2013 Fiscal Year Annual Research Report
４倍体起源種における未知遺伝子の単離法の確立とその応用
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23248030
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| Research Institution | Tokyo University of Marine Science and Technology |
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Principal Investigator |
岡本 信明 東京海洋大学, その他部局等, その他 (40114912)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
二見 邦彦 東京海洋大学, 海洋科学技術研究科, 助教 (00513459)
坂本 崇 東京海洋大学, 海洋科学技術研究科, 准教授 (40313390)
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| Project Period (FY) |
2011-11-18 – 2014-03-31
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| Keywords | ニジマス / 優性アルビノ / 候補遺伝子 / 4倍体起源種 / 染色体歩行 / ポジショナルクローニング / シンテニー解析 / BACクローン |
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| Research Abstract |
（１）染色体歩行によるBACクローンの整列化の継続
染色体歩行により、完全連鎖するBACクローンからさらに複数のBACクローンを単離したが、新たに遺伝的組み換えを検出する遺伝マーカーは得られなかった。BACクローン内の塩基配列に繰り返し配列が多くなったため、染色体歩行に必要なユニークな配列情報が得ることが難しくなり、染色体歩行が困難になった。
（２）単離したBACクローンの全塩基配列決定とシンテニー解析による候補遺伝子の探索
単離したBACクローンを解析し、全塩基配列を決定した。BLASTn, BLASTxなどを用いて相同検索を行なったが、BACクローン内には有用な候補遺伝子は見つからなかった。さらに、得られた塩基配列情報をコンピューターアルゴリズムを用いたin silico 遺伝子予測法であるGENSCAN により解析したが、変異の原因と考えられる候補遺伝子は特定されなかった。
（３）優性アルビノ遺伝子座のシンテニー情報を利用した候補遺伝子の探索
ゼブラフィッシュとのシンテニー情報を利用した候補遺伝子の探索を行った結果、ニジマス優性アルビノ遺伝子座と対応すると予想される領域に、ゼブラフィッシュの色素変異体sparse の原因遺伝子kita が位置することが明らかになった。そこで、Degenerate PCR によりニジマスc-kit 様遺伝子と予想される塩基配列の一部を得た。その塩基配列から連鎖解析を行った結果、ニジマス連鎖地図（雄）で優性アルビノニジマス遺伝子座と連鎖していることが確認された。さらに、ニジマスc-kit 様遺伝子を含むBACクローンを単離し、全塩基配列を決定した。ニジマスc-kit 様遺伝子の塩基配列について、正常個体とアルビノ個体とを比較した結果、転写調節領域に塩基置換は検出されたが、翻訳領域には変異は見つからなかった。
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| Current Status of Research Progress |
Reason
25年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
25年度が最終年度であるため、記入しない。
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