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2013 Fiscal Year Annual Research Report

プロトクロロフィリド還元酵素とニトロゲナーゼ:安定な多重結合還元の共通反応基盤

Research Project

Project/Area Number 23370020
Research InstitutionNagoya University

Principal Investigator

藤田 祐一  名古屋大学, 生命農学研究科, 准教授 (80222264)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 伊藤 繁  名古屋大学, 遺伝子実験施設, 名誉教授 (40108634)
Project Period (FY) 2011-04-01 – 2014-03-31
Keywords酵素反応 / 電子伝達 / プロトン移動 / 電子スピン共鳴 / 鉄硫黄クラスター / クロロフィル生合成 / ニトロゲナーゼ
Research Abstract

暗所作動型プロトクロロフィリド(Pchlide)還元酵素(DPOR)は、PchlideのC17=C18二重結合を還元し、クロロフィルaの直接の前駆体クロロフィリドaを生成する。基質結合型の結晶構造から、Pchlideの C17とC18へのプロトン供与体として各々Pchlide自身のプロピオン酸とBchB-Asp274が予想された。これらプロトン供与体からのプロトン移動をブロックするために、BchB-Asp274をAlaに置換したD274Aとプロピオン酸がアクリル酸に置換された基質アナログであるクロロフィルcを組み合わせ、反応中間体のトラップを試みた。その過程で、特に、基質としてPchlide、酵素としてBchB-D274AをもつNB-タンパク質による反応で大きな吸収スペクトル変化が認められた。今年度は、このスペクトル変化をグローバル解析することにより、反応中間体とそれに対応するスペクトル成分およびD274Aにおける各Stateの時定数を以下のように推定した:Pchlide (State 0) ―>Pchlideアニオンラジカル (State 1; 300 s) ―>Pchlideニュートラルラジカル (State 2; 3138 s) ―>アニオン中間体 (State 3; 2913 s) ―>クロロフィリド
DPORの反応中間体の追跡と並行して、DPORに対して何らかの作用が推察されるBchJタンパク質の生化学的機能解析を行った。Pchlideには8位置換基がビニル基であるジビニル型 (DV-Pchlide) とエチル基であるモノビニル型 (MV-Pchlide) が存在するが、BchJ存在下でDPOR反応を行うと、DV-Pchlideに対する触媒作用がより長く持続することがわかった。このようなBchJの作用の生化学的基盤については今後の研究課題となる。

Current Status of Research Progress
Reason

25年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

25年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (20 results)

All 2014 2013 Other

All Journal Article (5 results) (of which Peer Reviewed: 5 results) Presentation (15 results) (of which Invited: 6 results)

  • [Journal Article] A novel “oxygen-induced” greening process in a cyanobacterial mutant lacking the transcriptional activator ChlR involved in low-oxygen adaptation of tetrapyrrole biosynthesis.2014

    • Author(s)
      Aoki, R., Hiraide, Y., Yamakawa, H. and Fujita, Y.
    • Journal Title

      Journal of Biological Chemistry

      Volume: 289 Pages: 1841-1851

    • DOI

      10.1074/jbc.M113.495358

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Transcriptional regulators ChlR and CnfR are essential for diazotrophic growth in nonheterocystous cyanobacteria2014

    • Author(s)
      Tsujimoto, R., Kamiya, N. and Fujita, Y.
    • Journal Title

      Proceedings of National Academy of Science of USA

      Volume: 111 Pages: in press

    • DOI

      10.1073/pnas.1323570111

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Reconstitution of a sequential reaction of two nitrogenase-like enzymes in the bacteriochlorophyll biosynthetic pathways of Rhodobacter capsulatus.2014

    • Author(s)
      Yamamoto, H., Kato, M., Yamanashi, K. Fujita, Y.
    • Journal Title

      Biochemical and Biophysical Research Communications

      Volume: 447 Pages: in press

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2014.04.087

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Completion of biosynthetic pathway for bacteriochlorophyll g in Heliobacterium modesticaldum: The C8-ethylidene group formation.2013

    • Author(s)
      Tsukatani, Y., Yamamoto, H., Mizoguchi, T., Fujita, Y. and Tamiaki, H.
    • Journal Title

      Biochimica et Biophysica Acta

      Volume: 1827 Pages: 1200-1204

    • DOI

      10.1016/j.bbabio.2013.06.007

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Nicotinamide is a specific inhibitor of dark-operative protochlorophyllide oxidoreductase, a nitrogenase-like enzyme, from Rhodobacter capsulatus.2013

    • Author(s)
      Nomata, J., Kondo, T., Itoh, S. and Fujita, Y.
    • Journal Title

      FEBS Letters

      Volume: 587 Pages: 3142-3147

    • DOI

      10.1016/j.febslet.2013.07.054

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] BchJタンパク質の暗所作動型プロトクロロフィリド還元酵素に対する作用2014

    • Author(s)
      山梨香緒里・藤田祐一
    • Organizer
      第55回日本植物生理学会年会
    • Place of Presentation
      富山大学
    • Year and Date
      20140318-20140320
  • [Presentation] シアノバクテリアLeptolyngbya boryanaのゲノムリシークエンスによる暗所での従属栄養生育を促進する変異の同定2014

