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2013 Fiscal Year Annual Research Report

蛋白質の構造機能要素の抽出と応用の為の基盤整備

Research Project

Project/Area Number 23370074
Research InstitutionNara Institute of Science and Technology

Principal Investigator

上久保 裕生  奈良先端科学技術大学院大学, 物質創成科学研究科, 准教授 (20311128)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 片岡 幹雄  奈良先端科学技術大学院大学, 物質創成科学研究科, 教授 (30150254)
山崎 洋一  奈良先端科学技術大学院大学, 物質創成科学研究科, 助教 (40332770)
Project Period (FY) 2011-11-18 – 2014-03-31
Keywords蛋白質工学 / 分子設計 / フォールディング / 酵素
Research Abstract

申請者らは、蛋白質一般に、アミノ酸配列の分断によって、構造・機能に著しい影響が生じる領域が存在することを示してきた。本申請研究では、これらの領域が、構造や機能の基本要素(エレメント)になっているとの仮説を実証するために、類似構造を有する「異種」蛋白質間でのエレメントの位置保存性を確認し、さらに、蛋白質間でのエレメントの交換可能性について検証することを目的として研究を行ってきた。
本目的のため、すでにエレメントの同定に成功していた黄色ブドウ球菌由来の核酸分解酵素(Staphylococcal nuclease, SNase)に加え、機能が異なるものの構造類似性を示すヒト由来転写調節因子p100のC末端ドメイン(TSN)に対してアラニン挿入変異解析を行った。その結果、立体構造上SNaseとほぼ同一の位置に、TSNの構造エレメントが存在していることが明らかとなった。この事実は、構造類似性を示す蛋白質間での構造エレメントの位置保存性を示唆するものである。機能エレメントを用いた機能移植の可能性を検討するため、SNaseの機能エレメントをTSNに移植した人工蛋白質を作製し機能評価を行った。その結果、作製した人工蛋白質は部分的に変性した構造を示したものの、SNaseが示す核酸分解活性を獲得していることが明らかとなった。以上の結果より、蛋白質間で機能エレメントを交換することによって、機能そのものを移植することが可能であることを示すことができた。本研究によって、アラニン挿入変異解析によって同定されるエレメントが、蛋白質の構造や機能を規定する要素であることを示唆すると同時に、蛋白質工学的手法への応用可能性を示すことができた。

Current Status of Research Progress
Reason

25年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

25年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (44 results)

All 2014 2013 Other

All Journal Article (6 results) (of which Peer Reviewed: 6 results) Presentation (38 results) (of which Invited: 6 results)

  • [Journal Article] Theoretical analysis of the geometrical isotope effect on the hydrogen bonds in photoactive yellow protein with multi-component density functional theory2013

    • Author(s)
      Yukiumi Kita
    • Journal Title

      Chem. Phys.

      Volume: 419 Pages: 50-53

    • DOI

      10.1016/j.chemphys.2012.11.022.

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Preferential domain orientation of HMGB2 determined by weak intramolecular interactions mediated by the interdomain linker2013

    • Author(s)
      Jun-ichi Uewaki
    • Journal Title

      Chem. Phys.

      Volume: 419 Pages: 212-223

    • DOI

      10.1016/j.chemphys.2013.02.004.

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Fingerprint signatures of lanthanide circularly polarized luminescence from proteins covalently labeled by a β -diketonate europium(III) chelate2013

    • Author(s)
      Junpei Yuasa
    • Journal Title

      Chem. Commn.

      Volume: 49 Pages: 4604-4606

    • DOI

      10.1039/c3cc40331a.

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Molecular dissection of IZUMO1, a sperm protein essential for sperm-egg fusion2013

    • Author(s)
      Naokazu Inoue
    • Journal Title

      Development

      Volume: 140 Pages: 3221-3229

    • DOI

      10.1242/dev.094854.2013

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structural Basis of α-Catenin Recognition by EspB from Enterohaemorrhagic E. coli Based on Hybrid Strategy Using Low-Resolution Structural and Protein Dissection2013

    • Author(s)
      Mitsuhide Hamaguchi
    • Journal Title

      PLoS One

      Volume: 8 Pages: e71618

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0071618.

