統合ゲノム解析による難治性神経芽腫の病態関連遺伝子の探索

2013 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 23591562
• Research Institution: Chiba Cancer Center (Research Institute)
• Principal Investigator: 大平 美紀 千葉県がんセンター(研究所), がんゲノム研究室, 室長 (20311384)
• Keywords: 癌 / ゲノム / マイクロアレイ

Research Abstract

多様な予後臨床像を示す神経芽腫の各サブセットについて最適な治療戦略をたてることを目的に、ゲノム異常と遺伝子発現の観点から悪性化腫瘍に強く関連する分子的特徴を明らかにする。これまでに蓄積してきた神経芽腫組織バンクを解析対象とし、網羅的ゲノムコピー数解析、遺伝子発現解析、エピゲノム解析、マイクロRNA発現解析を組み合わせることにより、新規予後マーカーや治療標的遺伝子の同定を目的とする。平成25年度はこれまでに同定された候補遺伝子について、結果の検証を進め、その結果について学会等で報告した。
1. MYCN増幅群のゲノムおよび発現アレイ解析：典型的難治性タイプのMYCN増幅群30例について取得したアレイCGHデータと、患者予後との相関解析を行ったところ、ゲノムコピー数の特定のパターンと死亡群との相関がえられたため、検証用の症例を300例追加し、予後因子としての評価を行った。網羅的遺伝子発現を用いた予後マーカーとの比較から、このゲノムパターンがより高精度に予後不良群を予測することが再現性をもって示された。
2. 予後関連マイクロRNAの検証：本研究で抽出した予後に相関する80種類のマイクロRNAのうち、最も相関の高かった2種類について120症例の独立検体を用いて定量PCRを行い、再現性をもって新規予後因子として利用できることを確認した。
3. 予後関連エピゲノム変化の検索：神経芽腫細胞株を用いたBisulfite sequenceから絞り込んだ候補遺伝子のうち、予後不良群で発現低下が見られる一つについて、2種類のプライマーセットを作製し、パイロシーケンサーによる定量Bisulfite-PCRを50例の独立症例について行った。本エピゲノムマーカーは上記のゲノムあるいはマイクロRNAマーカーに比して予後との相関はやや低く、リスク分類の構築には後者2つのマーカーが有効であることが示唆された。

