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2012 Fiscal Year Research-status Report

SNPアレイとメチル化アレイを用いたT細胞型急性リンパ性白血病の統合的遺伝子解析

Research Project

Project/Area Number 23591560
Research InstitutionGunma Institute of Public Health and Environmental Sciences

Principal Investigator

朴 明子  群馬県衛生環境研究所, その他部局等, 研究員 (50450375)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 林 泰秀  群馬県衛生環境研究所, その他部局等, 研究員 (30238133)
外松 学  群馬県衛生環境研究所, その他部局等, 研究員 (70251113)
大木 健太郎  群馬県衛生環境研究所, その他部局等, 研究員 (50400966)
Keywords遺伝子 / ゲノム / 癌 / マイクロアレイ
Research Abstract

小児T細胞型急性リンパ性白血病(T-ALL)のJACLS 55例の検体をSNPアレイ解析を行ない、昨年度までにホモ欠失やuniparental disomy(UPD)から11p13のWT1、4qのLEF1、およびNOTCH1経路に関連する遺伝子を含む複数の新規遺伝子の変異解析と臨床的解析を行い、治療成績の向上とT-ALLの病態解明を行ってきた。
今年度はタイプIサイトカイン受容体ファミリーでInterleukin 7(IL7)の受容体でガンマーと複合体を形成するIL7Rの遺伝子解析を行った。IL7Rは5p13に座位し機能を喪失すると免疫不全症候群を引き起こす。JACLSのT-ALL 55例中4例(7.2%)にIL7Rの異常がみられ、T-非ホジキンリンパ腫(NHL) 14例では変異はみられなかった。みられた4変異のうち3変異はエクソン6の膜貫通部位にあり、挿入と欠失によるフレームシフトがみられ、1変異はエクソン6のV235Gのミスセンス変異であった。JACLS ALL-97では4例いずれも再発がなく、予後良好かと思われた。この変異は表面マーカー、性、末梢白血球数、中枢神経浸潤、前縦隔腫瘍の有無との相関はみられなかった。4例中3例に、同時にNOTCH1遺伝子の異常を認め、下流のAKT/PI3経路の遺伝子の異常の検索が必要と思われた。今後、症例を増やしてTCCSGのT-ALL 60例でも変異を検索し、臨床像との関係を検討しているところである。さらにBCL11B等いくつかの新規遺伝子のホモ欠失とUPDの検索も計画している。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

今年度はInterleukin 7(IL7)の受容体でガンマーと複合体を形成するIL7Rの遺伝子解析を行った。JACLSのT-ALL 55例中4例(7.2%)にIL7Rの異常がみられ、T-非ホジキンリンパ腫(NHL) 14例では変異はみられなかった。みられた4変異のうち3変異はエクソン6の膜貫通部位にあり、挿入と欠失によるフレームシフトがみられ、1変異はエクソン6のV235Gのミスセンス変異であった。JACLS ALL-97では4例いずれも再発がなく、予後良好かと思われた。この変異は表面マーカー解析、性、末梢白血球数、中枢神経浸潤、前縦隔腫瘍の有無との相関はみられなかった。4例中3例に、同時にNOTCH1遺伝子の異常を認め、下流のAKT/PI3経路の遺伝子の異常の検索が必要と思われた。研究はおおむね順調であり、今後BCL11B等いくつかの新規遺伝子の検索も計画している。

Strategy for Future Research Activity

今年度は他でみい出されたIL7R遺伝子につき、JACLSのT-ALL登録 55例で研究を行った。今後はTCCSGのT-ALL 60例を加えT-ALLの多数例の臨床像との関係を詳細に検討する予定である。さらにSNPアレイを用いてT-ALLとT-NHLの発症と進展に関与する新規遺伝子の抽出を行い、新たにBCL11B遺伝子等の新規遺伝子をみいだしたので、今後、BCL11B遺伝子の変異と臨床像との関係を明らかにする。
さらに、初診時、寛解時、再発時の検体を用いて10例のエクソーム解析を行い、T-ALLの発症と進展に関与する遺伝子を明らかにする。

