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2012 Fiscal Year Annual Research Report

相互作用の分類・評価と機能開発のためのAIM2元関数解析法の確立と応用

Research Project

Project/Area Number 23350019
Research InstitutionWakayama University

Principal Investigator

中西 和郎  和歌山大学, システム工学部, 教授 (80110807)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 林 聡子  和歌山大学, システム工学部, 准教授 (00294306)
Project Period (FY) 2011-04-01 – 2014-03-31
Keywords理論有機化学 / 有機典型元素 / 構造有機化学 / AIM解析 / 水素結合 / ファン・デル・ワールス相互作用 / X線結晶構造解析 / 拡張超原子価結合
Research Abstract

新規化合物の開拓には、弱い相互作用を巧みに自在に操ることである。弱い相互作用の本質を的確に解析し、分類・評価する方法が不可欠となる。Baderらが提案したAIM (Atoms-in-Molecules)法は、相互作用の分類に活用されつつあるが、本質的な活用は容易ではない。最近我々は、実験化学者の立場から実験結果を自らのイメージで解析・評価できることを念頭に、AIM2元関数解析法を考案・提唱した。この解析法が物質科学や機能性物質の創製・開発における静的および遷移状態等の動的特性を解明するのに有用であることを実証し、種々の現象に応用することが目的である。この成果は実験化学者が容易に自らの系の相互作用を解析・評価ができ、高性能な物質の創製への挑戦の強力な助けとなる。
平成24年度は以下を中心に研究を行った。
1.水素結合は、実態はあるが相互作用の分類には含まれていない。二量化や分子内水素結合、分子間水素結合、DNAの二重らせん構造に重要な役割を果たす多水素結合(モデル化を活用)やC-H---π相互作用、新しい非共有結合として着目されているハロゲン結合についてPOM/NIV法を適応し、AIM2元関数解析が有用な手段であることを実証した。2.超原子価結合および拡張超原子価結合は、様々な化合物の物性や化学反応、触媒機構に重要な役割を果たしている。相互作用系のモデルとなる超原子価および拡張超原子価結合を有する化合物群を合成し、合成した化合物群の物性測定を行った。3.合成化合物および既報化合物の計算化学による物性計算とAIM解析を行った。4.有機化学、生化学、薬学、物性物理学等における既報のX線結晶構造解析のデータの収集と整理を行った。5.遷移状態 (TS)における相互作用の評価と分類を行うため、TSおよび固有反応座標(IRC)構造を用いて、NIV法によるAIM2元関数解析を行った。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

1については二量化や分子内水素結合、分子間水素結合についてほぼ満足いく成果が得られた。論文でも発表した。またDNAの二重らせん構造に重要な役割を果たす多水素結合については現在報文にまとめているところである。C-H---π相互作用やハロゲン結合についても概ね成果を得ている。2については、化合物合成は順調に進んでいる。現在X線結晶構造解析を行うべく、単結晶を作成中である。3については、前年度と同様、合成化合物および既報化合物の計算化学による物性計算とAIM解析を行った。4については、有機化学、生化学、薬学、物性物理学等における既報のX線結晶構造解析のデータの収集と整理を行った。莫大な量のデータ整理システムを考案中である。5については、取りかかって間がなく、十分な時間をかけていない状況である。しかし、現在のところ大きな艱難はない。

Strategy for Future Research Activity

もう少し、5の遷移状態 (TS)における相互作用の評価と分類を行うため、TSおよび固有反応座標(IRC)構造を用いて、NIV法によるAIM2元関数解析を行う必要があるが、申請書に記載の2013年度の計画通り推進していく予定である。

  • Research Products

    (14 results)

All 2013 2012

All Journal Article (6 results) (of which Peer Reviewed: 6 results) Presentation (8 results) (of which Invited: 2 results)

  • [Journal Article] Role of dG/dw and dV/dw in AIM Analysis: An Approach to the Nature of Weak to Strong Interactions2013

    • Author(s)
      W. Nakanishi and S. Hayashi
    • Journal Title

      The Journal of Physical Chemistry A

      Volume: 117 Pages: 1795-1803

    • DOI

      dx.doi.org/10.1021/jp3095566

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Dynamic Behavior of Hydrogen Bonds from Pure Closed Shell to Shared Shell Interaction Regions Elucidated by AIM Dual Functional Analysis2013

    • Author(s)
      S. Hayashi, K. Matsuiwa, M. Kitamoto, and W. Nakanishi
    • Journal Title

      The Journal of Physical Chemistry A

      Volume: 117 Pages: 1804-1816

    • DOI

      dx.doi.org/10.1021/jp3098928

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Experimental and Theoretical Advances in Functional Understanding of Flavonoids as Anti-Tumor Agents2013

    • Author(s)
      B. V. Babu, N. K. Konduru, W. Nakanishi, S. Hayashi, N. Ahmed, and P. M. Mitrasinovic
    • Journal Title

