2012 Fiscal Year Research-status Report
次世代シーケンスを用いた日本人１型糖尿病における新規感受性ＳＮＰの同定
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23591321
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| Research Institution | Saitama Medical University |
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Principal Investigator |
粟田 卓也 埼玉医科大学, 医学部, 教授 (40184303)
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| Keywords | １型糖尿病 / 感受性 / バリアント / 日本人 |
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| Research Abstract |
日本人において、１型糖尿病の感受性遺伝子として、HLAクラスII（DRB1、DQB1）遺伝子以外に、インスリン(INS)，CTLA4，IL2RA，ERBB3，CLEC16Aなどの遺伝子が報告されている。しかし明らかになった非HLA感受性遺伝子の効果は弱く，他にも多くの非HLA１型糖尿病感受性遺伝子が存在していると考えられる。
昨年度の研究実績に記載した１型糖尿病候補遺伝子の次世代シーケンサーによるリシーケンス解析に引き続いて、全ゲノムのエクソーム解析を行った。
当科の1型糖尿病患者群（157症例）と健常対照群（96例）について、複数例のゲノムDNAを等量混合したプールDNA（患者群3または4例ずつ43プール、対照群8例ずつ12プール）を用意し、各プールからエクソームキャプチャーとシーケンス解析をおこなった。エクソームキャプチャーにはIllumina TruSeqおよびNimbleGen SeqCap EZをもちいた。シーケンス解析にはIllumina HiSeq2000を用いた(マルチプレックス、100 bpシングル)。各プールについて平均6,000万リード（60億塩基）のリードを得た。 BWAをもちいてリードをリファレンスゲノムにマップし、SAMTOOLSによりバリアントを検出した。非同義置換あるいはストップコドン変異をもたらすバリアントについて、全プールを統合して患者群と対照群それぞれのアレル頻度を算出し、患者群・対照群間における関連解析を行った。有意差レベルが高いバリアントを選別し、さらに多数例（合計1600例以上）について、関連解析を施行中である。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
エクソーム解析からは非常に多くの塩基配列が得られるが、そのアノテーション・アーチファクトの除去などが予想以上に困難であることが判明し時間がかかったが、多数例での関連解析に現在進んでおり、研究期間内に新規の感受性バリアントが同定できることを期待している。
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| Strategy for Future Research Activity |
予定通り最終年度である平成25年度で終了する予定である。得られた成果により、新たな研究課題の申請を検討する。
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| Expenditure Plans for the Next FY Research Funding |
多数例でのバリアントを同定するための試薬代に使用する。
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Research Products
(6 results)