    • Author(s)
      平出優人・上坂一馬・井原邦夫・藤田祐一
    • Organizer
      第55回日本植物生理学会年会
    • Place of Presentation
      富山大学
    • Year and Date
      20140318-20140320
  • [Presentation] シアノバクテリアLeptolyngbya boryanaの窒素固定を制御する転写活性化タンパク質PatBのレポーター解析2014

    • Author(s)
      辻本良真・神谷成美・藤田祐一
    • Organizer
      第55回日本植物生理学会年会
    • Place of Presentation
      富山大学
    • Year and Date
      20140318-20140320
  • [Presentation] クロロフィル生合成と窒素固定:嫌気代謝の接点2013

    • Author(s)
      藤田祐一
    • Organizer
      ラン藻の分子生物学2013
    • Place of Presentation
      かずさアカデミアホール、木更津
    • Year and Date
      20131122-20131123
    • Invited
  • [Presentation] Two transcriptional regulators, ChlR and PatB, are essential for diazotrophic growth in the non-heterocystous cyanobacterium Leptolyngbya boryana.2013

    • Author(s)
      Fujita, Y. and Tsujimoto, R.
    • Organizer
      18th International Congress on Nitrogen Fixation
    • Place of Presentation
      Phoenix Seagaia Resort, Miyazaki
    • Year and Date
      20131014-20131018
    • Invited
  • [Presentation] Nitrogenase-like enzymes in bacteriochlorophyll biosynthesis.2013

    • Author(s)
      Fujita, Y.
    • Organizer
      International Mini-Symposium on Biochemistry and Bioinorganic Chemistry of Nitrogenase Active Sites
    • Place of Presentation
      Nagoya University
    • Year and Date
      20131011-20131012
    • Invited
  • [Presentation] Reconstitution of sequential reaction from protochlorophyllide to 3-vinyl bacteriochlorophyllide a by two nitrogenase-like enzymes.2013

    • Author(s)
      Fujita, Y., Kato, M. and Yamamoto, H.
    • Organizer
      International Conference on Tetrapyrrole Photoreceptors of Photosynthetic Organisms 2013 (ICTPPO2013)
    • Place of Presentation
      HuaZhong Agricultural University, Wuhan, China
    • Year and Date
      20130911-20130915
    • Invited
  • [Presentation] 光感受性を示す光依存型プロトクロロフィリド還元酵素欠損株を用いたSlr2031の機能解析2013

    • Author(s)
      平出優人・藤田祐一
    • Organizer
      第4回日本光合成学会およびシンポジウム
    • Place of Presentation
      名古屋大学
    • Year and Date
      20130531-20130601
  • [Presentation] 糸状性シアノバクテリアLeptolyngbya boryanaにおける低酸素に応答した窒素固定と光合成の制御機構2013

    • Author(s)
      辻本良真・藤田祐一
    • Organizer
      第4回日本光合成学会およびシンポジウム
    • Place of Presentation
      名古屋大学
    • Year and Date
      20130531-20130601
  • [Presentation] ニトロゲナーゼ類似酵素の連続反応によるバクテリオクロリン環形成反応の再構成2013

    • Author(s)
      藤田祐一・ 加藤美奈・ 山本治樹
    • Organizer
      第4回日本光合成学会およびシンポジウム
    • Place of Presentation
      名古屋大学
    • Year and Date
      20130531-0601
  • [Presentation] 暗所での緑化研究が導く嫌気生理学・生化学

    • Author(s)
      藤田祐一
    • Organizer
      大阪大学大学院生物化学セミナー
    • Place of Presentation
      大阪大学
    • Invited
  • [Presentation] テトラピロール生合成系遺伝子の低酸素誘導に関わる転写活性化タンパク質ChlRの酸素感知機構の解析

    • Author(s)
      青木里奈・藤田祐一
    • Organizer
      第77回日本生化学会中部支部例会・シンポジウム
    • Place of Presentation
      名古屋大学
  • [Presentation] 糸状性シアノバクテリアLeptolyngbya boryanaの窒素固定遺伝子クラスターに存在する2つの転写制御タンパク質の機能解析

    • Author(s)
      辻本良真・藤田祐一
    • Organizer
      第77回日本生化学会中部支部例会・シンポジウム
    • Place of Presentation
      名古屋大学
  • [Presentation] 光依存型プロトクロロフィリド還元酵素の光感受性形質は光合成酸素発生の低下によって緩和される

    • Author(s)
      平出優人・藤田祐一
    • Organizer
      第77回日本生化学会中部支部例会・シンポジウム
    • Place of Presentation
      名古屋大学
  • [Presentation] ニトロゲナーゼ類似酵素が導くシアノバクテリアの嫌気生理生化学

    • Author(s)
      藤田祐一
    • Organizer
      第1回光ナノバイオ研究交流会
    • Place of Presentation
      立命館大学
    • Invited

URL: 

Published: 2015-05-28  

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