ホモ接合ハプロタイプ法による侵襲性歯周炎の疾患関連遺伝子同定

2011 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 23593061
• Research Institution: Hiroshima University
• Principal Investigator: 水野 智仁 広島大学, 医歯(薬)学総合研究科, 助教 (60325181)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 川上 秀史 広島大学, 原爆放射線医科学研究所, 教授 (70253060) ; 岩田 倫幸 広島大学, 病院, 助教 (30418793)
• Project Period (FY): 2011-04-28 – 2014-03-31
• Keywords: 侵襲性歯周炎

Research Abstract

広島大学歯周診療科に通院する侵襲性歯周炎患者で常染色体優性遺伝の疑われる家系に着目した。患者へのインタビューから、患者の祖母、母親、姉も２０代から歯の動揺を自覚し、現在はすでに総義歯となっており強く侵襲性歯周炎が疑われる。患者の兄と妹は４０代であるが、歯周状態は健全であり、侵襲性歯周炎である可能性は極めて低い。患者およびその家族に本研究の主旨を説明し、同意を得て、静脈から血液６mlを採取し、genome DNAをQIAGEN社QIAamp DNA blood midi kitを用いて抽出した。また、コントロールとして侵襲性歯周炎を発症しておらず、歯周組織の健全な者５０名からも約6ml採決を行い、genome DNAを抽出した。その後Affymetrix Single Nuceotide Poymorphism (以下SNP) Chip ver. 6.0を用いて約900,000箇所のSNPタイピングを行った。得られたデータをホモ接合ハプロタイプ法を用いてホモ接合ハプロタイプ領域を同定した。なお2cm以上ホモ接合ハプロタイプが共通する領域を有意とした。シークエンスキャプチャー技術によってNimbleGen Sequence Caputure 385Kアレイを用いてハイブリダイゼーション、洗浄、溶出、増幅を行い、ホモ接合ハプロタイプの共通する領域を選択的に抽出し、次世代シークエンサーによって遺伝子配列を解析した。

Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

常染色体優性遺伝が強く疑われる家系で、侵襲性歯周炎を発症している者から採血しgenome DNAを抽出し、ホモ接合ハプロタイプの共通する領域の遺伝子配列の解析を行ったから。

Strategy for Future Research Activity

得られた、次世代シークエンサーのデータから、バイオインフォマティクスを駆使して、frame shift、ナンセンス変異、ミスセンス変異に注目し、解析を行う。

Expenditure Plans for the Next FY Research Funding

得られる予定の結果、サンガーシークエンスによて確証実験を行う必要があるため、その試薬および機能解析に用いる試薬に研究費を多く使用する予定である。