4倍体起源種における未知遺伝子の単離法の確立とその応用

2011 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 23248030
• Research Institution: Tokyo University of Marine Science and Technology
• Principal Investigator: 岡本 信明 東京海洋大学, 海洋科学部, 教授 (40114912)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 坂本 崇 東京海洋大学, 海洋科学部, 准教授 (40313390) ; 二見 邦彦 東京海洋大学, 海洋科学技術研究科, 助教 (00513459)
• Keywords: ニジマス / 優性アルビノ / 候補遺伝子 / 4倍体起源種 / 染色体歩行 / ポジショナルクローニング / シンテニー解析 / BACクローン

Research Abstract

1,DNAマーカー(SSLP147)を用いた1004個体解析による優性アルビノ遺伝子座の遺伝的距離の確定
ニジマス優性アルビノ遺伝子座に強く連鎖するAFLPマーカーをSTS化したSSLP147を用いて、交配家系魚の個体数を1004個体に増やして連鎖解析を行い、優性アルビノ遺伝子座とSSLP147の遺伝的距離の確定を行なった。その結果、2個体の遺伝的組み換え個体を検出した。優性アルビノ遺伝子座とSSLP147の遺伝的距離は、0.2cMであることが明らかになった。ニジマスの遺伝的距離は、913kb/cM(Young et al., 1998)と推定されているため、優性アルビノ遺伝子座とマーカー間(0.2cM)は182.6kbと推定され、染色体歩行によって原因遺伝子の単離・同定が十分可能な遺伝的距離であると考えられた。
2,SSLP147を起点とする染色体歩行によるBACクローンの整列化に着手
SSLP147を起点に準備済みのBACライブラリーを用いて染色体歩行を行ない、BACクローンの整列化に着手した。まず初めに、SSLP147を用いて同マーカーが位置しているBACクローンを特定した。そのBACクローンの両末端部分の塩基配列を決定した後、BACライブラリーのスクリーニングを行なった。陽性クローンについて引き続き同じことを行い、陽性クローンの遺伝学的マッピングを行なって、BACクローンの整列化を行った。この場合、原因遺伝子座と異なる染色体由来(4倍体起源種であるために単離されてくる同祖染色体等)のBACクローンの選択を回避するために、BACクローン選択ごとに1004個体の解析家系を使って連鎖解析を行ない、その方向性を確認しながら染色体歩行を行った。

Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

交配家系魚の個体数を1004個体に増やして連鎖解析を行い、優性アルビノ遺伝子座とSSLP147の遺伝的距離が、0.2cMであることを明らかにした。また、染色体歩行を開始するなど、計画通り順調に進展しているため。

Strategy for Future Research Activity

SSLP147を起点とする染色体歩行によるBACクローンの整列化を継続し、遺伝的組換え率0%のBACクローンを単離・同定するため、引き続き研究を推進する。
研究計画の変更や研究を遂行する上での問題点はない。