Expenditure Plans for the Next FY Research Funding

①IL-7Rの変異と詳細な臨床像との関係を明らかにする。
②BCL11B遺伝子の変異の解析と臨床像の相関を明らかにする。
③初診時、寛解時、再発時の検体を用いて10例のエクソーム解析を行い、T-ALLの発症と進展に関与する遺伝子を明らかにし、クローン進化(clonal evolution)の研究を行う。
これらを研究予定なので、PCR、シーケンスの試薬を中心に昨年度の先送りした研究費を合わせて今年度の研究費を使用する予定である。エクソーム解析のキットも購入する予定である。

  • Research Products

    (55 results)

All 2013 2012 Other

All Journal Article (14 results) (of which Peer Reviewed: 14 results) Presentation (41 results)

  • [Journal Article] Naturally occurring oncogenic GATA1 mutants with internal deletions in transient abnormal myelopoiesis in Down syndrome2013

    • Author(s)
      Toki T, Kanezaki R, Kobayashi E, Kaneko H, Suzuki M, Wang R, Terui K, Kanegane H, Maeda M, Endo M, Mizuochi T, Adachi S, Hayashi Y, Yamamoto M, Shimizu R, Ito E.
    • Journal Title

      Blood

      Volume: 121 Pages: 3181-3184

    • DOI

      10.1182/blood-2012-01-405746

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Cytomegalovirus retinitis during maintenance therapy for T-cell acute lymphoblastic leukemia2013

    • Author(s)
      Wakai K, Sano H, Shimada A, Shiozawa Y, Park MJ, Sotomatsu M, Yanagisawa R, Koike K, Kozawa K, Ryo A, Tsukagoshi H, Kimura H, Hayashi Y.
    • Journal Title

      J Pediatr Hematol Oncol

      Volume: 35 Pages: 162-163

    • DOI

      10.1097/MPH.0b013e318279e920

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] An Inv(16)(p13.3q24.3)-encoded CBFA2T3-GLIS2 fusion protein defines an aggressive subtype of pediatric acute megakaryoblastic leukemia.2012

    • Author(s)
      Gruber TA, et al.
    • Journal Title

      Cancer Cell.

      Volume: 22 Pages: 683-697

    • DOI

      doi: 10.1016/j.ccr.2012.10.007

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] High WT1 mRNA expression after induction chemotherapy and FLT3-ITD have prognostic impact in pediatric acute myeloid leukemia: a study of the Japanese Childhood AML Cooperative Study Group.2012

    • Author(s)
      Shimada A, et al.
    • Journal Title

      Int J Hematol

      Volume: 96 Pages: 469-476

    • DOI

      doi: 10.1007/s12185-012-1163-1

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Somatic mosaicism for oncogenic NRAS mutations in juvenile myelomonocytic leukemia.2012

    • Author(s)
      Doisaki S, et al.
    • Journal Title

      Blood.

      Volume: 120 Pages: 1485-1488

    • DOI

      doi: 10.1182/blood-2012-02-406090

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Eosinophil granular proteins damage bronchial epithelial cells infected with respiratory syncytial virus.2012

    • Author(s)
      Kato M, et al.
    • Journal Title

      Int Arch Allergy Immunol.

      Volume: 158 Suppl 1 Pages: 11-18

    • DOI

      doi: 10.1159/000337752

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Childhood acute myeloid leukemia with bone marrow eosinophilia caused by t(16;21)(q24;q22).2012

    • Author(s)
      Kawashima N, et al.
    • Journal Title

      Int J Hematol.

      Volume: 95 Pages: 577-580

    • DOI

      doi: 10.1007/s12185-012-1044-7

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] RAS mutations are frequent in FAB type M4 and M5 of acute myeloid leukemia, and related to late relapse: a study of the Japanese Childhood AML Cooperative Study Group.2012

    • Author(s)
      Sano H, et al.
    • Journal Title

      Int J Hematol

      Volume: 95 Pages: 509-515

    • DOI

      doi: 10.1007/s12185-012-1033-x

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Novel splicing factor mutations in juvenile myelomonocytic leukemia.2012

    • Author(s)
      Takita J, et al.
    • Journal Title

      Leukemia.

