2013 Fiscal Year Annual Research Report
植物プランクトンモニタリングのための優占種遺伝子情報の整備
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23510021
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| Research Institution | National Museum of Nature and Science, Tokyo |
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Principal Investigator |
辻 彰洋 独立行政法人国立科学博物館, 植物研究部, 研究主幹 (40356267)
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| Keywords | 珪藻 / メタゲノム解析 / 遺伝子 / モニタリング / 固有種 / 植物プランクトン |
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| Research Abstract |
・琵琶湖・支笏湖・山中湖・霞ヶ浦・員弁川・屋久島の河川・宮古島の河川・モンゴルフブスグル湖など様々な水域から珪藻を分離し、rbcL・ＳＳＵ-ＬＳＵ領域を中心に遺伝子解析を行った。この成果についてプランクトン学会で口頭発表を行った。
・2012年2月~2013年3月の国立環境研究所の定期調査で得られたプランクトンサンプルについて、珪藻のrbcL-3Ｐ領域の遺伝子についてロッシュ社の454 juniorを用いたメタゲノム解析を行った。その結果、優占種ではほぼ一致したものの、抽出効率やＰＣＲ効率などのバイアスの問題・底泥の巻き上げによるＤＮＡのコンタミの問題・gene bankに登録されている情報の不足による誤同定の問題が明らかになった。一方、当研究で霞ヶ浦から抽出した遺伝情報を用いると、優占種のほとんどについて正確な同定が明らかとなった。このことは、対象水域の対象分類群の遺伝情報を事前に調べることが現段階でメタゲノム解析を行う上では重要であることを示している。この結果については、日本珪藻学会で口頭発表した。
・培養が出来ない種について単細胞ＰＣＲを行う手法について検討し、ほぼ確立するところまで成功した。また、抽出したＤＮＡをWGA( Whole Genome Amplification)処理を行うことで、様々な領域のＰＣＲが成功することが分かった。この方法を用いて琵琶湖の固有種のStephanodiscus suzukiiの遺伝子解析を来ない、同種をタイプ種とする新属を記載した（PBR in press).
・ダム湖のプランクトンについて、モニタリングに必要なレベルを検討し、チェックリストを作成した。又そのチェックリストについて、国立科学博物館のＨＰに分類特徴と共に公開した。
・ダム湖等の水源でカビ臭の原因となるPseudoanabaena属について分類学的検討を行った。
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[Journal Article] Brandtodiniumgen. nov. and B. nutriculum comb. nov.(Dinophyceae), a dinoflagellate commonly found in symbiosis with polycystine radiolarians2014
Author(s)
Probert, I., Siano, R., Poirier, C., Decelle, J., Biard, T., Tuji, A., Suzuki, N. & Not, F.
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Journal Title
Journal of Phycology
Volume: 50
Pages: 388-399
Peer Reviewed
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