Activation : The Elusive Direct Electrophilic Borylation of Nitrogen Heterocycles with Pinacolborane.2013

    • Author(s)
      T. Stahl, K. e Müther, Y. Ohki, K. Tatsumi, M. Oestreich
    • Journal Title

      J. Am. Chem. Soc

      Volume: 135 Pages: 10978-10981

    • DOI

      10.1021/ja405925w

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] [3:1] Site-Diffentiated [4Fe-4S] Clusters Having One Carboxylate and Three Thiolates.2013

    • Author(s)
      T. Terada, K. Hirabayashi, D. Liu, T. Nakamura, T. Wakimoto, T. Matsumoto, and K. Tatsumi
    • Journal Title

      Inorg. Chem

      Volume: 52 Pages: 11997-12004

    • DOI

      10.1021/ic4017596

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] [NiFe]ヒドロゲナーゼ活性中心のモデル研究にける潮流と展望2013

    • Author(s)
      大木靖弘
    • Journal Title

      Bulletin of Japan Society of Coordination Chemistry

      Volume: 62 Pages: 18-21

  • [Journal Article] Nicotinamide is a specific inhibitor of dark-operative protochlorophyllide oxidoreductase, a nitrogenase-like enzyme, from Rhodobacter capsulatus2013

    • Author(s)
      Nomata, J., Kondo, T., Itoh, S., Fujita, Y
    • Journal Title

      FEBS Lett

      Volume: 587 Pages: 3142-3147

    • DOI

      10.1016/j.febslet.2013.07.054

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Completion of biosynthetic pathway for bacteriochlorophyll g in Heliobacterium modesticaldum : The C8-ethylidene group formation2013

    • Author(s)
      Tsukatani, Y., Yamamoto, H., Mizoguchi, T., Fujita, Y., Tamiaki, H
    • Journal Title

      Biochim. Biophys. Acta

      Volume: 10 Pages: 1200-1204

    • DOI

      10.1016/j.bbabio.2013.06.007

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Chemistry of Cluster Active Sites of Oxidoreductases-Drawing a Lesson from the Brilliant Functions of the Enzymes for our Future Sustainable Society-2014

    • Author(s)
      K. Tatsumi
    • Organizer
      Pure and Applied Chemistry International Conference 2014 (PACCON2014) Moving Towards Innovation in Chemistry
    • Place of Presentation
      Convention Centre (Khon Kaen, Tailand)
    • Year and Date
      20140108-10
    • Invited
  • [Presentation] 配位不飽和錯体のルテニウム-硫黄部位を反応場とするE-H (E=H, Si, B)結合活性化反応2014

    • Author(s)
      大木靖弘
    • Organizer
      新学術領域研究「分子活性化」第6回公開シンポジウム
    • Place of Presentation
      東京工業大学(目黒区, 東京都)
    • Year and Date
      2014-01-30
    • Invited
  • [Presentation] Synthesis of Iron-Sulfur Clusters Relevant to the Nitrogenase Active Sites-Flexible Nature of the Cluster Structures-2013

    • Author(s)
      K. Tatsumi
    • Organizer
      2nd Japan-France Coordination Chemistry Symposium
    • Place of Presentation
      Todaiji Culture Center (Nara, Japan)
    • Year and Date
      20131125-27
    • Invited
  • [Presentation] N-Heterocyclic Carbene Complexes of Iron for Small Molecule Activation and Transformation2013

    • Author(s)
      Y. Ohki
    • Organizer
      新学術領域研究「分子活性化」第4回若手国際シンポジウム
    • Place of Presentation
      鹿児島
    • Year and Date
      20131114-15
    • Invited
  • [Presentation] Chemistry of Cluster Active Sites of Oxidoreductases : Drawing a Lesson from the Brilliant Functions of the Enzymes for our Future Sustainable Society2013

    • Author(s)
      K. Tatsumi
    • Organizer
      6th IRTG-Graduate Externship Joint Symposium
    • Place of Presentation
      Münster University (Münser, Germany)
    • Year and Date
      20131111-13
    • Invited
  • [Presentation] Chemistry of the Nitrogenase P-Cluster2013

    • Author(s)
      K. Tatsumi
    • Organizer
      4th Asian Conference on Coordination Chemistry
    • Place of Presentation
      International Convention Center (Jeju, Korea)
    • Year and Date
      20131104-07
    • Invited
  • [Presentation] Synthesis of Iron-Sulfur Clusters Mimicking the Nitrogenase Metallo-Clusters2013

    • Author(s)
      Y. Ohki
    • Organizer
      第63回錯体化学討論会 日韓セッション
    • Place of Presentation
      琉球大学(西原町, 沖縄)
    • Year and Date
      20131102-04
    • Invited
  • [Presentation] A Flexible Nature of Iron-Sulfur Clusters Relevant to the Nitrogenase Active Sites2013