      Volume: 26 Pages: 1879-1898

    • DOI

      doi: 10.1038/leu.2012.45

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Aberrant activation of ALK kinase by a novel truncated form ALK protein in neuroblastoma.2012

    • Author(s)
      Okubo J, et al.
    • Journal Title

      Oncogene.

      Volume: 31 Pages: 4667-4676

    • DOI

      doi: 10.1038/onc.2011.616

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] CBL mutation in chronic myelomonocytic leukemia secondary to familial platelet disorder with propensity to develop acute myeloid leukemia.2012

    • Author(s)
      Shiba N, et al.
    • Journal Title

      Blood

      Volume: 119 Pages: 2612-2614

    • DOI

      doi: 10.1182/blood-2011-02-333435

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Clinical significance of early T-cell precursor acute lymphoblastic leukaemia: Results of the Tokyo Children’s Cancer Study Group Study L99-15.2012

    • Author(s)
      Inukai T, et al.
    • Journal Title

      Brit J Haematol

      Volume: 156 Pages: 358-365

    • DOI

      doi: 10.1111/j.1365-2141.2011.08955.x

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] DNMT3A mutations are rare in childhood acute myeloid leukaemia, myelodysplastic syndromes and juvenile myelomonocytic leukaemia.2012

    • Author(s)
      Shiba N, et al.
    • Journal Title

      Br J Haematol

      Volume: 156 Pages: 413-414

    • DOI

      doi: 10.1111/j.1365-2141.2011.08879.x

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] CBL mutations in infant acute lymphoblastic leukaemia.2012

    • Author(s)
      Shiba N, et al.
    • Journal Title

      Br J Haematol

      Volume: 156 Pages: 672-674

    • DOI

      doi: 10.1111/j.1365-2141.2011.08900.x

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 先端的ゲノムスキャニングを用いた難治性小児固形腫瘍における標的分子の探索.

    • Author(s)
      滝田順子, 他
    • Organizer
      第115回日本小児科学会学術集会
    • Place of Presentation
      福岡
  • [Presentation] 次世代シークエンサーを用いた神経芽腫のエクソーム解析.

    • Author(s)
      西村力, 他.
    • Organizer
      第115回日本小児科学会学術集会
    • Place of Presentation
      福岡
  • [Presentation] 次世代シークエンサーを用いたEwing肉腫のエクソーム解析.

    • Author(s)
      大久保純, 他
    • Organizer
      第115回日本小児科学会学術集会
    • Place of Presentation
      福岡
  • [Presentation] 発現アレイを用いた小児急性骨髄性白血病における、NUP98-NSD1融合遺伝子の解析.

    • Author(s)
      柴 徳生, 他
    • Organizer
      第115回日本小児科学会学術集会
    • Place of Presentation
      福岡
  • [Presentation] TCCSGの小児B前駆細胞型急性リンパ性白血病におけるCRLF2とIKZF1、JAK遺伝子解析.

    • Author(s)
      大木健太郎, 他
    • Organizer
      第115回日本小児科学会学術集会
    • Place of Presentation
      福岡
  • [Presentation] 第2再発時に初めてMLL-AF4陽性となったB前駆型急性リンパ性白血病1例におけるクローン構造の検討.

    • Author(s)
      大木健太郎, 他
    • Organizer
      第8回北関東小児がんセミナー
    • Place of Presentation
      高崎
  • [Presentation] TAMに合併する肝機能障害について.

    • Author(s)
      朴 明子, 他
    • Organizer
      第48回日本周産期・新生児医学会学術集会
    • Place of Presentation
      さいたま
  • [Presentation] 2遺伝子の発現に基づく高リスク小児急性骨髄性白血病の同定.

    • Author(s)
      三谷幸代, 他
    • Organizer
      第71回日本癌学会学術総会
    • Place of Presentation
      札幌
  • [Presentation] BLNK欠損preB-ALLとB細胞分化におけるC/Ebpbの働き.

