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2011 Fiscal Year Annual Research Report

ビリン色素を合成する酵素および利用して光適応を制御する蛋白質の分子機構の解明

Research Project

Project/Area Number 23370052
Research InstitutionOsaka University

Principal Investigator

福山 恵一  大阪大学, 理学研究科, 教授 (80032283)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 和田 啓  大阪大学, 理学研究科, 助教 (80379304)
海野 昌喜  茨城大学, フロンティア応用原子科学研究センター, 准教授 (10359549)
Keywordsビリン色素 / X線結晶解析 / 光合成色素 / シアノバクテリオクロム / 酵素反応機構
Research Abstract

ビリン色素を合成する主要な色素(HOとPcyA)、およびビリン色素を利用して光適応牽制御するシアノバクテリオクロムについて、構造生物学的にアプローチしてこれらの分子機構の解明に迫った。
・PcyAによる還元の分子機構の解明
本テーマでは還元反応の要となる水素原子の直接観察を目的としている。そのために中性子回折法の適用に向けた準備を進めた。本実験遂行に必要となる巨大結晶の析出条件を精査し、約1.5mm角の結晶を得ることに成功した。一方、PcyAを還元する蛋白質フェレドキシンの結晶構造を1.46A分解能で再決定し、フェレドキシンのフレキシビリティ等を明らかにするとともに、電子伝達複合体の構造を推定した。
・ヘムオキシゲナーゼの動的構造解析
我々は以前の研究から、ヘムオキシゲナーゼが基質を取り込む際には構造変化が必要であること見出していた。本テーマでは、その構造変化を実験的に捉えるためにNMR(R2-dispoersion法)を用いた解析を進めた。重水素置換した精製ヘムオキシゲナーゼを用いてNMRスペクトルを測定し、現在解析を進めている。
・シアノバクテリオクロムの構造解析
シアノバクテリアは光レセプターを持ち、その全長の発現・精製を試みた。この蛋白質はアグリゲーションを起こしやすい性質を持つことから様々な精製条件を試みたところ、結晶化に適用可能な精製標品を得ることができた。さらに、結晶化スクリーニングを進め、微結晶が析出する条件を見出している。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

現在のところ、掲げたテーマのほとんどは計画通りに進んでいる。シアノバクテリオクロムの構造解析には困難が予想されるが、問題点を一つ一つ解決しており、着実に進んでいる。

Strategy for Future Research Activity

・現在得ているNMRスベクトルを解析し、ヘムオキシゲナーゼの基質結合に伴う動的構造変化を実証する。
・シアノバクテリアがもつ光レセプターに関しては、まずは結晶性の向上を図る。その後、X線結晶構造解析により立体構造を明らかにし、光受容に共役したリン酸化活性の制御機構を推定する。

  • Research Products

    (18 results)

All 2012 2011

All Journal Article (3 results) (of which Peer Reviewed: 3 results) Presentation (15 results)

  • [Journal Article] Protein dynamics of heme-heme oxygenase-1 complex following carbon monoxide dissociation2011

    • Author(s)
      M.Yamaoka, M.Sugushima, M.Noguchi, K.Fukuyama, Y.Mizutani
    • Journal Title

      J.Raman Spectrosc.

      Volume: 42 Pages: 910-916

    • DOI

      10.1002/jrs.2797

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Mapping of protein-protein interaction sites in the plant-type [2Fe-2S] ferredoxin2011

    • Author(s)
      H.Kameda, K.Hirabayashi, K.Wada, K.Fukuyama
    • Journal Title

      PLoS ONE

      Pages: e21947

    • DOI

      10.1371/joumal.pone.0021947

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] A simple, large-scale overexpression method of deriving carbon monoxide dehydrogenase II from the thermophilic bacterium Carboxdothermus hydrpgenformans2011

    • Author(s)
      T.Inoue, Y.Yoshida, K.Wada, T.Daifuku, K.Fukuyama, Y.Sako
    • Journal Title

      Biosci.Biotech.Biochem.

      Volume: 75 Pages: 1392-1394

    • DOI

      10.1271/bbb.110159

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Structural biology of the SUF machinery involved in de novo iron-sulfur cluster biosynthesis2012

    • Author(s)
      和田啓
    • Organizer
      4th FEBS Special Meeting, ATP-Binding Cassette Proteins : From Multidrug Registance to Gienetic Diseases
    • Place of Presentation
      Hotel Grauer Bar(オーストリアインスブルック)(招待講演)
    • Year and Date
      2012-03-04
  • [Presentation] ヒトγ-グルタミルトランスペプチダーゼの発現・精製・結晶化2011

    • Author(s)
      伊田知代、和田啓、渡辺文太、肥塚崇男、鈴木秀之、J.W.Keillor、平竹潤、福山恵一
    • Organizer
      日本結晶学会2011年度年会
    • Place of Presentation
      北海道大学学術交流会館
    • Year and Date
      2011-11-24
  • [Presentation] 植物型フェレドキシンはフレキシブルな領域で還元酵素と相互作用する:スイゼンジノリ[2Fe-2S]フェレドキシンの結晶構造2011

