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2013 Fiscal Year Annual Research Report

V1―ATPaseモーターにおけるATP加水分解機構の立体構造基盤

Research Project

Project/Area Number 23370047
Research InstitutionChiba University

Principal Investigator

村田 武士  千葉大学, 理学(系)研究科(研究院), 准教授 (80415322)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 山登 一郎  東京理科大学, 基礎工学部, 教授 (70111458)
Project Period (FY) 2011-04-01 – 2014-03-31
Keywords分子モーター / 酵素反応 / V-ATPase / X線結晶構造解析
Research Abstract

がんや骨粗鬆症の創薬ターゲットであるV型ATPaseはATP合成酵素(F-ATPase)と類似した構造をもつナノ分子モーター/プロトンポンプである。本研究ではヌクレオチド結合型及び反応中間体のV1-ATPaseのX線結晶構造解析や重要残基変異体の構造機能解析を行い、V型ATPaseのATP加水分解反応に伴った回転分子機構の解明を目的とする。
当初研究計画に従って、下記の研究結果を得た。
ヌクレオチド結合型V1-ATPaseのX線結晶構造解析---前年度の研究により、AMP-PNPが結合したV1-ATPaseのX線結晶構造解析を決定し、ヌクレオチド非結合型V1-ATPaseの構造と比較することにより、ATPの加水分解のメカニズムモデルを作成した。本年度はリン酸をソーキング法により導入し、リン酸がtight型に1分子結合したV1-ATPaseの結晶構造を得ることに成功した。ATP加水分解/合成の反応中間体構造に相当すると考えられた。
ヌクレオチド結合部位の変異V1-ATPaseの機能構造解析---前年度の研究により、ヌクレオチド結合に重要と考えられる残基に関して、部位特異的変異体を3種類作成し、その性質を明らかにした。本年度は、新たな変異体を作成し、前年度同様にATPase活性への影響や、複合体の安定性等を調べ、その成果を論文にまとめた(SpringerPlus in press)。
DG複合体結合部位の変異V1-ATPaseの機能構造解析---前年度の研究により、DG複合体とA3B3複合体の接触面に位置し、回転反応に重要と考えられる残基に関して、部位特異的変異体を3種類作成し、その性質を明らかにした。本年度は、新たな変異体を作成し、前年度同様にATPase活性への影響や、複合体の安定性等を調べ、その成果を論文にまとめた(PLoS ONE, 2013)。

Current Status of Research Progress
Reason

25年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

25年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (12 results)

All 2014 2013

All Journal Article (3 results) (of which Peer Reviewed: 3 results) Presentation (4 results) (of which Invited: 3 results) Book (5 results)

  • [Journal Article] Loose Binding of the DF Axis with the A3B3 Complex Stimulates the Initial Activity of Enterococcus hirae V1-ATPase2013

    • Author(s)
      Md. Jahangir Alam, Satoshi Arai, Shinya Saijo, Kano Suzuki, Kenji Mizutani, Yoshiko Ishizuka-Katsura, Noboru Ohsawa, Takaho Terada, Mikako Shirouzu, Shigeyuki Yokoyama, So Iwata, Yoshimi Kakinuma, Ichiro Yamato and Takeshi Murata
    • Journal Title

      PLoS ONE

      Volume: 8 Pages: e74291

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0074291.t002

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Basic properties of rotary dynamics of the molecular motor Enterococcus hirae V1-ATPase2013

    • Author(s)
      Yoshihiro Minagawa, Hiroshi Ueno, Mayu Hara, Yoshiko Ishizuka-Katsura, Noboru Ohsawa, Takaho Terada, Mikako Shirouzu, Shigeyuki Yokoyama, Ichiro Yamato, Eiro Muneyuki, Hiroyuki Noji, *Takeshi Murata and *Ryota Iino
    • Journal Title

      J. Biol. Chem.

      Volume: 288 Pages: 32700-32707

    • DOI

      10.1074/jbc.M113.506329

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Mutant LV476-7AA of A-subunit of Enterococcus hirae V1-ATPase: High affinity of A3B3 complex to DF axis and low ATPase activity2013

    • Author(s)
      Md. Jahangir Alam, Ichiro Yamato, Satoshi Arai, Shinya Saijo, Kenji Mizutani, Yoshiko Ishizuka-Katsura, Noboru Ohsawa, Takaho Terada, Mikako Shirouzu, Shigeyuki Yokoyama, So Iwata, Yoshimi Kakinuma and Takeshi Murata
    • Journal Title

      SpringerPlus

      Volume: 2 Pages: 689

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Rotation mechanism of V-ATPase based on crystal structures2014

    • Author(s)
      Takeshi Murata
    • Organizer
      Gordon Research Conference (Protons and Membrane Reactions)
    • Place of Presentation
      Ventura(アメリカ)
    • Year and Date
      20140223-20140228
    • Invited
  • [Presentation] 創薬につながるV-ATPaseの構造と機能2013

    • Author(s)
      村田 武士
    • Organizer
      第86回生化学会
    • Place of Presentation
      横浜
    • Year and Date
      20130911-20130913
    • Invited
  • [Presentation] Rotation mechanism of Enterococcus hirae V1-ATPase based on asymmetric crystal structures2013

    • Author(s)
      Takeshi Murata
    • Organizer
      Gordon Research Conference in Molecular and Cellular Bioenergetics
    • Place of Presentation
      New Hampshire(アメリカ)
    • Year and Date
      20130623-20130628
    • Invited
  • [Presentation] Rotation mechanism of V1-ATPase based on asymmetric crystal structures2013

    • Author(s)
      Takeshi Murata
    • Organizer
      International Conference on Structural Genomics 2013
    • Place of Presentation
      Sapporo
    • Year and Date
      2013-07-31
  • [Book] Cell-free expression of protein complexes for structural biology2014

    • Author(s)
      Takaho Terada, Takeshi Murata, Mikako Shirouzu and Shigeyuki Yokoyama
    • Total Pages
      151-159
    • Publisher
      Methods Mol. Biol.
  • [Book] 回転分子モーターの動作原理―F1モーターとV1モーターの違い―2014

    • Author(s)
      村田武士
    • Total Pages
      079-084
    • Publisher
      生物物理
  • [Book] 骨粗しょう症に関与する分子モーターの回転メカニズムと創薬への取組み2013

    • Author(s)
      水谷健二、村田武士
    • Total Pages
      119-122
    • Publisher
      アンチエイジングシリーズ3「骨研究最前線」, NTS
  • [Book] 「膜タンパク質」の重要性とその構造が拓く未来2013

    • Author(s)
      村田武士、野村紀通、小林拓也、岩田想
    • Total Pages
      1-10
    • Publisher
      膜タンパク質構造研究, 化学同人
  • [Book] V-ATPaseの分子メカニズム2013

    • Author(s)
      水谷健二、山本三沙岐、村田武士
    • Total Pages
      35-43
    • Publisher
      膜タンパク質構造研究, 化学同人

URL: 

Published: 2015-05-28  

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