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2013 Fiscal Year Annual Research Report

短鎖RNA選択的結合能を有する人工核酸の特性を活用したmiRNA検出法の開発

Research Project

Project/Area Number 23350077
Research InstitutionTokyo Institute of Technology

Principal Investigator

清尾 康志  東京工業大学, 生命理工学研究科, 准教授 (20313356)

Project Period (FY) 2011-11-18 – 2014-03-31
Keywords核酸化学 / miRNA / 有機化学
Research Abstract

本研究では、miRNAなど生体内でプロセシングを受けるRNAを高精度に検出するために、起案者が開発した短いRNAには強く結合し、それと同じ配列を中央部にもつ長いRNAには結合しない、5'末端に修飾ヌクレオシドpdAChcmPを有する人工核酸 (pdAChcmPNA)をさらに発
展させた新手法を開発する。そのために、新規pdAChcmPの構造を改変した新規誘導体の開発、短鎖RNA結合能を増強する新規ラベル化法、蛍光核酸を用いた新規検出法などの開発を行う。昨年度までに合成した塩基部、糖部、リン酸バックボーンを固定化した誘導体の逆転写酵素のプライマーとしての性質をもとにRT-PCR法への応用を検討し、標的miRNAとわずかに一塩基程度鎖長が異なる、isomiRの識別を検討した。その結果、5'末端にコンホメーションを固定化しない修飾ヌクレオシドdAChcmPを導入した場合に最も優れた識別能を示すことが明らかになり研究も目標を達成することができた。また、並行して検討していた新規ラベル化法の開発も、ターゲットRNAの末端をRNAリガーゼを用いて、2’-アミノヌクレオシドでラベル化する方法を確立することができた。

Current Status of Research Progress
Reason

25年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

25年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (7 results)

All 2013 Other

All Journal Article (3 results) (of which Peer Reviewed: 3 results) Presentation (4 results)

  • [Journal Article] Assembly of pyrene-modified DNA/RNA duplexes incorporating a G-rich single strand region2013

    • Author(s)
      Seio K, Tokugawa M, Tsunoda H, Ohkubo A, Arisaka F, Sekine M.
    • Journal Title

      Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters

      Volume: 23 Pages: 6822-6824

    • DOI

      doi: 10.1016/j.bmcl.2013.10.012

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Modified oligodeoxynucleotide primers for reverse-transcription of target RNAs that can discriminate among length variants at the 3'-terminus.2013

    • Author(s)
      Iijima Y, Kojima S, Kodama E, Kurohagi S, Kanamori T, Masaki Y, Ohkubo A, Sekine M, Seio K.
    • Journal Title

      Organic & Biomolecular Chemistry

      Volume: 11 Pages: 8276-8282

    • DOI

      doi: 10.1039/c3ob41901k

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Fluorescent properties of oligonucleotides doubly modified with an indole-fused cytosine analog and 2-aminopurine.2013

    • Author(s)
      Seio K, Kanamori T, Tokugawa M, Ohzeki H, Masaki Y, Tsunoda H, Ohkubo A, Sekine M.
    • Journal Title

      Bioorganic & Medicinal Chemistry

      Volume: 21 Pages: 3197-3201

    • DOI

      doi: 10.1016/j.bmc.2013.03.034

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Synthesis of oligodeoxynucleotides incorporating conformational restriction at the 5’-terminus and their application to discrimination of RNA length variants

    • Author(s)
      Iijima Y, Kurohagi S, Kodama E, Kojima S, Kanamori T, Masaki Y, Ohkubo A, Sekine M, Seio K.
    • Organizer
      The 40th International Symposium on Nucleic Acids Chemsitry
    • Place of Presentation
      神奈川大学
  • [Presentation] miRNA 検出を指向したアミノ化 RNA 及びペプチド核酸プロ ーブの合成

    • Author(s)
      吉岡美樹 飯島 良紘 金森 功史 正木 慶昭 大窪 章寛 関根光雄 清尾康志
    • Organizer
      第15回日本RNA学会年会
    • Place of Presentation
      愛媛県・県民文化会館・ひめぎんホール
  • [Presentation] 4-(ジメチルアミノ)ナフタレン-1-ボロン酸で修飾したヌクレオシド誘導体の合成

    • Author(s)
      飯島良紘 針山智 岡本到 金森功吏 正木慶昭 大窪章寛 関根光雄 清尾康志
    • Organizer
      日本化学会第94春季年会
    • Place of Presentation
      名古屋大学 東山キャンパス
  • [Presentation] デオキシシュードイソシチジンと5-メチル-4-ピリミジノンヌクレオシドを導入したDNA三重鎖の塩基対形成能の評価

    • Author(s)
      山口慧 金森功吏 正木慶昭 大窪章寛 関根光雄 清尾康志
    • Organizer
      日本化学会第94春季年会
    • Place of Presentation
      名古屋大学 東山キャンパス

URL: 

Published: 2015-05-28  

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