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2011 Fiscal Year Annual Research Report

相互依存関係を持つ異種タスクの同時処理に関するGPGPUによる高速化の研究

Research Project

Project/Area Number 23300007
Research InstitutionOsaka University

Principal Investigator

萩原 兼一  大阪大学, 大学院・情報科学研究科, 教授 (00133140)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 伊野 文彦  大阪大学, 大学院・情報科学研究科, 准教授 (90346172)
置田 真生  大阪大学, 大学院・情報科学研究科, 助教 (50563988)
Keywordsアルゴリズム / 高性能計算 / GPUコンピュティング / 生体機能シミュレーション / コンパイラ
Research Abstract

高性能計算(HPC)分野でGPGPUは有効な技術として定着している.行列積計算など特定の計算をするGPUプログラムの開発が研究の中心である.他の計算をするには他のGPUプログラムの開発が必要である.GPGPUをより広範囲で有効とするためには,次の2つのGPGPU技術の開発が不可欠と考え,その開発を研究目的としている.a)概念上,異種タスクを多数同時に処理するGPGPU技術.b)コンパイラのように任意のユーザ定義式を処理可能とするGPGPU技術.そのための具体的題材として,ユーザが生体機能記述言語により生体機能をモデルとして記述し,それをシミュレーションすることを題材に研究を進めている.
平成23年度は,常微分方程式および関数の集合で表された生体モデルを対象に,その数式群の数値解を計算する.数式に従い、単純な四則演算だけでなく指数関数などの複雑な関数も含む多種の命令をGPUが実行する必要がある.GPUは内部に多数のコアを持つ並列計算機であるが,それらのコアは複数個ごとにグループ化されており,グループごとに処理内容を統一したときに処理効率が高い.一方,処理内容を統一できない場合は,GPUでの性能向上は望めない.これを解決することが,上記a)およびb)の問題点の解決の最も重要である.
上記a)の問題点を解決するために,スタックマシンを用いたインタプリタ方式を考え,それをさらに高速化する手法を開発した.また,この手法の副産物として,b)の問題点への手がかりになっている.現在、CPUの1コアでの実行に対して,GPUでは最大で約30倍の高速化を達成した.

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

1: Research has progressed more than it was originally planned.

Reason

計画では,平成23年度は解決アイデアの検討し,平成24年度にそのアイデアをGPGPUとして実装するものであったが,実際には平成23年度中にその段階まで進んでいるため.

Strategy for Future Research Activity

GPGPUに関しては計画ステップを前倒しに実施する.なお,計算対象に関するGPGPU処理で考案した方法は,共有メモリのマルチコア・コンピュータでの実行にも適用可能なので,GPUだけでなく実行環境をマルチコアコンピュータにも拡張し,性能比較する.

  • Research Products

    (9 results)

All 2012 2011

All Journal Article (2 results) (of which Peer Reviewed: 2 results) Presentation (7 results)

  • [Journal Article] Cooperative Multitasking for GPU-Accelerated Grid Systems2012

    • Author(s)
      Fumihiko Ino, Akihiro Ogita, Kentaro Oita, Kenichi Hagihara
    • Journal Title

      Concurrency and Computation : Practice and Experience

      Volume: Vol. 24, No. 1 Pages: 96-107

    • DOI

      10.1002/cpe.1722

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] GPUによる高速な全変動最小化2011

    • Author(s)
      松田俊広, 伊野文彦, 萩原兼一
    • Journal Title

      電子情報通信学会論文誌

      Volume: J94-D巻 Pages: 852-861

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 並列シミュレータinsilicoSimにおけるモデル規模に応じたエージェント割り当て手法2012

    • Author(s)
      福井伸弥, 奥山倫弘, 置田真生, 安部武志, 浅井義之, 野村泰伸, 萩原兼一
    • Organizer
      2012年電子情報通信学会総合大会
    • Place of Presentation
      岡山大学津島キャンパス(岡山県)
    • Year and Date
      2012-03-21
  • [Presentation] GPUコンピューティングの高速化技術2012

    • Author(s)
      萩原兼一
    • Organizer
      応用物理学会
    • Place of Presentation
      早稲田大学(東京都)(招待講演)
    • Year and Date
      2012-03-15
  • [Presentation] 異種混合生体シミュレータinsilicoSimの自動並列化2012

    • Author(s)
      置田真生, 奥山倫弘, 福井伸弥, 松井龍, 安部武志, Eric Heien, 浅井義之, 野村泰伸, 萩原兼一
    • Organizer
      日本機械学会第24回バイオエンジニアリング講演会
    • Place of Presentation
      大阪大学豊中キャンパス(大阪府)
    • Year and Date
      2012-01-07
  • [Presentation] Accelerating General and Heterogeneous Biophysical Simulation Using the GPU Interpreter for Solving ODEs2011

    • Author(s)
      Tomohiro Okuyama, Masao Okita, Takeshi Abe, Yoshiyuki Asai, Taishin Nomura, Kenichi Hagihara
    • Organizer
      the 4th Global COE International Symposium on Physiome and Systems Biology for Integrated Life Sciences and Predictive Medicine
    • Place of Presentation
      千里ライフサイエンスセンター(大阪府)
    • Year and Date
      2011-11-23
  • [Presentation] 汎用生体シミュレータinsilicoSimにおける生体モデル内の依存関係に着目したスケジューリング2011

    • Author(s)
      松井龍, 奥山倫弘, 置田真生, 安部武志, 浅井義之, 野村泰伸, 萩原兼一
    • Organizer
      平成23年度情報処理学会関西支部支部大会
    • Place of Presentation
      大阪大学中之島センター(大阪府)
    • Year and Date
      2011-09-22
  • [Presentation] インタプリタ型汎用生体シミュレータinsilicoSimのGPUによる高速化2011

    • Author(s)
      奥山倫弘, 置田真生, 安部武志, 浅井義之, 野村泰伸, 萩原兼一
    • Organizer
      第130回情報処理学会ハイパフォーマンスコンピューティング研究会
    • Place of Presentation
      かごしま県民交流センター(鹿児島県)
    • Year and Date
      2011-07-27
  • [Presentation] An Open Platform toward Large-scale Multilevel Modeling and Simulation of Physiological Systems2011

    • Author(s)
      Yoshiyuki Asai, Taishin Nomura, Hideki Oka, Takeshi Abe, Masao Okita, Ken-Ichi Hagihara, Hiroaki Kitano
    • Organizer
      the 11th IEEE/IPSJ International Symposium on Applications and the Internet (SAINT 2011)
    • Place of Presentation
      Munich
    • Year and Date
      2011-07-20

URL: 

Published: 2013-06-26  

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