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Excited-State Proton Transfer in Fluorescent Photoactive Yellow Protein Containing 7-Hydroxycoumarin2013

    • Author(s)
      Dian Novitasari
    • Journal Title

      Advanced Materials Reserch

      Volume: 896 Pages: 85-88

    • DOI

      10.4028

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 溶液散乱を用いた多成分平衡系における構造解析2014

    • Author(s)
      上久保裕生
    • Organizer
      Spring-8ワークショップ「Spring-8とユーザーのさらなる連携をめざして」
    • Place of Presentation
      理化学研究所播磨事業所、兵庫県佐用町
    • Year and Date
      20140201-20140202
  • [Presentation] Exploring regulatory association and dissociation processes of biological molecules constituting a functional module2014

    • Author(s)
      Hironari Kamikubo
    • Organizer
      The 2nd International Symposium on Dynamical Ordering of Biomolecular Systems for Creation of Integrated Functions
    • Place of Presentation
      キャンパスプラザ京都、京都府京都市
    • Year and Date
      20140111-20140112
  • [Presentation] Interaction sites analysis for the photoactive yellow protein of Rhodobacter capsulatus2014

    • Author(s)
      Yoichi Yamazaki
    • Organizer
      The 2nd International Symposium on Dynamical Ordering of Biomolecular Systems for Creation of Integrated Functions
    • Place of Presentation
      キャンパスプラザ京都、京都府京都市
    • Year and Date
      20140111-20140112
  • [Presentation] Local disordered structure of staphylococcal nuclease studied by tryptophan triplet state lifetime measurement2014

    • Author(s)
      Mariko Yamaguchi
    • Organizer
      The 2nd International Symposium on Dynamical Ordering of Biomolecular Systems for Creation of Integrated Functions
    • Place of Presentation
      キャンパスプラザ京都、京都府京都市
    • Year and Date
      20140111-20140112
  • [Presentation] Loop dynamics of staphylococcal nuclease in microsecond timescale2014

    • Author(s)
      Takahiro Matsumoto
    • Organizer
      The 2nd International Symposium on Dynamical Ordering of Biomolecular Systems for Creation of Integrated Functions
    • Place of Presentation
      キャンパスプラザ京都、京都府京都市
    • Year and Date
      20140111-20140112
  • [Presentation] Local flexibility around tryptophan140 and its relationship to non-local interaction in disordered staphylococcal nuclease2014

    • Author(s)
      Toshiyuki Minemura
    • Organizer
      The 2nd International Symposium on Dynamical Ordering of Biomolecular Systems for Creation of Integrated Functions
    • Place of Presentation
      キャンパスプラザ京都、京都府京都市
    • Year and Date
      20140111-20140112
  • [Presentation] Extraction of function elements from green fluorescent protein2014

    • Author(s)
      Toshio Morimoto
    • Organizer
      The 2nd International Symposium on Dynamical Ordering of Biomolecular Systems for Creation of Integrated Functions
    • Place of Presentation
      キャンパスプラザ京都、京都府京都市
    • Year and Date
      20140111-20140112
  • [Presentation] Protonation state of R52 at the pypm intermediate state2014

    • Author(s)
      Masayoshi Noji
    • Organizer
      The 2nd International Symposium on Dynamical Ordering of Biomolecular Systems for Creation of Integrated Functions
    • Place of Presentation
      キャンパスプラザ京都、京都府京都市
    • Year and Date
      20140111-20140112
  • [Presentation] X-ray crystal structure analysis of the Photoactive Yellow Protein of2014

    • Author(s)
      Hiroshi Matsumoto
    • Organizer
      The 2nd International Symposium on Dynamical Ordering of Biomolecular Systems for Creation of Integrated Functions
    • Place of Presentation
      キャンパスプラザ京都、京都府京都市
    • Year and Date
      20140111-20140112
  • [Presentation] Analysis of Equilibrium of intermediate states of PYP by use of chimera proteins2014

    • Author(s)
      Yoshiaki Matsumoto
    • Organizer
      The 2nd International Symposium on Dynamical Ordering of Biomolecular Systems for Creation of Integrated Functions
    • Place of Presentation
      キャンパスプラザ京都、京都府京都市
    • Year and Date
      20140111-20140112
  • [Presentation] Statistical characteristics of unfolded staphylococcal nuclease studied by FRET analysis2014

