ホモ接合ハプロタイプ法による侵襲性歯周炎の疾患関連遺伝子同定

2012 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 23593061
• Research Institution: Hiroshima University
• Principal Investigator: 水野 智仁 広島大学, 医歯薬保健学研究院(歯), 助教 (60325181)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 川上 秀史 広島大学, 原爆放射線医科学研究所, 教授 (70253060) ; 岩田 倫幸 広島大学, 病院, 助教 (30418793)
• Keywords: 侵襲性歯周炎

Research Abstract

家系内で侵襲性歯周炎を発症している患者５名と侵襲性歯周炎を発症していない健常者３名から採血（約７ml）を行い、QIAGEN社のQIAamp DNA blood midi kit を用いてゲノムDNAを抽出した。得られたDNAは暗号化し-20度で保存した。侵襲性歯周炎２名（従兄弟）のDNAからNimblegen社の kitを用いてエキソン部分を抽出、増幅後Illumina社の次世代シークエンサーにてエキソームシークエンスを行った。なお得られたデータは総リード数は128.5 millionsと155.5 millions readsで平均coverageはX96とX115であり総データ量は7Gbと8Gbであった。今回の研究では、バイオインフォマティクス解析の結果、アミノ酸変異を伴うsingle nucleotide polymorphism(SNP)とflame shiftを伴うinsertionおよびdeletionに着目した。私共の有している１４８名のエキソームシークエンスのデータを参照し、この家系に特異的なSNPおよびinsertion,deletionを抽出した。 解析結果として、６つのSNPおよび３つのinsertionが得られた。Deletionは得られなかった。これらの遺伝子変異部９箇所に着目し、Applied Biosystems 3130 sequencerを用いて遺伝子変異の検証を行ったところ、９箇所の遺伝子変異すべてが検証された。さらに９箇所の遺伝子変異が健常者192名において認められるかを調べたところ、5つの遺伝子変異は健常者において認められたため除外した。４つ遺伝子変異は本家系に発症する侵襲性歯周炎の疾患関連遺伝子の可能性があることが示唆された。

Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

患者DNA情報をもとにしたバイオインフォマティクス解析も終了し、研究家系に特異的な遺伝子変異の抽出も終了しているため。また、侵襲性歯周炎の孤発例である患者のDNA採取も１００名を超えているため。

Strategy for Future Research Activity

本家系に発症する侵襲性歯周炎の原因遺伝子およびその遺伝子変異を同定し、孤発例および他の家系においてその変異が見られるかを調べる予定である。またその遺伝子変異の機能解析を行う予定である。

Expenditure Plans for the Next FY Research Funding

得られた遺伝子の発現分布歯周組織における発現分布、遺伝子変異の機能解析に対して研究費を使用予定である。