    • Author(s)
      K. Tatsumi
    • Organizer
      18th International Congress on Nitrogen Fixation
    • Place of Presentation
      Phoenix Seagaia Resort (Miyazaki, Japan)
    • Year and Date
      20131014-18
    • Invited
  • [Presentation] Chemical Synthesis of the Active Sites of Nitrogenase-Flexible Nature of Iron-Sulfide Clusters2013

    • Author(s)
      K. Tatsumi
    • Organizer
      XXXIV Reunión Bienal Real Sociedad Española de Química
    • Place of Presentation
      Universidad de Cantabria・Hall de entrada ETSIIT (Santander, Spain)
    • Year and Date
      20130915-18
    • Invited
  • [Presentation] Organometallic Chemistry of Reductases-A Clue to Building Future Sustainable Society-2013

    • Author(s)
      K. Tatsumi
    • Organizer
      9th International School of Organometallic Chemistry
    • Place of Presentation
      Centro Culturale Benedetto XIII・University of Camerino (Camerino, Italy)
    • Year and Date
      20130830-0903
    • Invited
  • [Presentation] 嫌気性生物の炭素固定に関わる金属酵素のモデル研究2013

    • Author(s)
      松本 剛
    • Organizer
      錯体化学若手の会夏の学校2013
    • Place of Presentation
      NTT北海道セミナーセンタ(札幌市)
    • Year and Date
      20130808-11
    • Invited
  • [Presentation] Synthesis and Characterization of Iron-Sulfur Cluster Molecules Mimicking the Nitrogenase Metallo-Clusters2013

    • Author(s)
      Y. Ohki
    • Organizer
      Collaborative Conference on 3D and Materials Research 2013
    • Place of Presentation
      Jeju, South Korea
    • Year and Date
      20130624-28
    • Invited
  • [Presentation] 金属酵素クラスター活性中心の生物無機化学2013

    • Author(s)
      巽 和行
    • Organizer
      豊田理研研究会
    • Place of Presentation
      豊田理学研究所(長久手市、愛知)
    • Year and Date
      2013-12-04
    • Invited
  • [Presentation] [NiFe]ヒドロゲナーゼの活性部位モデルとなる有機遷移金属錯体2013

    • Author(s)
      大木靖弘
    • Organizer
      第112回触媒討論会
    • Place of Presentation
      秋田大学(秋田市, 秋田)
    • Year and Date
      2013-09-18
    • Invited
  • [Presentation] A Flexible Nature of Iron-Sulfur Clusters Relevant to the Nitrogenase Active Sites-What We Know, and What We Do Not-2013

    • Author(s)
      K. Tatsumi
    • Organizer
      16th International Conference on Bioinorganic Chemistry (ICBIC16)
    • Place of Presentation
      Alpexpo center (Grenoble, France)
    • Year and Date
      2013-07-26
    • Invited
  • [Presentation] Chemistry of Cluster Active Sites of Oxidoreductases : Drawing a Lesson from the Brilliant Functions of the Enzymes for our Future Sustainable Society2013

    • Author(s)
      K. Tatsumi
    • Organizer
      8th International Conference of the Chemical Societies of the South-East European Countries (ICOSECS 8)
    • Place of Presentation
      University of Belgrade, Faculty of Technology and Metallurgy (Belgrade, Serbia)
    • Year and Date
      2013-06-27
    • Invited
  • [Presentation] 金属錯体の理論研究から還元系金属酵素活性中心の研究へ2013

    • Author(s)
      巽 和行
    • Organizer
      第2回例会, 有機金属部会
    • Place of Presentation
      早稲田大学(新宿区, 東京都)
    • Year and Date
      2013-06-18
    • Invited
  • [Presentation] Chemistry of Cluster Active Sites of Oxidoreductases : Drawing a Lesson from the Brilliant Functions of the Enzymes for our Future Sustainable Society2013

    • Author(s)
      K. Tatsumi
    • Organizer
      The Luigi Sacconi Foundation Memorial Lecture, Fondazione Luigi Sacconi
    • Place of Presentation
      Scientific Campus in Sesto Fiorentino (Firenze, Italy)
    • Year and Date
      2013-05-03
    • Invited
  • [Presentation] Chemistry of Cluster Active Sites of Oxidoreductases : Drawing a Lesson from the Brilliant Functions of the Enzymes for our Future Sustainable Society2013

    • Author(s)
      K. Tatsumi
    • Organizer
      The 150 Years of Politechnico di Milano
    • Place of Presentation
      Department of Chemistry, Politechnico di Milano (Milano, Italy)
    • Year and Date
      2013-05-02
    • Invited
  • [Presentation] Model Studies on Nickel Enzymes Relevant to Autotrophic Carbon Fixation2012

    • Author(s)
      Tsuyoshi Matsumoto
    • Organizer
      The 15th Joint Seminar University of Münster-Nagoya University
    • Place of Presentation
      Noyori Materials Science Laboratry (Nagoya)
    • Year and Date
      20120521-20130521
    • Invited

URL: 

Published: 2015-07-15  

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