• Search Research Projects
  • Search Researchers
  • How to Use
  1. Back to project page

2012 Fiscal Year Research-status Report

新規情報学的手法によるインフルエンザを含む人獣共通感染症ウイルスゲノム配列の解析

Research Project

Project/Area Number 23500371
Research InstitutionNagahama Institute of Bio-Science and Technology

Principal Investigator

池村 淑道  長浜バイオ大学, バイオサイエンス研究科, 教授 (50025475)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 阿部 貴志  新潟大学, 自然科学系, 准教授 (30390628)
Keywordsゲノム情報処理 / 進化遺伝
Research Abstract

ゲノム配列解析は情報爆発の時代を迎えた。我々の開発した一括学習型自己組織化マップ (BLSOM)は優れた解析能と画像表示能を備えており、大量情報からの知識発見へ強力な手段を提供している。
約12,000株のA及びB型のインフルエンザウイルスゲノムを対象に連続塩基組成に基づいたBLSOM解析を行った。前年度までの研究で、2009年から流行した新型A型株のゲノム配列に方向性のある変化を見出し、変化方向の予測に役立つ事を発表したが、その論文発表後に配列解読された新型株でもこの予測が成立することを確認した。トリで流行している、人類に脅威を与える可能性のある危険株の、BLSOMによる探索法の開発を含めて、新規な論文とし投稿中である。
人獣共通感染症を引き起こすウイルス類の感染防止を目標に、ウイルスRNAと宿主因子の相互作用に注目した。ウイルスRNAが宿主タンパク質と相互作用する場合、その結合用塩基配列は宿主RNAが使用している配列と同一、あるいは類似性が高いと考えられる。加えて、高い進化速度を持つRNAウイルスゲノム上でも保存性が高いと予想される。ウイルスRNAと宿主RNAが共通して持つ配列モチーフを探索するために、それらRNAを合せた大量データを対象にBLSOM解析を行った。結果として、宿主由来RNAと共通した配列モチーフを保持しているウイルスゲノム部位を特定する効率的な方法が開発できた。なお、この方法開発の過程では、RNAとタンパク質の結合部位の研究の進んでいるtRNAをモデルに開発を進めた。タンパク質側からのアプローチとして、ペプチド組成を対象にしたBLSOMの開発も進めている。
マダニは人獣共通感染症を引き起こすウイルスを含む微生物を体内に持ち、人類に脅威を与えている。マダニ体内試料からのウイルスを含む微生物ゲノムのBLSOMによる検索の結果を論文発表した。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

各年度に申請をする地球シミュレータの使用許可が、平成24年度も得られたので、順調に計画が達成できた。プログラムの高速化にも成功したので、高次元データの解析も容易となった。

Strategy for Future Research Activity

新規制の高い強力な解析手法が確立できたので、ヒトで新規な流行を引き起こす可能性のある、危険なトリやブタで流行しているウイルス株の予測を発表することを通じて、この新技術の普及を図る。前回の論文発表で行った予測が、それ以降に配列解読が行われたウイルス株でも成立する事が確認されたので、予測の信頼性が示された。この点を実験家に提示して、この解析手法の普及を目指す。並行して、宿主タンパク質とウイルスRNAとの相互作用の機構を解明する目的で、宿主の多様なRNA類と共通性のある5連や6連塩基頻度を持つ、ウイルス側のゲノム部位をBLSOMにより探索し、ウイルス感染の防止方法についての提案を行う。

Expenditure Plans for the Next FY Research Funding

既に機器備品の購入を終えたので、平成25年度はプログラム開発や研究補助員への謝金、英文校閲を含む論文発表用費用、旅費を含む学会発表のための費用、ならびに計算機関係の消耗品への仕様を計画している。

  • Research Products

    (12 results)

All 2013 2012 Other

All Journal Article (2 results) (of which Peer Reviewed: 1 results) Presentation (10 results)

  • [Journal Article] A novel approach, based on BLSOMs (Batch Learning Self-Organizing Maps), to the microbiome analysis of ticks.2013

    • Author(s)
      Nakao R, Abe T, Nijhof AM, Yamamoto S, Jongejan F, Ikemura T, Sugimoto C.
    • Journal Title

      The ISME Journal

      Volume: 7 Pages: 1003-1015

    • DOI

      doi: 10.1038/ismej.2012.171.