Research Products

• [Journal Article] Novel 1p tumour suppressor Dnmt1-associated protein 1 regulates MYCN/ataxia telangiectasia mutated/p53 pathway (2014)
  • Author(s): Yamaguchi Y, Takenobu H, Ohir a M, Nakazawa A, Yoshida S, Akita N, Shimozato O, Iwama A, Nakagawara A, Kamijo T.
  • Journal Title: Eur J Cancer Volume: 50 Pages: 1555-1565
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] NCYM, a Cis-antisense gene of MYCN, encodes a de novo evolved protein that inhibits GSK3β resulting in the stabilization of MYCN in human neuroblastomas. (2014)
  • Author(s): Suenaga Y, Islam SM, Alagu J, Kaneko Y, Kato M, Tanaka Y, Kawana H, Hossain S, Matsumoto D, Yamamoto M, Shoji W, Itami M, Shibata T, Nakamura Y, Ohira M, Haraguchi S, Takatori A, Nakagawara A.
  • Journal Title: PLoS Genet Volume: 10 Pages: e1003996
  • DOI: doi: 10.1371/journal.pgen.1003996.
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] ALK is a MYCN target gene and regulates cell migration and invasion in neuroblastoma. (2013)
  • Author(s): Hasan MK, Nafady A, Takatori A, Kishida S, Ohira M, Suenaga Y, Hossain S, Akter J, Ogura A, Nakamura Y, Kadomatsu K, Nakagawara A.
  • Journal Title: Sci Rep Volume: 3 Pages: 3450
  • DOI: doi: 10.1038/srep03450
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] RUNX3 interacts with MYCN and facilitates protein degradation in neuroblastoma. (2013)
  • Author(s): Yu F, Gao W, Yokochi T, Suenaga Y, Ando K, Ohira M, Nakamura Y, Nakagawara A.
  • Journal Title: Oncogene Volume: 33 Pages: 2601-2609
  • DOI: doi: 10.1038/onc.2013.221
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Dependence receptor UNC5D mediates nerve growth factor depletion-induced neuroblastoma regression. (2013)
  • Author(s): Zhu Y, Li Y, Haraguchi S, Yu M, Ohira M, Ozaki T, Nakagawa A, Ushijima T, Isogai E, Koseki H, Nakamura Y, Kong C, Mehlen P, Arakawa H, Nakagawara A.
  • Journal Title: J Clin Invest Volume: 123 Pages: 2935-2947
  • DOI: doi: 10.1172/JCI65988
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Stronger prognostic power of the CpG island methylator phenotype than methylation of individual genes in neuroblastomas (2013)
  • Author(s): Asada K, Watanabe N, Nakamura Y, Ohira M, Westermann F, Schwab M, Nakagawara A, Ushijima T.
  • Journal Title: Jpn J Clin Oncol Volume: 43 Pages: 641-645
  • DOI: doi: 10.1093/jjco/hyt058
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Novel adaptor protein Shf interacts with ALK receptor and negatively regulates its downstream signals in neuroblastoma. (2013)
  • Author(s): Takagi D, Tatsumi Y, Yokochi T, Takatori A, Ohira M, Kamijo T, Kondo S, Fujii Y, Nakagawara A.
  • Journal Title: Cancer Sci Volume: 104 Pages: 563-572
  • DOI: doi: 10.1111/cas.12115
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] A MYCN-amplified cell line derived from a long-term event-free survivor among our sixteen established neuroblastoma cell lines. (2013)
  • Author(s): Sugimoto T, Gotoh T, Yagyu S, Kuroda H, Iehara T, Hosoi H, Ohta S, Ohira M, Nakagawara A.
  • Journal Title: Cancer Lett Volume: 331 Pages: 115-121
  • DOI: doi: 10.1016/j.canlet.2012.12.011.
  • Peer Reviewed
• [Presentation] 網羅的ゲノム解析を用いたMYCN非増幅型難治性神経芽腫の予後関連ゲノム異常の検索 (2013)
  • Author(s): 大平美紀, 他8名
  • Organizer: 第55回日本小児血液・がん学会学術集会
  • Place of Presentation: 福岡
  • Year and Date: 20131129-1201
• [Presentation] Whole exome sequencing of 101 neuroblastomas with distinct genomic subgroups identified significantly mutated pathways in aggressive tumor subtypes (2013)
  • Author(s): M.Ohira, Y.Li, Y.Zhou, X.Li, Z.Gao, K.Tatsuno, S.Tsutsumi, S.Yamamoto, Y.Nakamura, T.Kamijo, H.Aburatani, A.Nakagawara
  • Organizer: AACR Special Conference on Pediatric Cancer At The Crossroads (AACR-PCAC)
  • Place of Presentation: 米国・サンディエゴ
  • Year and Date: 20131103-20131106
• [Presentation] 難治性中間型神経芽腫の予後に関与するゲノムプロファイルの検索 (2013)
  • Author(s): 大平美紀, 他7名
  • Organizer: 第72回日本癌学会学術総会
  • Place of Presentation: 横浜
  • Year and Date: 20131003-05
• [Presentation] Risk classification of neuroblastoma based on genomic profiles: For future tailor-made therapeutic strategies in Japan (2013)
  • Author(s): M.Ohira, T.Kamijo, Y.Nakamura, K.Matsumoto, M.Kumagai, A.Nakazawa, T.Takimoto, T.Fukushima, T.Tajiri, H.Ikeda, A.Nakagawara
  • Organizer: 第45回国際小児がん学会(SIOP2013)
  • Place of Presentation: 中国・香港
  • Year and Date: 20130925-20130928
• [Presentation] Prognosis-related miRNA expression profiles of neuroblastoma Short title: miRNA expression in neuroblastoma (2013)
  • Author(s): M.Ohira, E.Isogai, Y.Nakamura, T.Kamijo, A.Nakagawara
  • Organizer: 第104回米国癌学会総会(AACR2013)
  • Place of Presentation: 米国・ワシントンD.C.
  • Year and Date: 20130406-20130410