2013 Fiscal Year Research-status Report
多遺伝子座位配列解析による嫌気性グラム陰性桿菌の種の定義
| Project/Area Number |
23580126
|
|---|
| Research Institution | Institute of Physical and Chemical Research |
|---|
Principal Investigator |
坂本 光央 独立行政法人理化学研究所, バイオリソースセンター, 研究員 (50321766)
|
|---|
| Keywords | Bacteroides / MLSA / dnaJ / gyrB / hsp60 / recA / rpoB / 16S rRNA |
|---|
| Research Abstract |
本年度は、前年度までに全ゲノム配列の解析がうまくいっていない菌種などを中心にゲノム解析を行った。その結果、一部の菌株を除いてドラフトゲノム解析が終了し、先行して解析が行われたPorphyromonas crevioricanis JCM 15906TとJCM 13913（旧Porphyromonas cansulciの基準株）の2株と合わせると、Bacteroides属16種19株、Porphyromonas属6種8株およびPrevotella属26種26株からなる合計48種53株の嫌気性グラム陰性桿菌のゲノム情報を得ることができた。既に報告したP. crevioricanisの2株について詳細な解析を行ってみると、2株間におけるaverage nucleotide identity（ANI）値が99.5%、また、in silicoによるDNA-DNAハイブリダイゼーション値が96.5%と、既報の従来法によるDNA-DNAハイブリダイゼーションの結果を支持する結果が得られた。一方で、Bacteroides pyogenes JCM 6294T、JCM 6292（旧Bacteroides suisの基準株）およびJCM 10003（旧Bacteroides tectusの基準株）についても同様な解析を行ってみると、JCM 6294TとJCM 6292の2株間では99.9%（ANI）と100%（in silico）と高値を示し、従来法の結果とよく一致していたが、前述の2株のどちらか1株とJCM 10003株の2株間ではANI値が94.5%と従来法のDNA-DNA相同性値70％に相当するANIの閾値95%に近接した数値を示し、また、in silicoによる解析結果では64.7%と亜種レベルと考えられる数値を示した。従来法のDNA-DNA相同性値とANI値の関係を論じるには更なるデータの解析が必要であると思われる。
|
| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
本年度の目標は前年度までに決定できなかった菌種を中心にゲノム解析を行い、得られたゲノム情報を用いてANI値などを算出することであった。結果としては、一部の菌株を除き53株のドラフトゲノムの解析が終了した。また、ANI値を算出ために既製のANI解析プログラム「JSpecies」を活用することができ、従来法のDNA-DNA相同性値などとANI値の関係を論じる基礎を作り上げることができたため、達成度としてはおおむね順調である。
|
| Strategy for Future Research Activity |
ゲノム解析で得られた遺伝子情報ならびに既に公開されている遺伝子情報を精査して標的とするhouse keeping geneを抽出し、Muti Locus Sequence Analysis（MLSA）解析を行う。また、ANI解析プログラム「JSpecies」を活用してANI値を算出し、DNA-DNA相同性値、ANI値およびMLSAの関連性より嫌気グラム陰性桿菌における種を考察する。
|
| Expenditure Plans for the Next FY Research Funding |
平成25年度に、全ゲノム配列の解析がうまくいっていない菌種などを中心に再度ゲノム解析を行い、その結果などを基にaverage nucleotide identity（ANI）値の計測を行うとともに国際会議（小委員会）において発表する予定だったが、予定していた一部の菌株のゲノム解析が順調に進まず、また、予定していた会議が平成25年度は開催されず、平成26年度に変更になったために、未使用額が発生した。
平成26年度は、ゲノム解析などで得られた遺伝子情報を基にMuti Locus Sequence Analysis（MLSA）解析を行い、国際会議および論文での発表を行うこととし、未使用額はその経費に充てることとしたい。
|
Research Products
(5 results)
-
[Journal Article] Draft genome sequences of three strains of Bacteroides pyogenes isolated from feline and swine2014
Author(s)
Sakamoto, M., Oshima, K., Suda, W., Kitamura, K., Iida, T., Hattori, M. and Ohkuma, M
-
Journal Title
Genome Announc.
Volume: 2
Pages: -
DOI
Peer Reviewed
-
-
[Journal Article] Parabacteroides chinchillae sp. nov., isolated from chinchilla (Chinchilla lanigera) faeces2013
Author(s)
Kitahara, M., Sakamoto, M., Tsuchida, S., Kawasumi, K., Amao, H., Benno, Y. and Ohkuma, M
-
Journal Title
Int. J. Syst. Evol. Microbiol.
Volume: 63
Pages: 3470-3474
DOI
Peer Reviewed
-
-
