2013 Fiscal Year Annual Research Report
アレル解析に基づく育種効果の遺伝統計学的検証基盤の開発
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23580055
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| Research Institution | National Agriculture and Food Research Organization |
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Principal Investigator |
藤井 浩 独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構, 果樹研究所カンキツ研究領域, 主任研究員 (00355398)
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| Keywords | カンキツ / カロテノイド / 遺伝子 / ゲノム / SNP / βークリプトキサンチン / アリル / 遺伝統計学 |
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| Research Abstract |
我が国のカンキツ育成品種の殆どは，14の祖先品種およびその後代との交配から育成されている．したがって，我が国のほとんどの育成品種は，14祖先品種に由来する28アレルのいずれかを２アレルを保有している．そこで，カロテノイド生合成にかかわる８つのカロテノイド代謝酵素遺伝子およびカロテノイド代謝酵素遺伝子を制御する３つの転写因子候補遺伝子の14品種の塩基配列を取得することを一つの目的とした．
昨年度までに，カンキツの全ゲノム情報として公開されているカンキツ品種クレメンティン（version 0.9）のゲノム配列に基づき，14祖先品種の対象遺伝子のゲノム領域およびシス要因となる上流・下流2Kbpのゲノム領域を濃縮し，濃縮した遺伝子領域の塩基配列を次世代シーケンサーで解読することに成功した．次世代シーケンサーで解読した塩基配列（リード）は100bp程度と短いので，祖先14品種のそれぞれの遺伝子領域の塩基配列をバイオインフォマティクス手法を用いてアセンブルを行った．
本年度は，アセンブルを行った祖先14品種の８つのカロテノイド代謝酵素遺伝子および３つの転写因子候補遺伝子および，それぞれの上・下流域2Kbpの配列を整理し，それぞれのコンセンサス配列を決定した．その際，新たにリリースされたクレメンティンの全ゲノム情報（version 1.0）を解析し．８つのカロテノイド代謝酵素遺伝子のゲノム上のコピー数を確定した．さらに，それぞれの遺伝子領域にマップされた次世代シーケンサーの多数のリードのアライメント結果を整理し，カロテノイド生合成系の途中段階にあり，健康機能性をもつβ-クリプトキサンチン蓄積に特にかかわる３つの代謝酵素遺伝子について，SNPの位置を確定した．
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[Journal Article] Construction of a citrus framework genetic map anchored by 708 gene-based markers.2014
Author(s)
Shimada, T., H. Fujii, T. Endo, T. Ueda, A. Sugiyama, M. Nakano, M. Kita, T. Yoshioka, T. Shimizu, H. Nesumi, Y. Ikoma, T. Moriguchi, M. Omura
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Journal Title
Tree Genetics and Genomes
Volume: 未定
Pages: 未定
DOI
Peer Reviewed
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