    • Author(s)
      福山恵一、平林佳、亀田悠、和田啓
    • Organizer
      第84回日本生化学会大会
    • Place of Presentation
      国立京都国際会館
    • Year and Date
      2011-09-24
  • [Presentation] ヘムオキシゲナーゼの変異体の解析から考察される電子伝達経路2011

    • Author(s)
      原田二郎、原田英里砂、東元祐一郎、佐藤秀明、杉島正一、平順一、福山恵一、菅瀬謙治、野口正人
    • Organizer
      第84回日本生化学会大会
    • Place of Presentation
      国立京都国際会館
    • Year and Date
      2011-09-24
  • [Presentation] フェレドキシン依存的ビリン還元酵素PcyA変異体-ビリベルジン複合体の構造解析2011

    • Author(s)
      和田啓、萩原義徳、入川鉄平、油谷裕子、福山恵一
    • Organizer
      第84回日本生化学会大会
    • Place of Presentation
      国立京都国際会館
    • Year and Date
      2011-09-22
  • [Presentation] 枯草菌γ-グルタミルトランスペプチダーゼに対する阻害剤アシビシンの結合様式2011

    • Author(s)
      伊田知代、平竹潤、鈴木秀之、福山恵一、和田啓
    • Organizer
      第84回日本生化学会大会
    • Place of Presentation
      国立京都国際会館
    • Year and Date
      2011-09-22
  • [Presentation] 細胞内レドックスシステムを支える鉄硫黄タンパク質とその生合成マシナリー2011

    • Author(s)
      高橋康弘、田中尚志、和田啓、福山恵一
    • Organizer
      第84回日本生化学会大会
    • Place of Presentation
      国立京都国際会館
    • Year and Date
      2011-09-21
  • [Presentation] One residue substitution in PcyA leads to unexpected changes in tetrapyrrole substrate binding2011

    • Author(s)
      K.Wada, Y.Hagiwara, K.Fukuyama
    • Organizer
      XXII Congress and General Assembly International Union of Crystallography
    • Place of Presentation
      Palacio Municipal de Madrid(スペインマドリード)
    • Year and Date
      2011-08-27
  • [Presentation] Mapping of protein-protein interaction sites in the plant-type [2Fe-2S] ferredoxin2011

    • Author(s)
      K.Fukuyama, H.Kameda, K.Hirabayashi, K.Wada
    • Organizer
      XXII Congress and General Assembly International Union of Crystallography
    • Place of Presentation
      Palacio Municipal de Madrid(スペインマドリード)
    • Year and Date
      2011-08-27
  • [Presentation] Crystallographic analyses of the ISC proteins involved in de novo Fe-S cluster biogenesis2011

    • Author(s)
      K.Hirabayashi, Y.Takahashi, K.Fukuyama, K.Wada
    • Organizer
      XXII Congress and General Assembly International Union of Crystallography
    • Place of Presentation
      Palacio Municipal de Madrid(スペインマドリード)
    • Year and Date
      2011-08-27
  • [Presentation] Atomic Resolution Structure of I86D Mutant Protein of PcyA in Complex with Biliverdin IXa2011

    • Author(s)
      K.Fukuyama, T.Irikawa, Y.Hagiwara, K.Wada
    • Organizer
      International Conference on Tetrapyrrole Photorece ptors of Photosynthetic Organisms
    • Place of Presentation
      Harnack House(ドイツベルリン)
    • Year and Date
      2011-07-25
  • [Presentation] Structural implication for the substrate binding and the stereospecific reaction of red chlorophyll catabolite reductase2011

    • Author(s)
      M.Sugishima, Y.Okamoto, M.Noguchi, T.Kohchi, H.Tamiaki, K.Fukuyama
    • Organizer
      International Conference on Tetrapyrrole Photorece ptors of Photosynthetic Organisms
    • Place of Presentation
      Harnack House(ドイツベルリン)(招待講演)
    • Year and Date
      2011-07-24
  • [Presentation] 結晶構造に基づいたγ-グルタミルトランスペプチダーゼの成熟化および反応機構の解明2011

    • Author(s)
      和田啓、岡田敏洋、鈴木秀之、熊谷英彦、平竹潤、福山恵一
    • Organizer
      第11回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      ホテル阪急エキスポパーク(大阪府)
    • Year and Date
      2011-06-08
  • [Presentation] スイゼンジノリフェレドキシンの構造解析:plant-typeフェレドキシンに共通した相互作用領域の構造的特徴2011

    • Author(s)
      亀田悠、平林佳、和田啓、福山恵一
    • Organizer
      第11回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      ホテル阪急エキスポパーク(大阪府)
    • Year and Date
      2011-06-07
  • [Presentation] 超好熱菌Aquifex aeolicusの鉄硫黄クラスター生合成に関わる脱硫黄酵素IscSの構造解析2011

    • Author(s)
      平林佳、岩永朋子、高橋康弘、福山恵一、和田啓
    • Organizer
      第11回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      ホテル阪急エキスポパーク(大阪府)
    • Year and Date
      2011-06-07

URL: 

Published: 2013-06-26  

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