2012 Fiscal Year Research-status Report
新たな視点からの緑内障発症遺伝要因の追究：ゲノムコピー数多型（ＣＮＶ）の解析
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23592562
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| Research Institution | Hamamatsu University School of Medicine |
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Principal Investigator |
蓑島 伸生 浜松医科大学, 学内共同利用施設等, 教授 (90181966)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
大石 健太郎 浜松医科大学, 学内共同利用施設等, 助教 (80345826)
大坪 正史 浜松医科大学, 学内共同利用施設等, 助教 (10327653)
イスメール サンシーム 浜松医科大学, 医学部, 研究員 (60569846)
堀田 喜裕 浜松医科大学, 医学部, 教授 (90173608)
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| Keywords | 開放隅角緑内障 / コピー数多型 / ゲノムワイド解析 / CNV / マイクロアレイ / 欠失 / 正常眼圧緑内障 / 高眼圧症 |
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| Research Abstract |
日本人の原発性開放隅角緑内障（POAG）発症におけるコピー数多型（CNV）の関与を調べるために、昨年度選定した14家系30個体のうち、DNAの品質等を考慮して13家系、23個体のDNA検体について、ゲノムワイドヒトSNP Nsp/Sty 6.0アレイ（Affymetrix社）を用いた実験を遂行した。得られた実験データーをAffymetrix社の供給する標準的システム、及びペンシルバニア大学のPennCNVソフトウェアを用いて解析した。23検体のうち22検体は、データー品質値（QC Call Rate）96.16～99.11を示し、その後の解析の信頼性に問題はないと判断した。以下に、今回の解析対象で最大の1家系についての解析結果を示す。発症者6名中3名（それぞれPOAG、正常眼圧緑内障（NTG）、高眼圧症）で共通にPARK2遺伝子の片側アレルに全く同じ1,872 bpの欠失が見られた。残り3名の発症者（2名はPOAG、１名はNTG）、及び同家系内の非発症者3名には同PARK2欠失は見られなかった。さらに、同家系では、2名の患者でDISC1遺伝子領域に10～14 kbp、別の2名の患者でINST4L1遺伝子領域に470～513 kbpの欠失が片側アレルに検出された。これらの欠失も、同家系内の非発症者には見られなかった。1名の患者は、これら3座位を全て欠失していたが、別の1名の患者はPARK2とDISC1をともに欠失していた。INST4L1のみ、及びPARK2のみを欠失している患者も各1名見られた。現在、定量PCR等を用いて、これらの欠失の確認を行うとともに、欠失遺伝子と疾患との関連の考察を進めている。また、他の家系についても解析を継続しており、全発症者検体と非発症対照者検体（本研究とは別に収集済み）によるケース・コントロールスタディ解析も行う予定である。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
以下の理由により、研究はほぼ順調と自己評価した。
（１）実際に23検体についてマイクロアレイ解析を遂行し、22検体について良好なハイブリダイゼーションが得られたこと。
（２）解析対象の中で最大の１家系から、患者で見られ、同家系内の非発症者で見られない遺伝子欠失が3箇所以上見つかっていること。
（３）他の検体も含めて、本研究で収集したのとは別の非発症対照者検体とのケース・コントロールスタディ解析を新たに計画したこと。
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| Strategy for Future Research Activity |
予定どおり、研究を継続する。すなわち、全収集検体についてゲノムワイドマイクロアレイ実験を完了し、家系内のCNV多型－発症関連解析を行い、患者に存在するが非発症者には存在しないCNVを探索する。さらに、本研究とは別に収集した非発症正常対照者検体と、本研究の全発症者検体を用いたケース・コントロールスタディにより、CNV多型－発症関連解析を行う。発症と有意な相関を示すCNVについては、その領域内の遺伝子を調べて、その機能、該当家系の患者での欠失・増幅の状態等から、発症関連遺伝子候補を限定する。特に患者での欠失が見られた場合は、該当家系以外の患者も含めて、当該候補遺伝子の変異解析を試行する。
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| Expenditure Plans for the Next FY Research Funding |
マイクロアレイ関連物品、PCR用のプライマー、PCRキット等を追加購入して実験を継続する。
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[Journal Article] Clinical Phenotype in Ten Unrelated Japanese Patients with Mutations in the EYS Gene.2013
Author(s)
Suto K, Hosono K, Takahashi M, Hirami Y, Arai Y, Nagase Y, Ueno S, Terasaki H, Minoshima S, Kondo M, Hotta Y.
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Journal Title
Ophthalmic Genetics
Volume: early on line
Pages: 1-10
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Prediction of protein-destabilizing polymorphisms by manual curation with protein structure.2012
Author(s)
Gough CA, Homma K, Yamaguchi-Kabata Y, Shimada MK, Chakraborty R, Fujii Y, Iwama H, Minoshima S, Sakamoto S, Sato Y, Suzuki Y, Tada-Umezaki M, Nishikawa K, Imanishi T, Gojobori T.
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Journal Title
PLoS One
Volume: 7
Pages: e50445
DOI
Peer Reviewed
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