2013 Fiscal Year Annual Research Report
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23241058
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| Research Institution | The University of Tokyo |
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Principal Investigator |
森下 真一 東京大学, 新領域創成科学研究科, 教授 (90292854)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
橋本 真一 金沢大学, 医学系, 特任教授 (00313099)
武田 洋幸 東京大学, 理学(系)研究科(研究院), 教授 (80179647)
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| Project Period (FY) |
2011-05-31 – 2014-03-31
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| Keywords | DNAメチル化 / 塩基置換 / 進化 / 近交系 / ヒトゲノム / メダカゲノム |
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| Research Abstract |
メチル化シトシン周辺において、非メチル化シトシン周辺と比べて塩基置換率が50%以上上昇することを、全ゲノム、全エクソン、全イントロン領域で確認した (p値 < E-2170)。さらにヒトゲノムにおける SNP 率でも確認し (p値 < E-836)、2012年にGenome Research 誌に報告した。
クロマチン構造についてもメダカを利用して別途考察したところ、初期胚、精巣において転写開始点下流でヌクレオソーム構造がアレイ状に固定して存在する遺伝子のクラスが見つかっている。これらの遺伝子には、塩基率、発現量、進化的保存度に関して共通した性質が見られており、現在論文を投稿準備中である。 なおこの研究の過程で、転写開始点周辺のヌクレオソーム分布を高速にクラスタリング分類する必要が生じ、効率的アルゴリズムを設計した。その成果はバイオインフォマティクスのアルゴリズム系専門誌であるIEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformaticsに報告した。
クロマチン構造については線虫をモデル生物として考察を行った。線虫では trans-splicing により転写開始点以降の不定長配列が SL1 leader に置き換わる現象が知られているため、まず trans-splicing を受ける前の転写開始点を収集した。その結果、転写開始点周辺で他のモデル生物と同様に、ヌクレオソーム構造がアレイ状に固定する現象が観測された。さらに SL1 サイト周辺にもヌクレオソームが固定する位置も存在している。これらは転写とヌクレオソーム構造の間の関係を解明する際に注目すべき現象である。なお、線虫の転写開始点を分析することにより、プロモータの新たなモチーフ、モチーフといくつかの転写因子の相関、bi-directional プロモータの候補領域が多数見つかった。線虫の転写制御を今後進める上で大きな足掛かりとなった。この結果は 2013年にGenome Research 誌に報告した。
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| Current Status of Research Progress |
Reason
25年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
25年度が最終年度であるため、記入しない。
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Research Products
(7 results)