    • Author(s)
      Emi Ohta
    • Organizer
      The 2nd International Symposium on Dynamical Ordering of Biomolecular Systems for Creation of Integrated Functions
    • Place of Presentation
      キャンパスプラザ京都、京都府京都市
    • Year and Date
      20140111-20140112
  • [Presentation] Roles of functional elements transplanted into the artificial enzyme2014

    • Author(s)
      Mai Arakawa
    • Organizer
      The 2nd International Symposium on Dynamical Ordering of Biomolecular Systems for Creation of Integrated Functions
    • Place of Presentation
      キャンパスプラザ京都、京都府京都市
    • Year and Date
      20140111-20140112
  • [Presentation] Functional modification of a protein by using element implantation2013

    • Author(s)
      Hironari Kamikubo
    • Organizer
      Sixth Korea-Japan Seminars on Biomdecular Sciences; Experiments and Simulations
    • Place of Presentation
      岡崎コンファレンスセンタ-、愛知県岡崎市
    • Year and Date
      20131125-20131127
    • Invited
  • [Presentation] Time-resolved Laue crystallography of photoactive yellow protein with 150psec time resolution2013

    • Author(s)
      Mikio Kataoka
    • Organizer
      第51回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      国立京都国際会館、京都府京都市
    • Year and Date
      20131028-20131030
  • [Presentation] Domain-Swapped Oligomerization and Molten Globule State of Cytochrome c2013

    • Author(s)
      Megha Deshpande
    • Organizer
      第51回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      国立京都国際会館、京都府京都市
    • Year and Date
      20131028-20131030
  • [Presentation] Analysis of interaction sites on the Photoactive Yellow Protein of Rhodobacter capsulatus2013

    • Author(s)
      Yoichi Yamazaki
    • Organizer
      第51回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      国立京都国際会館、京都府京都市
    • Year and Date
      20131028-20131030
  • [Presentation] The role of the flexible loop in Staphylococcal nuclease on its catalytic activity2013

    • Author(s)
      Rumi Shiba
    • Organizer
      第51回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      国立京都国際会館、京都府京都市
    • Year and Date
      20131028-20131030
  • [Presentation] Exited State Proton Transfer of Fluorescent Photoactive Yellow Protein Reconstituted with Hydroxycoumarin2013

    • Author(s)
      Dian Novitasari
    • Organizer
      第51回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      国立京都国際会館、京都府京都市
    • Year and Date
      20131028-20131030
  • [Presentation] Protonation State of Arginine 52 in Photoactive Yellow Protein2013

    • Author(s)
      Kento Yonezawa
    • Organizer
      第51回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      国立京都国際会館、京都府京都市
    • Year and Date
      20131028-20131030
  • [Presentation] X-ray Solution Scattering Studies of PYP-Phytochrome Related Protein2013

    • Author(s)
      Keito Yoshida
    • Organizer
      第51回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      国立京都国際会館、京都府京都市
    • Year and Date
      20131028-20131030
  • [Presentation] Analysis of unfolded structure of Staphylococcal nuclease mutants by using FRET2013

    • Author(s)
      Emi Ohta
    • Organizer
      第51回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      国立京都国際会館、京都府京都市
    • Year and Date
      20131028-20131030
  • [Presentation] Main-chain dynamics of staphylococcal nuclease in microsecond timescale2013

    • Author(s)
      Takahiro Matsumoto
    • Organizer
      第51回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      国立京都国際会館、京都府京都市
    • Year and Date
      20131028-20131030
  • [Presentation] Local flexibility of denatured structure and its relationship to non-local interaction in staphylococcal nuclease2013

    • Author(s)
      Toshiyuki Minemura
    • Organizer
      第51回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      国立京都国際会館、京都府京都市
    • Year and Date
      20131028-20131030
  • [Presentation] Roles of functional elements transplanted into the artificial enzyme2013

    • Author(s)
      Mai Arakawa
    • Organizer
      第51回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      国立京都国際会館、京都府京都市
    • Year and Date
      20131028-20131030
  • [Presentation] X-ray crystal structure analysis of the Photoactive Yellow Protein of Rhodobacter capsulatus2013

