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2012 Fiscal Year Annual Research Report

超好熱生物の遺伝情報はどのように守られ、伝達されるのか?

Research Project

Project/Area Number 23310152
Research InstitutionKyushu University

Principal Investigator

石野 良純  九州大学, (連合)農学研究科(研究院), 教授 (30346837)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 跡見 晴幸  京都大学, 工学(系)研究科(研究院), 教授 (90243047)
Project Period (FY) 2011-04-01 – 2014-03-31
Keywords超す熱性アーキア / DNA複製 / 生体高分子 / レプリソーム / DNA修復
Research Abstract

T.kodakarensisゲノム上に存在する2種のpcna遺伝子の産物の機能解析を進めた。また分担者によりこれらの遺伝子破壊株の単離が試みられたが、PCNA2に対する破壊株は得られ、 PCNA1は得られなかったので、PCNA1は生育に必須であると予想された。PCNA2の破壊株の表現形を詳細に調べた。PCNA2が欠失した変異体はDNA修復異常が観察されるかと予想されたが、これまでの実験結果は、紫外線や変異原化学物質に対する感受性において野生株と比較して差が観察されていない。PCNA1, PCNA2と特異的に結合するタンパク質をスクリーニングした結果、 PCNA1とは異なるタンパク質が結合することがわかり、今後の研究が期待できる。DNA複製開始やフォークの進行にとって重要な GINS複合体を T. kodakaraensis 由来のものと、Thermoplasma acidophilum由来のものについて比較解析した。これらの GINSは Mcmヘリカーゼと相互作用をすることが分かったが、さらに RecJ様の配列を有するタンパク質が安定に複合体を形成することも発見した。また、T. acidohilumは Cdc6を二つ有しており、そのうち Cdc6-2がMCMヘリカーゼを促進すること、そしてその促進効果はGINSとの間で相乗的であることを発見した。アーキア細胞の中でもDNA複製機構は多様性を示すことが証明された。
さらに、ゲノムDNAの安定性を維持するための DNA修復機構には多くのヌクレアーゼが関与することが想像されるが、超好熱性アーキア由来の新規ヌクレアーゼを発見し、PfuExoI, EndoQ というように命名した。これらの酵素は特許出願するとともに、基礎的性質解析と遺伝子工学的試薬としての応用開発研究へ進めた。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

超好熱性アーキアのDNA複製、修復に関与するタンパク質因子、酵素に関して、生化学手法とと遺伝学的手法を取り入れた、きっちりした研究の進行が実現できている。これまでに実績のあるテーマについて、さらに進展させる共に、新規酵素の発見など新たな展開もできている。新規酵素については特許も出願できている。新規な発見に関しては、出願まで対外発表を控えた。

Strategy for Future Research Activity

新たに発見したヌクレアーゼである PfuExo I, Endo Q, NucS の3種について、その構造と機能を詳細に解明するとともに、細胞内での具体的な役割を突き止めるべく、研究を展開したい。これらの酵素について、高度精製法の確立、結晶化、X線構造解析、生化学的酵素解析、遺伝子破壊による変異体解析等を精力的に進める計画を実行する。これらの研究を通して、アーキアのあらたなDNA修復系の発見につながり、またその成果を応用した新技術開発が期待でかる。

  • Research Products

    (26 results)

All 2013 2012 Other

All Journal Article (7 results) (of which Peer Reviewed: 7 results) Presentation (14 results) (of which Invited: 5 results) Book (2 results) Remarks (1 results) Patent(Industrial Property Rights) (2 results)

  • [Journal Article] A Novel Single-Strand Specific 3'-5' Exonuclease Found in the Hyperthermophilic Archaeon, Pyrococcus furiosus.2013

    • Author(s)
      Tori, K.
    • Journal Title

      PLoS ONE

      Volume: 8 Pages: e58497

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0058497.

