2013 Fiscal Year Annual Research Report
胃癌患者末梢血中の癌細胞由来浮遊ＤＮＡ検出法の確立
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23591928
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| Research Institution | Osaka University |
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Principal Investigator |
黒川 幸典 大阪大学, 医学(系)研究科(研究院), 助教 (10470197)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
瀧口 修司 大阪大学, 医学(系)研究科(研究院), 講師 (00301268)
加藤 菊也 地方独立行政法人大阪府立病院機構大阪府立成人病センター(研究所), その他部局等, その他 (60194809)
谷口 一也 地方独立行政法人大阪府立病院機構大阪府立成人病センター(研究所), その他部局等, その他 (70463289)
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| Keywords | 胃癌 / ctDNA / BEAMing / 次世代シーケンサー |
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| Research Abstract |
1.胃癌原発巣における変異の検出
サンガー法によるTP53のシーケンシングを42例に行い10例(24%)に変異を同定した。これらの変異はいずれもアミノ酸変化を伴うものであった。またctDNAをより汎用的なマーカーとするためには、大半の症例で何らかの遺伝子変異を同定する必要がある。このための試みとして、複数の癌関連遺伝子を一度にシーケンシングすることが可能な次世代シーケンサー用Cancer Panelを用いた原発巣解析を追加した。これまでに3例に解析を行い、全例でTP53以外にもctDNA検出に有用と考えられる遺伝子変異(PIK3CA, FBXW7)が同定された。
2.血漿中の変異遺伝子の検出
血漿中に存在する希少な変異アレル検出の方法として、次世代シーケンサーIon Torrentによる実験系の確立を行った。このプラットフォームは、BEAMingと同じ化学反応を使用しつつも実験手法が比較的簡便で、かつPCRで増幅した血漿中のDNAを変異点のみでなく全長にわたり解析する点で拡張性が高い。原発巣におけるTP53変異を同定した上記10例のうち6例に対して本手法を用いた術前血漿の解析を行い、3例でctDNAの検出が可能であった。これらの3例の変異に関して、健常人WBCゲノムのコントロールシーケンス24ランのデータから、本アッセイ系におけるノイズ（シーケンスエラーレート）を調べ、検出閾値の決定を行った。この3例では治療経過を追跡し、切除後、再発後、化学療法後などの血液検体を解析した。結果としてctDNAの定量値は、病勢や治療効果と合致する推移を示した。TP53以外の遺伝子による検証でもctDNA定量値は同様の推移を示した。
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Research Products
(2 results)