      Anti-Cancer Agents in Medicinal Chemistry

      Volume: 13 Pages: 307-332

    • DOI

      DOI: 10.2174/1871520611313020017

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Applications of Normal Coordinates of Internal Vibrations to Generate Perturbed Structures: Dynamic Behavior of Weak to Strong Interactions Elucidated by Atoms-in-Molecules Dual Functional Analysis2012

    • Author(s)
      W. Nakanishi, S. Hayashi, K. Matsuiwa, and M. Kitamoto
    • Journal Title

      Bulletin of the Chemical Society of Japan

      Volume: 85 Pages: 1293-1305

    • DOI

      doi:10.1246/bcsj.20110377

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Unusual Saddle-like Structure of (2-MeOC6H4CS)2S: Theoretical Studies and Comparison with its Oxygen Isologue2012

    • Author(s)
      O. Niyomura, Y. Kito, S. Kato, M. Ishida, M. Ebihara, S. Hayashi, W. Nakanishi
    • Journal Title

      Zeitschrift fur Anorganische und Allgemeine Chemie

      Volume: 638 Pages: 2508-2520

    • DOI

      DOI: 10.1002/zaac.201200357

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Role of p(Z)-π(Ar/Nap) conjugation in structures of 1-(arylchalcogena)naphthalenes for Z = Te versus Se, S and O: experimental and theoretical investigations2012

    • Author(s)
      T. Nakai, M. Nishino, S. Hayashi, M. Hashimoto, and W. Nakanishi
    • Journal Title

      Dalton Transactions

      Volume: 41 Pages: 7485-7497

    • DOI

      doi:10.1039/C2DT30516J

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Structure, Stability, and Behavior of Neutral and Ionic Polybromine Clusters: Theoretical Studies Containing AIM Dual Functional Analysis2012

    • Author(s)
      W. Nakanishi, R. Shimabukuroi, K. Matsuiwa, and S. Hayashi
    • Organizer
      6th International Meeting on Halogen Chemistry
    • Place of Presentation
      Bangalore, India
    • Year and Date
      20121208-20121211
    • Invited
  • [Presentation] 内部基準振動座標を用いた摂動構造の構築:AIM2元関数解析法の適用による種々の相互作用における動的挙動の解明2012

    • Author(s)
      林 聡子・松岩 浩平・中西 和郎
    • Organizer
      第39回有機典型元素化学討論会
    • Place of Presentation
      岩手県民情報交流センター (岩手)
    • Year and Date
      20121206-20121208
  • [Presentation] 分子内π-π相互作用の動的および静的挙動の解析: AIM2元関数解析法の適用2012

    • Author(s)
      松岩 浩平・林 聡子・中西 和郎
    • Organizer
      第23回基礎有機化学討論会
    • Place of Presentation
      京都テレサ (京都)
    • Year and Date
      20120919-20120921
  • [Presentation] [Z(CH2CH2CH2)2Z']2+とZ(CH2CH2CH2)2Z'との付加体 (Z, Z' = S, Se, and Te)におけるZ-Z'相互作用: AIM2元関数解析法による解析2012

    • Author(s)
      見座 弘祥・林 聡子・中西 和郎
    • Organizer
      第23回基礎有機化学討論会
    • Place of Presentation
      京都テレサ (京都)
    • Year and Date
      20120919-20120921
  • [Presentation] AIM Dual Functional Analysis of Chalcogen-chalcogen Interactions in [Z(CH2CH2CH2)2Z']* (Z, Z' = S and Se; * = null, + and 2+) and the Di-cation Dimers2012

    • Author(s)
      W. Nakanishi, S. Hayashi, H. Miza, and K. Matsuiwa
    • Organizer
      25th International Symposium on the Organic Chemistry of Sulfur (ISOCS-25)
    • Place of Presentation
      Czestochowa, Poland
    • Year and Date
      20120624-20120629
  • [Presentation] Formation, Stability, Reactivity, and Nature of Extended Hypervalent 4c-6e Interactions2012

    • Author(s)
      W. Nakanishi and S. Hayashi
    • Organizer
      The 10th International Conference on Heteroatom Chemistry (ICHAC-10)
    • Place of Presentation
      Kyoto, ,Japan
    • Year and Date
      20120520-20120525
  • [Presentation] Behaviors of Z-Z' Interactions (Z, Z' = S and Se) in MeZZ'Me and the Related Species, Elucidated by AIM Dual Functional Analysis2012

    • Author(s)
      Y. Tsubomoto, S. Hayashi, and W. Nakanishi
    • Organizer
      The 10th International Conference on Heteroatom Chemistry (ICHAC-10)
    • Place of Presentation
      Kyoto, ,Japan
    • Year and Date
      20120520-20120525
  • [Presentation] Dynamic and Static Behaviours of Interactions in Multi-Interaction Systems Elucidated by Atoms-in-Molecules Dual Functional Analysis2012

    • Author(s)
      W. Nakanishi
    • Organizer
      12th Eurasia Conference on Chemical Sciences - EuAsC2S-12
    • Place of Presentation
      Corfu, Greece
    • Year and Date
      20120416-20120423
    • Invited

URL: 

Published: 2014-07-24  

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