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2012 Fiscal Year Research-status Report

時間分解振動分光法による膜蛋白質プロトン輸送ダイナミクスの解明

Research Project

Project/Area Number 23550022
Research InstitutionUniversity of Hyogo

Principal Investigator

中島 聡  兵庫県立大学, 生命理学研究科, 准教授 (80263234)

Keywords新規赤外分光法 / 溶液内タンパク質 / チトクローム酸化酵素 / プロトンポンプ / 酸素還元反応
Research Abstract

チトクロム c 酸化酵素(CcO)はミトコンドリア内膜に存在する呼吸鎖末端酵素で、酸素を水にまで還元することでプロトンを膜間輸 送しプロトン勾配をつくる機能をもつ。ごく最近申請者らは 新規にフェムト秒レーザの超高輝度の赤外パルスを光源として、分散型 でマルチチャンネル検出をおこなう赤外分光システムを開発し、水溶液中での蛋白質反応を時間分解測定することに成功した。そこで このシステムを用いて CcO の酸素還元反応を測定し、それと共役した(この酵素の機能である)プロトンポンプ反応における蛋白質構造ダイナミクスを調べてその詳細の解明を試みた。また、同時に赤外分光と相補的な手段である時間分解共鳴ラマン分光法を用いてCc OのCO光解離反応を測定してヘム近傍の反応の素過程に相当する時間での反応のダイナミクスを調べた。 まず赤外吸収スペクトルであるが反応は酸素飽和した緩衝溶液と CO 型の CcO を混合した後、レーザパルスで CO の光解離を起こ して酸素との反応を開始させ、遅延時間をおいた赤外パルス光で構造ダイナミクスを観測する。このためには、蛋白質溶液をフローさせなければならず、赤外で観測可能なフロ ーシステムを開発する必要がある。可視領域の場合と異なり、赤外領域でのフローセルの作製はいくつかの困難な問題点があったが、HPLCの技術などを応用して自家製で目的とする条件を満たすものを完成させた。このセルでは50um厚で、1kHzの繰り返しに耐えうる流速(1ml/min)で、非常に粘度の高い高濃度の蛋白溶液(~500uM)をフルーさせることに成功した。さらに酸素還元反応の観測のため光励起による反応開始前に溶液内に酸素を充填してかつごく短時間で測定点に輸送する必要があるが、このようなことを可能にする酸素肺システムの作製と評価を行った。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

研究の目的としては水溶液中での蛋白質反応を時間分解測定することに成功した赤外分光測定システムを用いて CcO の酸素還元反 応を測定し、それと共役した(この酵素の機能である)プロトンポンプ反応における蛋白質構造ダイナミクスを調べてその詳細の解明を目指すことである。本年度は(蛋白質溶液をフローさせなければならないため)赤外で観測可能なフローシステムを開発しプロトンポンプ反応と共役した酸素還元反応観測できるようなシステムを完成させるを研究目的にあげていたがこれはおおむね達成されたと考える。
目標としたセルでは50um厚で、1kHzの繰り返しに耐えうる流速(1ml/ min)で、非常に粘度の高い高濃度の蛋白溶液(~500uM)をフルーさせることに成功した。CcOは非常に粘度が高くスムーズには流れないが、このシステムを用いることで少なくとも250Hz程度の繰り返しで測定できることがわかった。さらにこのシステムに溶液内に酸素を充填してかつごく短時間で測定点に輸送する酸素肺を導入して、プロトンポンプと共役した酸素還元反応を観測することが可能になった。
このシステムを用いて中間状態を観測できる時間分解可視過渡吸収測定システムを構築した。光源としてLEDを用い自家製のパルス制御システムと組み合わせることで極めて短時間(1秒以内)で1mOD程度のSNの信号を得ることに成功した。特に多量に入手が困難なタンパク質試料の測定では短時間に測定が行えることは必須であるが、赤外の測定に向けてアルゴリズムなど必要なプロトコルを確立した。この測定系を用いて酸素還元反応の時間分解測定を行ったところ、充分低温(<5℃)であれば、CO光解離により反応を開始することができて酸素還元反応が進行することがわかった。最終目的のプロトンポンプ反応の赤外測定の準備が整った。

