2013 Fiscal Year Annual Research Report
次世代シーケンスを用いた日本人１型糖尿病における新規感受性ＳＮＰの同定
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23591321
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| Research Institution | Saitama Medical University |
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Principal Investigator |
粟田 卓也 埼玉医科大学, 医学部, 教授 (40184303)
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| Keywords | 1型糖尿病 / 感受性 / SNP / バリアント / GLIS3 |
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| Research Abstract |
日本人において、1型糖尿病の感受性遺伝子として、HLAクラスII(DRB1、DQB1)遺伝子以外に、インスリン(INS), CTLA4, IL2RA, ERBB3, CLEC16Aなどの遺伝子が報告されている。しかし明らかになった非HLA感受性遺伝子の効果は弱く,他にも多くの非HLA1型糖尿病感受性遺伝子が存在していると考えられる。そのため、次世代シーケンスを用いた変異・多型解析を1型糖尿病候補遺伝子(非HLA)について 行い、日本人1型糖尿病感受性への関与を検討した。
1型糖尿病96症例と健常コントロール96例について、等量のゲノムDNAを48例ずつ混合した4つのpooled DNAを作成した。INS、CTLA4 、IL2RAなどの既知の感受性遺伝子とAIRE、WFS1などの候補遺伝子を合計24遺伝子ピックアップし、各遺伝子のエクソン領域のPCR増幅産物をpooled DNA毎にすべて混合した。各々について次世代シーケンス解析を行い、バリアントの検出を行った。
24遺伝子中の18遺伝子において、アミノ酸置換を伴うSNPが合計56個同定され、そのうちの34個が低頻度バリアント(対照における MAF<0.05)であった。得られたバリアントについて、当科および共同研究施設の症例・対照について関連解析を行い、GLIS3遺伝子のA908Vバリアントが１型糖尿病に抵抗性であることを見いだした（Haldane’s odds ratio = 0.046, p = 8.21 x 10-4, and pc = 2.22 x 10-2）。
白人以外では１型糖尿病に関連する低頻度バリアントは初めての報告である。今後、さらに全エクソーム解析による感受性/抵抗性バリアントの同定を行いたい。
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Research Products
(3 results)
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[Journal Article] A low-frequency GLIS3 variant associated with resistance to Japanese type 1 diabetes2013
Author(s)
Awata T, Yamashita H, Kurihara S, Morita-Ohkubo T, Miyashita Y, Katayama S, Kawasaki E, Tanaka S, Ikegami H, Maruyama T, Shimada A, Takahashi K, Kawabata Y, Kobayashi T, Nishida N, Mawatari Y
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Journal Title
Biochem Biophys Res Commun
Volume: 437
Pages: 521-525
Peer Reviewed
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[Journal Article] Diagnostic criteria for acute-onset type 1 diabetes mellitus (2012)2013
Author(s)
Eiji Kawasaki, Taro Maruyama, Akihisa Imagawa, Takuya Awata, Hiroshi Ikegami, Yasuko Uchigata, Haruhiko Osawa, Yumiko Kawabata, Tetsuro Kobayashi, Akira Shimada, Ikki Shimizu, Kazuma Takahashi, Masao Nagata, Hideichi Makino, Toshiaki Hanafusa
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Journal Title
J Diabetes Invest
Volume: 4
Pages: 221-225
DOI
Peer Reviewed
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