2013 Fiscal Year Annual Research Report
新型分割イントロンの切り出し因子同定に基づく真核生物ｍＲＮＡ成熟機構進化の解明
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23247038
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| Research Institution | University of Tsukuba |
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Principal Investigator |
橋本 哲男 筑波大学, 生命環境系, 教授 (50208451)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
稲垣 祐司 筑波大学, 生命環境系, 准教授 (50387958)
奈良 武司 順天堂大学, 医学(系)研究科(研究院), 准教授 (40276473)
飯田 慶 京都大学, 医学研究科, 特定助教 (00387961)
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| Project Period (FY) |
2011-11-18 – 2015-03-31
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| Keywords | イントロン / トランススプライシング / スプライソソーム / Giardia / 分子進化 |
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| Research Abstract |
Giardiaゲノムデータに対しmRNA配列をマッピングすることで分割および通常イントロンを網羅的に検出する作業を進めており、新たに2つの通常イントロンを発見した。2つは別々の hypothetical protein 遺伝子上に存在していた。この片方のイントロンに関しては、近縁のGiardia株の1つで最近失われたことが明らかとなった。これら新規イントロンのデータは現在投稿中である。
Giardiaに外来タンパク質を発現させるためのプラスミドをウプサラ大学のSvard教授から頂戴し、大腸菌により大量精製した。これを用いてタグ付きのスプライソソーム構成タンパク質をGiardia細胞内で発現させ、それと相互作用するタンパク質・RNAを網羅的に精製するための実験を計画した。タグを付す3つの候補タンパク質についてコンストラクトを作製し、現在Giardiaを形質転換するための条件検討を行っている。並行してGiardiaにGFP融合タンパク質を発現させるための実験についても条件検討を進めている。
立体構造を考慮に入れた相同性解析のレベルでGiardiaとヒトに共通に存在すると考えられるスプライソソーム関連タンパク質約30種について、真核生物全体を網羅する代表的な25生物種のデータを収集し各アミノ酸配列をアライメントした。アライメントに曖昧さを伴わない座位を選択し各タンパク質について分子系統解析を行なうためのデータセットを作製した。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
イントロン検索のためのバイオインフォマティクス解析はほぼ順調に進んでおり、検出可能なものの大部分を同定できていると考えられる。
スプライソソーム精製のための予備的な実験を完了することができた。
スプライソソーム構成タンパク質のうち、真核生物で保存的と考えられるものに関するデータの収集とアライメントが完了し、比較解析の準備が整った。
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| Strategy for Future Research Activity |
スプライソソーム精製に向けて生化学的実験を行い、Giardia特異的な構成成分を明らかにする。
スプライソソーム構成成分に関する真核生物全体での比較解析を行い、Giardiaスプライソソームの特異性についての知見を得る。
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Research Products
(2 results)
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[Journal Article] Parallel re-modeling of EF-1α function in eukaryotic evolution: Divergent, low-expressed EF-1α genes co-occur with EFL genes in diverse distantly related eukaryotes.2014
Author(s)
Kamikawa R, Brown MW, Nishimura Y, Sako Y, Heiss AA, Yubuki N, Gawryluk R, Simpson AGB, Roger AJ, Hahimoto T, Inagaki Y
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Journal Title
BMC Evol Biol
Volume: 13
Pages: -
DOI
Peer Reviewed
