2011 Fiscal Year Annual Research Report
神経性食欲不振症を対象とした一塩基多型マーカーによるゲノムワイド相関遺伝子解析
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23390191
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| Research Institution | International University of Health and Welfare |
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Principal Investigator |
小牧 元 国際医療福祉大学, 教授 (70225564)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
猪子 英俊 東海大学, 医学部・分子生命科学, 教授 (10101932)
安藤 哲也 精神保健研究所, 心身医学研究部, 室長 (50311428)
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| Keywords | 神経性食欲不振症 / 摂食障害患者 / 感受性遺伝子 / ゲノムワイド相関解析 / マイクロサテライト / SNP |
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| Research Abstract |
SNPsを用いたゲノムワイドな関連解析(GWAS)においては、検出された遺伝子座はリスクが極めて小さいものばかりで該当疾患の遺伝性の多くを説明できていない。これはcommon disease-common variant仮説に基づいたGWASの限界を示唆している。そもそも疾患に寄与する有害な変異は、進化の過程で急速にその頻度を減少させられなければならず、それが 'common' な高頻度のアリルであるとは考えにくい。従って低頻度かもしくはde novo mutationのような変異の蓄積が疾患の原因ではないかと最近では考えられるようになってきた。しかし、それを検出する有用な手段は無かったが、近年、次世代シークエンサーが登場し、パーソナルゲノムが可能となって来た。この機器を利用した"Exome sequencing"が開発され、効率よく全exonのシークエンスを得ることが可能である。そこで、本研究においてもこの技術手法を応用し、摂食障害の病因に関与する変異同定を試みる。
具体的には、1個体あたり de novo mutationは数十塩基発生していると推定されており、孤発例の患者を対象にこの実験を実施しても、疾患の原因変異か、たまたま生じた変異かを区別することは容易ではない。しかしながら、家族例を利用すれば、変異と疾患形質の伝達が一致するか否か、また de novo mutationであるか否かを判断し、疾患との関連を追及することが可能となると考えられる。そこで本年度は、これまでに収集した摂食障害の家族例の中で、制限型の神経性食欲不振症の家系を対象とし、1家系2世代5名に含まれる罹患者および非罹患者のDNAを超音波切断により断片化し、断片の末端にアダプターを付加し、DNAライブラリーを調整した。さらにエクソンのDNA断片濃縮はSure Select Human All Exon Kit(Agilent)を用いDNAライブラリーよりエクソン配列のDNA断片のみを濃縮した。引き続き来年度は、次世代シークエンサーであるGenome analyzer(Illumina)により、全エクソンの配列の獲得を目指す。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
当初の計画段階において、common disease-common variant仮説に基づいたSNPマーカーを用いたゲノムワイド相関解析の有する問題点(リスクが極めて小さい変異しか同定出来ない)が明らかとなった。そのため、解析方法を変更し、次世代シークエンサーを利用したExome sequencingによりAN制限型家族例を対象として、疾患と関連したde novo mutationを探索し、原因変異を同定する方法へ変更した。現在まで1家系のDNAライブラリーを調整し、全エクソン配列のDNA断片のみの濃縮まで実施している。
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| Strategy for Future Research Activity |
今後は、次世代シークエンサーであるGenome analyzer(Illumina)によりシークエンシングを実施する。得られたシークエンス・データ(read)はUCSC hg19を標準ゲノム配列としてBWAによりマッピングしたのち、SamtoolsおよびGenome AnalysisTKにより、信頼性も評価した多型・変異リストをアリル頻度とともに出力させる。この多型・変異リストを機能的、集団遺伝学的特徴に基づきフィルタリングすることで、候補となる変異を絞り込み、サンガーシークエンシング法により確認する予定である。こうした解析により得られた結果を考慮しつつ、同疾患の他家系について、全エクソン配列をシークエンシングを行い、疾患原因候補遺伝子を探索する。
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Research Products
(43 results)
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[Journal Article] A novel splicing variant of CADM2 as a protective transcript of psoriasis2011
Author(s)
Hiruma A, Ikeda S, Terui T, Ozawa M, Hashimoto T, Yasumoto S, Nakayama J, Kubota Y, Iijima M, Sueki H, Matsumoto Y, Kato M, Akasaka E, Ikoma N, Mabuchi T, Tamiya S, Matsuyama T, Ozawa A, Inoko H, Oka A
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Journal Title
Biochem Biophys Res Commun
Volume: 412(4)
Pages: 626-32
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] No Association of Brain-Derived Neurotrophic Factor Val66Met Polymorphism With Anorexia Nervosa in Japanese2011
Author(s)
Ando T, Ishikawa T, Hotta M, Naruo T, Okabe K, Nakahara T, Takii M, Kawai K, Mera T, Nakamoto C, Takei M, Yamaguchi C, Nagata T, Okamoto Y, Ookuma K, Koide M, Yamanaka T, Murata S, Tamura N, Kiriike N, Ichimaru Y, Komaki G, the Japanese Genetic Research Group For Eating Disorders
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Journal Title
Am J Med Genet Part B
Volume: 159B
Pages: 48-52
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Targeted transgenesis through pronuclear injection of improved vectors into in vitro fertilized eggs2011
Author(s)
Ohtsuka, M., Miura, H., Nakaoka, H., Kimura, M., Sato, M., Inoko, H.
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Journal Title
Transgenic Research
Volume: 21:1
Pages: 225-226
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Comparative genome analysis of the major histocompatibility complex (MHC) class i B/C segments in primates elucidated by genomic sequencing in common marmoset (Callithrix jacchus)2011
Author(s)
Shiina, T., Kono, A., Westphal, N., Suzuki, S., Hosomichi, K., Kita, Y.F, Roos, et al
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Journal Title
Immunogenetics
Volume: 63:8
Pages: 485-499
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Construction of Japanese BAC library Yamato-2 (JY2) : A set of 330K clone resources of damage-minimized DNA taken from a genetically established Japanese individual2011
Author(s)
Terabayashi, Y., Morita, K., Park, J.Y., Saito, S., Shiina, T., Inoko, H, et al
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Journal Title
Human Cell
Volume: 24
Pages: 135-145
DOI
Peer Reviewed
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[Presentation] Eating Disorder Examination Questionnaire 6.0 Survey of 6,000 Japanese Junior High School Students2011
Author(s)
Komaki G, Hasebe T, Nishimura H, Ueno M, Kodama N, Hamada T, Kikuchi H, Ando T, Tojo M, Tachimori H, Ikuno T, Maeda M
Organizer
The 21th World Congress on Psychosomatic Medicine
Place of Presentation
National Museum of Korea, Seoul/Korea
Year and Date
20110825-20110828
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[Presentation] 摂食障害遺伝子解析研究協力者会議:脳由来神経栄養因子遺伝子の多型と神経性食欲不振症との関連の検討2011
Author(s)
安藤哲也, 石川俊男, 鈴木(堀田)眞理, 成尾鉄朗, 岡部憲二郎, 中原敏博, 瀧井正人, 河合啓介, 米良貴嗣, 中本智恵美, 武井美智子, 山口力, 永田利彦, 岡本百合, 大隈和喜, 小出将則, 山中隆夫, 田村奈穂, 切池信夫, 小牧元
Organizer
第52回日本心身医学会総会ならびに学術講演会
Place of Presentation
パシフィコ横浜、横浜
Year and Date
20110609-20110610
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