2012 Fiscal Year Research-status Report
脳動脈瘤家系のパーソナルゲノムの全塩基配列決定：特にゲノム構造多型の解析
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23592108
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| Research Institution | Tokyo Women's Medical University |
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Principal Investigator |
糟谷 英俊 東京女子医科大学, 医学部, 教授 (50169455)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
恩田 英明 東京女子医科大学, 医学部, 非常勤講師 (60185692)
米山 琢 東京女子医科大学, 医学部, 助教 (90318105)
赤川 浩之 東京女子医科大学, 医学部, テニュアトラック准教授 (60398807)
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| Keywords | 脳動脈瘤 / 遺伝子解析 / 次世代シーケンサー / Identity-by-descent |
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| Research Abstract |
前年度までに、罹患者７名を有する脳動脈瘤大家系から発端者１名を選定し、次世代シーケンサーSOLiD4（ライフテクノロジーズ）による全ゲノムシーケンシングを完了している。本年度は、SOLiD4がSOLiD5500xlにバージョンアップしたのを受け、解析ソフトウエアもBioScopeからLifeScopeへとアップグレードされた。そこで本年度は、この新しい解析ツールによるデータの再解析を行っている。大きな欠失・挿入に加えcopy number variation(CNV)の解析も行っている。一方で、得られた膨大なデータ量のなかから、いかに有望な遺伝子領域を絞り込んでいくかも解析の鍵となる。そのために、本家系の発端者を含む罹患者4例と非罹患者3例について、SNPアレイを用いて全ゲノム100万SNPのジェノタイピングも行っている。前年度はこのSNPデータを用いて、ゲノムワイド連鎖解析を行ったが、不完全浸透を示す個体の存在が強く疑われる家系であったため、適切なパラメータを設定することが困難で、高いLOD値を示す領域も存在しない、といった問題点があった。そこで本年度は、本家系の高密度SNPデータを日本人HapMapデータと結合させることにより相の決定を行い、家系メンバーで共有されるIdentity-by-descent(IBD)セグメントを明らかにした。解析にはBEAGLE Version3.3.2 (http://faculty.washington.edu/browning/beagle/beagle.html)を使用した。全ゲノムシーケンスを行った発端者を含む３人以上の罹患者で、2cM以上共有されているセグメントが251個特定できた。これらのセグメント内に存在する候補SVを、Comparative Genomic Hybridization法でバリデーションを進めていく。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
1: Research has progressed more than it was originally planned.
Reason
通常の連鎖解析に加え、新たにIBDセグメント解析を終えた。これにより罹患者で共有されているヴァリアントを高精度に予測することが可能となった。
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| Strategy for Future Research Activity |
有望な構造多型等のバリエーションが検出された場合には、多数の患者・対照サンプルでジェノタイピングをおこない関連解析を行う。そのために効率の良い遺伝子タイピング法を開発する。有意な関連が示された場合には機能解析も行う。
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| Expenditure Plans for the Next FY Research Funding |
主には、上記計画に研究費が費やされる。
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