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2014 Fiscal Year Annual Research Report

メニーコア環境での汎用計算モデル開発

Research Project

Project/Area Number 23240002
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

定兼 邦彦  東京大学, 情報理工学(系)研究科, 教授 (20323090)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 渋谷 哲朗  東京大学, 医科学研究所, 准教授 (60396893)
福永 ALEX  東京大学, 総合文化研究科, 准教授 (90452002)
胡 振江  国立情報学研究所, アーキテクチャ科学研究系, 教授 (50292769)
Project Period (FY) 2011-04-01 – 2015-03-31
Keywordsメニーコア / GPGPU / MapReduce / 並列アルゴリズム / 省スペースアルゴリズム
Outline of Annual Research Achievements

計算機の動作周波数の向上は限界に来ており,並列アーキテクチャの必要性が増加している.中でも,グラフィック処理のための専用プロセッサとして開発されたGPU を,その高い並列性を活かしてグラフィック処理以外の汎用の処理に用いるGPGPU は,安価かつ省電力で超並列環境を構築できることから注目されている.アーキテクチャに共通する特徴を元にアルゴリズムの計算時間の上界または下界を知ることは,アルゴリズムを設計する上で役に立つ.本研究では,GPGPUのための汎用計算モデルがAGPUモデルを提案する.AGPUモデルを用いてGPU アルゴリズムの計算量を解析することで,どのようなアルゴリズムがGPU に適しているかを判定できる.
まず,既存の並列ソートアルゴリズムの計算量の解析を行った.バイトニックソートの時間計算量は O(n log^2 n / p) である(n はデータ数,p はプロセッサ数).メモリアクセスの効率を測るI/O計算量は O(n/b (log_{Mb/p} n)^2) である (M, b はGPUアーキテクチャのパラメタ).また,GPU-warpsortの時間,I/O計算量はそれぞれ O(n/b log n/b),O(n/p log n/b log b) である.また,AGPUモデルでのI/O計算量の下界を求めた.それは Ω(n/b log_{M/p} n/b) であり,既存のアルゴリズムのI/O計算量は最適では無いことを示した.
次に,I/O計算量が最適な新しい並列ソートアルゴリズムを開発した.時間計算量は O(n/p log n/b log b) であり,ほぼ最適である.実際のGPUを用いた実験を行い,提案アルゴリズムがGPU-warpsortよりも1.9倍高速になることを示した.このように,GPU用の計算モデルを定義することで,既存アルゴリズムの解析を行い,そのボトルネックを発見し,新しいアルゴリズムの開発に生かすことができるようになった.

Research Progress Status

26年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

26年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (12 results)

All 2015 2014 Other

All Journal Article (6 results) (of which Peer Reviewed: 6 results,  Open Access: 2 results,  Acknowledgement Compliant: 3 results) Presentation (5 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] MEGAHIT: An ultra-fast single-node solution for large and complex metagenomics assembly via succinct de Bruijn graph2015

    • Author(s)
      Dinghua Li, Chi-Man Liu, Ruibang Luo, Kunihiko Sadakane, Tak-Wah Lam
    • Journal Title

      Bioinformatics

    • DOI

      10.1093/bioinformatics/btv033

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] A Novel Computational Model for GPUs with Applications to Efficient Algorithms2015

    • Author(s)
      Atsushi Koike, Kunihiko Sadakane
    • Journal Title

      International Journal of Networking and Computing

      Volume: 5 Pages: 26-60

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] An O(m log m)-time algorithm for detecting superbubbles2015

    • Author(s)
      Wing-Kin Sung, Kunihiko Sadakane, Tetsuo Shibuya, Abha Belorkar, Iana Pyrogova
    • Journal Title

      IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics

    • DOI

      10.1109/TCBB.2014.2385696

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] On the pathological behavior of adaptive differential evolution on hybrid objective functions2014

    • Author(s)
      Ryoji Tanabe, Alex Fukunaga
    • Journal Title

      Proceedings of the ACM/SIGEVO Genetic and Evolutionary Computation Conference

      Pages: 71-78

    • DOI

      10.1145/2576768.2598322

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Improving the performance of SHADE using linear population size reduction2014

    • Author(s)
      Ryoji Tanabe, Alex Fukunaga
    • Journal Title

      Proceedings of the IEEE Congress on Evolutionary Computation

      Pages: 1658-1665

    • DOI

      10.1109/CEC.2014.6900380

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Reevaluating Exponential Crossover in Differential Evolution2014

    • Author(s)
      Ryoji Tanabe, Alex Fukunaga
    • Journal Title

      Proceedings of Parallel Problem Solving from Nature PPSNXIII

      Pages: 201-210

    • DOI

      10.1007/978-3-319-10762-2_20

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Optimization for Iterative Queries on MapReduce2014

    • Author(s)
      Makoto Onizuka, Hiroyuki Kato, Soichiro Hidaka, Keisuke Nakano, Zhenjiang Hu
    • Organizer
      40th International Conference on Very Large Data Base (VLDB)
    • Place of Presentation
      Zhejiang University (Hangzhou, China)
    • Year and Date
      2014-09-01 – 2014-09-05
  • [Presentation] A practical, integer-linear programming model for the delete-relaxation in cost-optimal planning2014

    • Author(s)
      Tatsuya Imai, Alex Fukunaga
    • Organizer
      European Conference on Artificial Intelligence (ECAI)
    • Place of Presentation
      Clarion Congress Hotel Prague (プラハ,チェコ)
    • Year and Date
      2014-08-18 – 2014-08-22
  • [Presentation] Canadians Should Travel Randomly2014

    • Author(s)
      Erik D. Demaine, Yamming Huang, Chung-Shou Liao, Kunihiko Sadakane
    • Organizer
      41st International Colloquium on Automata, Languages and Programming (ICALP)
    • Place of Presentation
      IT University of Copenhagen (コペンハーゲン,デンマーク)
    • Year and Date
      2014-07-07 – 2014-07-11
  • [Presentation] Structural Variant Estimation Method using Multi-Mapped Reads on Breakpoints2014

    • Author(s)
      Tomohiko Ohtsuki, Naoki Nariai, Kaname Kojima, Takahiro Mimori, Yukuto Sato, Yosuke Kawai, Yumi Yamaguchi-Kabata, Tetsuo Shibuya and Masao Nagasaki
    • Organizer
      1st International Conference on Algorithms for Computational Biology (AlCoB)
    • Place of Presentation
      Catalunya Campus (Tarragona, Spain)
    • Year and Date
      2014-07-01 – 2014-07-03
  • [Presentation] DenseZDD: A Compact and Fast Index for Families of Sets2014

    • Author(s)
      Shuhei Denzumi, Jun Kawahara, Koji Tsuda, Hiroki Arimura, Shin-Ichi Minato and Kunihiko Sadakane
    • Organizer
      Symposium on Experimental Algorithms (SEA)
    • Place of Presentation
      University of Copenhagen (コペンハーゲン,デンマーク)
    • Year and Date
      2014-06-29 – 2014-07-01
  • [Remarks]

    • URL

      http://researchmap.jp/sada/

URL: 

Published: 2016-06-01  

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