    • Author(s)
      倉田盛人, 他
    • Organizer
      第71回日本癌学会学術総会
    • Place of Presentation
      札幌
  • [Presentation] 神経芽腫におけるエピジェネティック関連遺伝子の網羅的ゲノム解析

    • Author(s)
      星野諭子, 他
    • Organizer
      第71回日本癌学会学術総会
    • Place of Presentation
      札幌
  • [Presentation] 全エクソーム解析による小児急性骨髄性白血病の新規発症原因遺伝子変異の同定,

    • Author(s)
      柴 徳生, 他
    • Organizer
      第71回日本癌学会学術総会
    • Place of Presentation
      札幌
  • [Presentation] 次世代シーケンサーによる再発肺芽腫のエクソーム解析.

    • Author(s)
      関 正史, 他
    • Organizer
      第71回日本癌学会学術総会
    • Place of Presentation
      札幌
  • [Presentation] SNPアレイをエクソーム解析を用いた横紋筋肉腫の初発・再発/転移巣のクローン比較.

    • Author(s)
      西村 力, 他
    • Organizer
      第71回日本癌学会学術総会
    • Place of Presentation
      札幌
  • [Presentation] 次世代シークエンサーを用いたユーイング肉腫発生の分子生物学的検討.

    • Author(s)
      樋渡光輝, 他
    • Organizer
      第71回日本癌学会学術総会
    • Place of Presentation
      札幌
  • [Presentation] Fusion gene-specific signature of microRNR expression in childhood ALL.

    • Author(s)
      Kiyokawa N, et al.
    • Organizer
      第74回日本血液学会学術集会
    • Place of Presentation
      京都
  • [Presentation] Gene expression profile related to prognosis of childhood ALL without fusion genes.

    • Author(s)
      Iijima K, et al.
    • Organizer
      第74回日本血液学会学術集会
    • Place of Presentation
      京都
  • [Presentation] IL-7R gene mutations in childhood T-cell acute lymphoblastic leukemia.

    • Author(s)
      Park MJ, et al.
    • Organizer
      第74回日本血液学会学術集会
    • Place of Presentation
      京都
  • [Presentation] Analysisi of CRLF2 and IKZF1, JAK, IL7R genes in pediatric B-precursor ALL treated on TCCSG protocol.

    • Author(s)
      Oki K, et al.
    • Organizer
      第74回日本血液学会学術集会
    • Place of Presentation
      京都
  • [Presentation] JAK2 V617F mutation in pediatric myeloproliferative neoplasm.

    • Author(s)
      Shimada A, et al.
    • Organizer
      第74回日本血液学会学術集会
    • Place of Presentation
      京都
  • [Presentation] Clonal architecture and evolution of pediatric AML.

    • Author(s)
      Okuno Y, et al.
    • Organizer
      第74回日本血液学会学術集会
    • Place of Presentation
      京都
  • [Presentation] Whole exome resequencing reveals novel gene mutations in pediatric AML.

    • Author(s)
      Shiba N, et al.
    • Organizer
      第74回日本血液学会学術集会
    • Place of Presentation
      京都
  • [Presentation] Characteristics and prognostic impacts of structural chromosomal abnormalities in childhood ALL.

    • Author(s)
      Takahashi H, et al.
    • Organizer
      第74回日本血液学会学術集会
    • Place of Presentation
      京都
  • [Presentation] NUP98-NSD1 related gene expression signature is associated with a poor prognosis in pediatric AML.

    • Author(s)
      Shiba N, et al.
    • Organizer
      第74回日本血液学会学術集会
    • Place of Presentation
      京都
  • [Presentation] 小児B前駆細胞型急性リンパ性白血病におけるclonal evolutionの解析.

    • Author(s)
      大木健太郎,他
    • Organizer
      第54回日本小児血液・がん学会学術集会
    • Place of Presentation
      横浜
  • [Presentation] 進行期T細胞性リンパ芽球性リンパ腫の染色体異常解析―JPLSGからの報告.

    • Author(s)
      関水匡大,他
    • Organizer
      第54回日本小児血液・がん学会学術集会
    • Place of Presentation
      横浜
  • [Presentation] 先端的ゲノム解析技術を用いた胸膜肺芽腫における発症分子機構の解明.