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Novel inhibition of archaeal family-D DNA polymerase by uracil.2013

    • Author(s)
      Richardson, TT.
    • Journal Title

      Nucleic Acids Research

      Volume: 41 Pages: 4207-4218

    • DOI

      10.1093/nar/gkt083

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structure-based mutational study of an archaeal DNA ligase towards improvement of ligation activity.2013

    • Author(s)
      Tanabe, M.
    • Journal Title

      ChemBioChem.

      Volume: 13 Pages: 2575-2582

    • DOI

      10.1002/cbic.201200336.

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Rapid progress of DNA replication studies in Archaea, the third domain of life.2012

    • Author(s)
      Ishino, Y.
    • Journal Title

      Sci. China, Ser-C Life Sci.

      Volume: 55 Pages: 1-18

    • DOI

      10.1007/s11427-012-4324-9

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Comparative analyses of the two proliferating cell nuclear antigens from the hyperthermophilic archaeon, Thermococcus kodakarensis.2012

    • Author(s)
      Kuba, Y.
    • Journal Title

      Genes Cells

      Volume: 17 Pages: 923-937

    • DOI

      10.1111/gtc.12007.

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Biophysical analysis of PCNA from Pyrococcus furiosus.2012

    • Author(s)
      Kawamura, A.
    • Journal Title

      J. Jap. Soc. Extremophiles.

      Volume: 11 Pages: 12-18

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Application of PCNA to processive PCR by reducing the stability of its ring structure.2012

    • Author(s)
      Ishino, S.
    • Journal Title

      J. Jap. Soc. Extremophiles.

      Volume: 11 Pages: 19-25.

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 超好熱性アーキアDNA複製因子に見られる多様性2013

    • Author(s)
      石野良純
    • Organizer
      日本農芸化学会2013年大会 シンポジジウム 4SY21 アーキア研究から見える遺伝情報伝達系の保存性と多様性  
    • Place of Presentation
      東北大学川内北キャンパス、仙台
    • Year and Date
      20130325-20130327
    • Invited
  • [Presentation] アーキア研究から見えてくるDNA複製装置の分子進化2013

    • Author(s)
      石野良純
    • Organizer
      生命の起原・進化学会 第38回学術講演会 シンポジウム「アーキアを用いた進化研究」
    • Place of Presentation
      九州大学、福岡
    • Year and Date
      20130314-20130316
    • Invited
  • [Presentation] Characterisation of the proteins involved in DNA replication and repair from Caldiarchaeum subterraneum, an uncultivated archaeon.2012

    • Author(s)
      Sonoko Ishino
    • Organizer
      第35回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      福岡国際会議場、福岡
    • Year and Date
      20121211-20121214
  • [Presentation] The synergistic stimulation of the MCM activity by Cdc6/Orc1 and GINS homotetramer from the archaeon, Thermoplasma acidophilum.2012

    • Author(s)
      Hiromi Ogino,
    • Organizer
      第35回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      福岡国際会議場、福岡
    • Year and Date
      20121211-20121214
  • [Presentation] Molecular mechanism from initiation to elongation in the DNA replication process in Archaea.2012

    • Author(s)
      Yoshizumi Ishino
    • Organizer
      第35回日本分子生物学会年会 ワークショップ3W5I DNA複製機構とその制御 -生物種を越えた統一的理解を目指してー
    • Place of Presentation
      福岡国際会議場、福岡
    • Year and Date
      20121211-20121214
    • Invited
  • [Presentation] Thermococcus kodakarensis 由来Hjm ヘリカーゼの機能解析2012

    • Author(s)
      能塚悠輔
    • Organizer
      第13回極限環境生物学会年会
    • Place of Presentation
      日本大学
    • Year and Date
      20121201-20121202
  • [Presentation] 超好熱性アーキアThermococcus kodakarensis が有する三種のMcm ホモログの生化学的および遺伝学的解析2012