Strategy for Future Research Activity

完成した赤外分光用セルフローシステムを用いて、まず3種類の蛋白質の部位に注目して時間分解赤外分光測定を行う。 カルボキシル基をもつ水素 結合に関与している Asp やGlu などのアミノ酸残基である。特に Asp51(D51)はプロトン ポンプ経路の末端に存在していて、プロト ンのくみ出しに関 与していると考えられている。構造解析からこの残基は酸化 還元状態や配位子の脱着により大きく構造変化してい ることがわかっており、反応経路中の電子移動過程や酸 素活性化過程におけるプロトンの脱着に注目して測定する。 次に主鎖ヘリッ クスの構造ダイナミクスである。これは主に酸化還元状態に対応して helix X よばれるヘリックスが、きわめて局所的に構造変化す ることが知られている。しかし申請者らの赤外・ラマン時間分解測定結果からは、配位子の脱着にともない、機械的な構造変化でなくきわめて複雑でかつ heme の構造変化とよく共役した構造変化が起こっていることがわかっており、生理機能の発現過程でどのような役割を果たしているかに注目して観測する。ただこの測定をフローセルで行うためには非常に薄いセル(<15μm)を使用することが必要となるので、極めて挑戦的なテーマとなる。最後に heme の側鎖やプロトンポンプ経路上のアミノ酸残基についても、かなり詳 しく同定ができているので、輸送経路がどのようなダイナミクスで駆動されているかも観測する。さらに様々な中間体からの酸素の還 元反応とそれに共役したプロトンポンプのダイナミクスをあきらかにする。

Expenditure Plans for the Next FY Research Funding

赤外分光用フローセルが完成し、人工酸素肺のを使った酵素反応を時間分解赤外測定できる準備が整ったので、実際に時間分解赤外分光測定を行うために研究費を使用する。特に、試料のCcOは赤外測定のためには、極めて多量に必要となる。精製に必要な試薬代など ふくめて1回の測定に数万円程度必要である。また、フローセルなどの測定システムは消耗度が高く、それらを補充する必要がある。 また、測定用光学系においても消耗品(回折格子など)があり、それらは適時置き換えていく必要がある。

  • Research Products

    (11 results)

All 2013 2012 Other

All Journal Article (4 results) (of which Peer Reviewed: 4 results) Presentation (6 results) (of which Invited: 1 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] An Intermediate Conformational State during Ligand Binding to Cytochrome c Oxidase Detected by Time-resolved Resonance Raman Analyses of Heme Peripheral Groups2012

    • Author(s)
      Izumi Ishigami, Takeshi Nishigaki, Kyoko Shinzawa-Itoh, Shinya Yoshikawa, Satoru Nakashima, and Takashi Ogura
    • Journal Title

      Chem. Lett.

      Volume: 41 Pages: 178-180

    • DOI

      10.1246/cl.2012.178

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Site-specific Protein Dynamics in Communication Pathway from Sensor to Signaling Domain of Oxygen Sensor Protein, HemAT-Bs TIME-RESOLVED ULTRAVIOLET RESONANCE RAMAN STUDY2012

    • Author(s)
      Samir F. El-Mashtoly, Minoru Kubo, Yuzong Gu, Hitomi Sawai, Satoru Nakashima, Takashi Ogura, Shigetoshi Aono, and Teizo Kitagawa
    • Journal Title

      J. Biol. Chem.

      Volume: 287 Pages: 19973-19984

    • DOI

      10.1074/jbc.M112.357855

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Development of Highly Sensitive Nanosecond Time-Resolved IR Apparatus Applicable to Protein System in H2O2012

    • Author(s)
      Satoru Nakashima*, Minoru Kubo, Satoru Yamaguchi, Takashi Ogura, Masao Mochizuki, Kyoko Shinzawa-Itoh, Shinya Yoshikawa
    • Journal Title