    • Author(s)
      関 正史,他
    • Organizer
      第54回日本小児血液・がん学会学術集会
    • Place of Presentation
      横浜
  • [Presentation] MLPA法を用いたT-ALL遺伝子異常についての解析.

    • Author(s)
      朴 明子,他
    • Organizer
      第54回日本小児血液・がん学会学術集会
    • Place of Presentation
      横浜
  • [Presentation] t(17;19)(q22;p13.3)を含む染色体異常を呈したT細胞性急性リンパ性白血病の1例.

    • Author(s)
      西 眞範,他
    • Organizer
      第54回日本小児血液・がん学会学術集会
    • Place of Presentation
      横浜
  • [Presentation] 神経芽腫におけるエピジェネティック関連遺伝子の網羅的ゲノム解析

    • Author(s)
      星野諭子,他
    • Organizer
      第54回日本小児血液・がん学会学術集会
    • Place of Presentation
      横浜
  • [Presentation] 神経芽腫における網羅的メチル化解析

    • Author(s)
      関 正史,他
    • Organizer
      第54回日本小児血液・がん学会学術集会
    • Place of Presentation
      横浜
  • [Presentation] 全エクソーム解析による小児急性骨髄性白血病の新規発症原因遺伝子変異の同定

    • Author(s)
      柴 徳生,他
    • Organizer
      第54回日本小児血液・がん学会学術集会
    • Place of Presentation
      横浜
  • [Presentation] 小児急性骨髄性白血病におけるGATA2遺伝子変異同定.

    • Author(s)
      柴 徳生,他
    • Organizer
      第54回日本小児血液・がん学会学術集会
    • Place of Presentation
      横浜
  • [Presentation] TAM芽球におけるCD117発現と末梢血中芽球割合の相関.

    • Author(s)
      出口隆生,他
    • Organizer
      第54回日本小児血液・がん学会学術集会
    • Place of Presentation
      横浜
  • [Presentation] ダウン症候群に合併した一過性骨髄異常増殖症に対する少量シタラビン療法による腫瘍崩壊症候群.

    • Author(s)
      村松秀城,他
    • Organizer
      第54回日本小児血液・がん学会学術集会
    • Place of Presentation
      横浜
  • [Presentation] 小児骨髄増殖疾患におけるJAK2V617F遺伝子変異.

    • Author(s)
      嶋田 明,他
    • Organizer
      第54回日本小児血液・がん学会学術集会
    • Place of Presentation
      横浜
  • [Presentation] CD66c陽性小児急性リンパ芽球性白血病の特徴.

    • Author(s)
      富田 理,他
    • Organizer
      第54回日本小児血液・がん学会学術集会
    • Place of Presentation
      横浜
  • [Presentation] 小児リンパ腫における遺伝子異常の解析.

    • Author(s)
      大木健太郎,他
    • Organizer
      第54回日本小児血液・がん学会学術集会
    • Place of Presentation
      横浜
  • [Presentation] 次世代シーケンサとSNPアレイを用いた横紋筋肉腫3例における初発/再発・転移巣の比較.

    • Author(s)
      西村 力,他
    • Organizer
      第54回日本小児血液・がん学会学術集会
    • Place of Presentation
      横浜
  • [Presentation] NUP98-NSD1 related gene expression signature is strongly associated with a poor prognosis in pediatric acute myeloid leukemia.

    • Author(s)
      Shiba N, et al.
    • Organizer
      54rd Annual Meeting of the American Society of Hematology
    • Place of Presentation
      Atlanta
  • [Presentation] Whole exome sequencing reveals spectrum of gene mutations in pediatric AML.

    • Author(s)
      Shiba N, et al.
    • Organizer
      54rd Annual Meeting of the American Society of Hematology
    • Place of Presentation
      Atlanta
  • [Presentation] GATA2 mutations in pediatric acute myeloid leukemia: a study of the Japanese Childhood AML Cooperative Study Group.

    • Author(s)
      Shiba N, et al.
    • Organizer
      54rd Annual Meeting of the American Society of Hematology
    • Place of Presentation
      Atlanta

URL: 

Published: 2014-07-24  

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