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] 新規情報学的手法を用いたインフルエンザウイルスのゲノム塩基配列の変化の方向性の予測2012

    • Author(s)
      岩崎裕貴、阿部貴志、和田健之介、池村淑道
    • Journal Title

      生物工学

      Volume: 90 Pages: 769-772

  • [Presentation] Novel bioinformatics strategies to analyze massive influenza virus genome sequences using Batch-Learning Self Organizing Map (BLSOM).2013

    • Author(s)
      池村淑道、岩崎裕貴
    • Organizer
      The 17th International Annual Symposium on Computational Science and Engineering
    • Place of Presentation
      Khon Kaen University(タイ王国)
    • Year and Date
      20130327-20130329
  • [Presentation] BLSOMを利用したtRNA遺伝子の特徴抽出2013

    • Author(s)
      池村淑道、岩崎裕貴、三宅雄大、和田 健之介、和田佳子、山田優子、 武藤昱、井口八郎、阿部貴志
    • Organizer
      第7回日本ゲノム微生物学会年会
    • Place of Presentation
      長浜バイオ大学
    • Year and Date
      20130308-20130310
  • [Presentation] RNAウイルスと宿主因子の相互作用を検出するための手法の開発2013

    • Author(s)
      小倉歩、馮麗利、岩﨑裕貴、阿部貴志、和田健之介、和田佳子、 池村淑道
    • Organizer
      第7回日本ゲノム微生物学会年会
    • Place of Presentation
      長浜バイオ大学
    • Year and Date
      20130308-20130310
  • [Presentation] BLSOM解析を活用したマダニ媒介性病原体の検索2013

    • Author(s)
      中尾亮、阿部貴志、山本正悟、Nijhof Ard、Jongejan Frans、池村淑道、 杉本千尋
    • Organizer
      第7回日本ゲノム微生物学会年会
    • Place of Presentation
      長浜バイオ大学
    • Year and Date
      20130308-20130310
  • [Presentation] A Novel Bioinformatics Study of Oligonucleotide and Peptide Compositions in Influenza Virus Genomes in the Context to Its Host Adaptation2012

    • Author(s)
      岩崎 裕貴, 阿部 貴志, 和田 健之介, 伊藤 正恵, 池村 淑道
    • Organizer
      第35回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      福岡国際会議場
    • Year and Date
      20121211-20121214
  • [Presentation] A novel Bioinformatics Study of tRNA Genes Registered in tRNADB-CE ( http://trna.nagahama-i-bio.ac.jp )2012

    • Author(s)
      池村 淑道, 岩崎 裕貴, 三宅 雄大, 和田 健之介, 山田 優子, 武藤 あきら
    • Organizer
      第35回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      福岡国際会議場
    • Year and Date
      20121211-20121214
  • [Presentation] RNA ウイルスの宿主依存機構の解明を目的とした宿主由来RNA との類似領域の検出2012

    • Author(s)
      岩崎 裕貴、和田 健之介、秋葉 太貴、小倉 歩、阿部 貴志、池村 淑道
    • Organizer
      日本遺伝学会第84回大会
    • Place of Presentation
      九州大学
    • Year and Date
      20120924-20120926
  • [Presentation] RNAウイルスの宿主依存機構に関連したウイルスゲノム進化2012

    • Author(s)
      岩崎裕貴、秋葉太貴、小倉 歩、阿部貴志、和田健之介、池村淑道
    • Organizer
      日本進化学会第14回大会
    • Place of Presentation
      首都大学東京
    • Year and Date
      20120821-20120822
  • [Presentation] RNAウイルスの宿主依存機構を知るための宿主RNAとの類似領域の検出2012

    • Author(s)
      岩崎 裕貴、秋葉 太貴、小倉 歩、阿部 貴志、和田 健之介、伊藤 正恵、池村 淑道
    • Organizer
      第14回日本RNA学会年会
    • Place of Presentation
      東北大学
    • Year and Date
      20120718-20120720
  • [Presentation] 人獣共通感染ウイルスゲノム配列の宿主依存性に関わる特徴抽出法の開発とそれを用いたウイルスゲノム配列の変化方向予測

    • Author(s)
      岩崎 裕貴、秋葉 太貴、小倉 歩、阿部 貴志、和田 健之介、伊藤 正恵、池村 淑道
    • Organizer
      第1回人獣共通感染症研究拠点シンポジウム
    • Place of Presentation
      岐阜大学

URL: 

Published: 2014-07-24  

Information User Guide FAQ News Terms of Use Attribution of KAKENHI

Powered by NII kakenhi