    • Author(s)
      Hiroshi Matsumoto
    • Organizer
      第51回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      国立京都国際会館、京都府京都市
    • Year and Date
      20131028-20131030
  • [Presentation] Analysis of equilibrium of intermediate states of PYP by use of chimera proteins2013

    • Author(s)
      Yoshiaki Matsumoto
    • Organizer
      第51回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      国立京都国際会館、京都府京都市
    • Year and Date
      20131028-20131030
  • [Presentation] Protonation state of R52 at the PYPM intermediate state2013

    • Author(s)
      Masayoshi Noji
    • Organizer
      第51回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      国立京都国際会館、京都府京都市
    • Year and Date
      20131028-20131030
  • [Presentation] トリプトファン三重項寿命を用いたStaphylococcal nucleaseの主鎖の運動性評価2013

    • Author(s)
      松本昇紘
    • Organizer
      日本物理学会 2013年秋季大会
    • Place of Presentation
      徳島大学、常三島キャンパス、徳島県徳島市
    • Year and Date
      20130925-20130928
  • [Presentation] Excited-state proton transfer in fluorescent Photoactive Yellow Protein containing 7-hydroxycoumarin2013

    • Author(s)
      Dian Novitasari
    • Organizer
      International Conference on Advanced Materials Science and Technology 2013
    • Place of Presentation
      University Gadjah Mada, Yogyakarta, Indonesia
    • Year and Date
      20130917-20130918
  • [Presentation] X線溶液散乱法を用いたタンパク質構造の解析2013

    • Author(s)
      上久保裕生
    • Organizer
      分子・物質合成プラットフォーム技術研修会-先端施設の利用機会と高度な技術支援の提供-
    • Place of Presentation
      ホテル京阪 京都、京都府京都市
    • Year and Date
      20130822-20130823
    • Invited
  • [Presentation] Photoactive Yellow Protein中の低障壁水素結合と近傍アルギニンの解離性2013

    • Author(s)
      上久保裕生
    • Organizer
      第13回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      とりぎん文化会館、鳥取県鳥取市
    • Year and Date
      20130612-20130614
    • Invited
  • [Presentation] 黄色ブドウ球菌由来核酸分解酵素におけるループの揺らぎと機能の関係2013

    • Author(s)
      芝るみ
    • Organizer
      第13回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      とりぎん文化会館、鳥取県鳥取市
    • Year and Date
      20130612-20130614
  • [Presentation] 弱い相互作用で関連づけられたタンパク質分子集団の構造学的解析

    • Author(s)
      上久保裕生
    • Organizer
      国際高等研究所研究プロジェクト「分子基盤に基づく生体機能への揺らぎとダイナミックネットワークの解明」2013年度第1回研究会プログラム
    • Place of Presentation
      国際高等研究所、京都府木津川市
  • [Presentation] 光センサー蛋白質の局所状態変化と全体構造変化

    • Author(s)
      上久保裕生
    • Organizer
      第3回CIMoSセミナー
    • Place of Presentation
      分子科学研究所協奏分子システム研究センター、愛知県岡崎市
    • Invited
  • [Presentation] 光センサー蛋白質からみた階層間の連続性

    • Author(s)
      上久保裕生
    • Organizer
      国際高等研究所研究プロジェクト「分子基盤に基づく生体機能への揺らぎとダイナミックネットワークの解明」2013年度第2回研究会プログラム
    • Place of Presentation
      国際高等研究所、京都府木津川市
  • [Presentation] 折り畳み機構を踏まえた蛋白質分子設計方の開発

    • Author(s)
      上久保裕生
    • Organizer
      NAIST未来開発コロキウム-明日をつくる分子・人材ネットワーク
    • Place of Presentation
      奈良先端科学技術大学院大学 物質創成科学研究科、奈良県生駒市
    • Invited
  • [Presentation] 機能を生み出す単位生体分子集団

    • Author(s)
      上久保裕生
    • Organizer
      生命システムにおける動的秩序形成と高次機能発現 第1回公開シンポジウム
    • Place of Presentation
      岡崎コンファレンスセンタ-、愛知県岡崎市
    • Invited
  • [Presentation] Extraction of Function Elements from Green Fluorescent Protein

    • Author(s)
      Toshio Morimoto
    • Organizer
      第51回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      国立京都国際会館、京都府京都市

URL: 

Published: 2015-05-28  

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