      Biophys. Biochim. Acta

      Volume: 1817 Pages: 150

    • DOI

      10.1016/j.bbabio.2012.06.395

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Synthesis, Characterization, and Reactivity of Hypochloritoiron(III) Porphyrin Complexes2012

    • Author(s)
      Zhiqi Cong, Sachiko Yanagisawa, Takuya Kurahashi, Takashi Ogura, Satoru Nakashima and Hiroshi Fujii
    • Journal Title

      J. Am. Chem. Soc.

      Volume: 134 Pages: 20617-20620

    • DOI

      10.1021/ja3108774

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] チトクロム c 酸化酵素の酸素還元反応の時間分解赤外吸収測定を目的とした酸素肺フローシステムの開発2013

    • Author(s)
      中島聡・西口達人・久保稔・望月正雄・新澤恭子・吉川信 也・小倉尚志
    • Organizer
      化学会第93回春期年会
    • Place of Presentation
      立命館大学くさつキャンパス(滋賀県)
    • Year and Date
      20130315-20130317
  • [Presentation] An Intermediate Conformation of Cytochrome Oxidase in the Ligand-Free State Identified by Time-Resolved Resonance Raman Spectroscopy2012

    • Author(s)
      Izumi Ishigami, Takeshi Nishigaki, Kyoko Shinzawa-Itoh, Shinya Yoshikawa, Satoru Nakashima, Takashi Ogura
    • Organizer
      第50回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      名古屋大学東山キャンパス(愛知県)
    • Year and Date
      20120922-20120924
  • [Presentation] ポンプ・プローブレーザーと同期したパルスフローシステムの開発 とそれを用いたタンパク質の時間分解赤外分光解析2012

    • Author(s)
      Minoru Kubo , Satoru Nakashima , Masao Mochizuki , Kyoko Shinzawa-Itoh , Shinya Yoshikawa, Takashi Ogura
    • Organizer
      第50回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      名古屋大学東山キャンパス(愛知県)
    • Year and Date
      20120922-20120924
  • [Presentation] Development of Highly Sensitive Nanosecond Time-Resolved IR Apparatus Applicable to Protein System in H2O2012

    • Author(s)
      Satoru Nakashima, Minoru Kubo, Satoru Yamaguchi, Takashi Ogura, Masao Mochizuki, Kyoko Shinzawa-Itoh, Shinya Yoshikawa
    • Organizer
      Europian Bioenergetic Conference 2012
    • Place of Presentation
      ドイツ、フライブルグ
    • Year and Date
      20120915-20120922
  • [Presentation] Nanosecond time-resolved infrared basis for a bulge of the transmembrane helix between hemes a and a3 to facilitate highly efficient proton pumping by bovine heart cytochrome c oxidase2012

    • Author(s)
      Satoru Nakashima, Shinya Yoshikawa, Minoru Kubo, Satoru Yamaguchi, Takashi Ogura, Masao Mochizuki, JiYoung Kang, Masaru Tateno, Kazumasa Muramoto, Kyoko Shinzawa-Itoh
    • Organizer
      Europian Bioenergetic Conference 2012
    • Place of Presentation
      ドイツ、フライブルグ
    • Year and Date
      20120915-20120922
  • [Presentation] Proton Pump Mechanism of Cytochrome c Oxidase Elucidated by Highly Sensitive Time-Resolved IR Spectroscopy2012

    • Author(s)
      Satoru Nakashima, Minoru Kubo, Satoru Yamaguchi, Takashi Ogura, Masao Mochizukia, Kyoko Shinzawa-Itoh, Shinya Yoshikawa
    • Organizer
      Internatinal Conference on Porphyrin and Phtalocyanin 7
    • Place of Presentation
      韓国済州島
    • Year and Date
      20120704-20120706
    • Invited
  • [Remarks] ピコバイオロジー専攻・生体物質構造学II分野

    • URL

      http://www.sci.u-hyogo.ac.jp/life/biophys2/biophys2_2013/main_japanese.htm

URL: 

Published: 2014-07-24  

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