    • Author(s)
      石野園子
    • Organizer
      第13回極限環境生物学会年会
    • Place of Presentation
      日本大学
    • Year and Date
      20121201-20121202
  • [Presentation] Divergently evolved replicative helicase from the archaeon, Thermoplasma acidophilum2012

    • Author(s)
      Hiromi Ogino
    • Organizer
      The 8th 3R symposium
    • Place of Presentation
      Awaji Yumebutai International Conference Center, Japan
    • Year and Date
      20121125-20121128
  • [Presentation] 蛋白質工学によるPCR酵素の改良2012

    • Author(s)
      恒川冴恵
    • Organizer
      平成24年度日本農芸化学会西日本支部および日本栄養・食糧学会九州・沖縄支部合同大会
    • Place of Presentation
      鹿児島大学 鹿児島
    • Year and Date
      20120928-20120929
  • [Presentation] メタゲノム解析より組立てたCaldiarchaeum subterraneum に見出されたFamily Y DNA polymeraseの機能解析2012

    • Author(s)
      輿 貴文
    • Organizer
      平成24年度日本農芸化学会西日本支部および日本栄養・食糧学会九州・沖縄支部合同大会 2012. 9.28-29. 鹿児島大学 鹿児島
    • Place of Presentation
      鹿児島大学 鹿児島
    • Year and Date
      20120928-20120929
  • [Presentation] アーキアの複製酵素の多様性2012

    • Author(s)
      石野良純
    • Organizer
      第84回日本遺伝学会大会 ワークショップ WS7「原核生物に習う遺伝情報安定性の維持機構の原理」
    • Place of Presentation
      九大医学部百年講堂、福岡
    • Year and Date
      20120924-20120926
    • Invited
  • [Presentation] Characterization of DNA polymerase BI from Caldiarchaeum subterraneum, uncultivated archaea.2012

    • Author(s)
      Jacqueline Büttiker
    • Organizer
      日本遺伝学会第84回大会
    • Place of Presentation
      九大医学部百年講堂、福岡
    • Year and Date
      20120924-20120926
  • [Presentation] Purification and Characterization of PolBI and PCNA from  Caldiarchaeum subterraneum.2012

    • Author(s)
      Jacqueline Büttiker
    • Organizer
      日本Archaea研究会第25回講演会
    • Place of Presentation
      関西学院大学,西宮
    • Year and Date
      20120720-20120721
  • [Presentation] アーキア(古細菌)のDNA ポリメラーゼ ~その種類と役割~2012

    • Author(s)
      石野良純
    • Organizer
      変異機構研究会・第25 回夏の学校
    • Place of Presentation
      愛知県小牧勤労センター, 愛知
    • Year and Date
      20120630-20120701
    • Invited
  • [Book] InTech d.o.o., Rijeka, Croatia2013

    • Author(s)
      Ishino, Y.
    • Total Pages
      35
    • Publisher
      DNA Replication in Archaea, the Third Domain of Life., In The Mechanisms of DNA Replication
  • [Book] Springer Science+Business Media.2013

    • Author(s)
      Ishino, S.
    • Total Pages
      28
    • Publisher
      DNA polymerases and DNA ligases. In THERMOPHILES IN ENVIRONMENTAL AND INDUSTRIAL BIOTECHNOLOGY
  • [Remarks] 石野研究室ホームページ「石野研究室へようこそ」

    • URL

      http://www.agr.kyushu-u.ac.jp/lab/pce-web/

  • [Patent(Industrial Property Rights)] 新規DNAポリメラーゼ2012

    • Inventor(s)
      石野良純
    • Industrial Property Rights Holder
      九州大学
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Industrial Property Number
      PCT/JP2012/067791
    • Filing Date
      2012-07-12
  • [Patent(Industrial Property Rights)] 新規DNAポリメラーゼ2012

    • Inventor(s)
      石野良純
    • Industrial Property Rights Holder
      九州大学
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Industrial Property Number
      PCT/JP2012/067872
    • Filing Date
      2012-07-12

URL: 

Published: 2014-07-24  

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