2013 Fiscal Year Annual Research Report

胃癌患者末梢血中の癌細胞由来浮遊ＤＮＡ検出法の確立

Research Project

Project/Area Number	23591928
Research Institution	Osaka University
Principal Investigator	黒川幸典大阪大学, 医学(系)研究科(研究院), 助教 (10470197)
Co-Investigator(Kenkyū-buntansha)	瀧口修司大阪大学, 医学(系)研究科(研究院), 講師 (00301268) 加藤菊也地方独立行政法人大阪府立病院機構大阪府立成人病センター(研究所), その他部局等, その他 (60194809) 谷口一也地方独立行政法人大阪府立病院機構大阪府立成人病センター(研究所), その他部局等, その他 (70463289)
Keywords	胃癌 / ctDNA / BEAMing / 次世代シーケンサー
Research Abstract	1.胃癌原発巣における変異の検出サンガー法によるTP53のシーケンシングを42例に行い10例(24%)に変異を同定した。これらの変異はいずれもアミノ酸変化を伴うものであった。またctDNAをより汎用的なマーカーとするためには、大半の症例で何らかの遺伝子変異を同定する必要がある。このための試みとして、複数の癌関連遺伝子を一度にシーケンシングすることが可能な次世代シーケンサー用Cancer Panelを用いた原発巣解析を追加した。これまでに3例に解析を行い、全例でTP53以外にもctDNA検出に有用と考えられる遺伝子変異(PIK3CA, FBXW7)が同定された。 2.血漿中の変異遺伝子の検出血漿中に存在する希少な変異アレル検出の方法として、次世代シーケンサーIon Torrentによる実験系の確立を行った。このプラットフォームは、BEAMingと同じ化学反応を使用しつつも実験手法が比較的簡便で、かつPCRで増幅した血漿中のDNAを変異点のみでなく全長にわたり解析する点で拡張性が高い。原発巣におけるTP53変異を同定した上記10例のうち6例に対して本手法を用いた術前血漿の解析を行い、3例でctDNAの検出が可能であった。これらの3例の変異に関して、健常人WBCゲノムのコントロールシーケンス24ランのデータから、本アッセイ系におけるノイズ（シーケンスエラーレート）を調べ、検出閾値の決定を行った。この3例では治療経過を追跡し、切除後、再発後、化学療法後などの血液検体を解析した。結果としてctDNAの定量値は、病勢や治療効果と合致する推移を示した。TP53以外の遺伝子による検証でもctDNA定量値は同様の推移を示した。