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2012 Fiscal Year Annual Research Report

フェムト秒コヒーレントX線を活用した複雑系生体高分子の溶液構造可視化法の構築

Research Project

Project/Area Number 23651126
Research InstitutionHokkaido University

Principal Investigator

西野 吉則  北海道大学, 電子科学研究所, 教授 (40392063)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 城地 保昌  公益財団法人高輝度光科学研究センター, XFEL研究推進室, 研究員 (30360415)
別所 義隆  独立行政法人理化学研究所, 機能解析第2研究チーム, 研究員 (70242815)
KeywordsコヒーレントX線 / フェムト秒 / 生体分子 / 放射線、X 線、粒子線 / X線自由電子レーザー
Research Abstract

本研究の目的は、新世代のX線であるX線自由電子レーザー(XFEL)を用いた複雑系生体分子の構造可視化法を構築することにある。XFELがフェムト秒の時間幅をもちコヒーレントであることを活用し、溶液中で自然な状態にある生体分子を、分子の動きの時間スケールよりも短いX線露光で、止まった構造を可視化する未踏の手法を構築する。本年度は、環境セルの改良や、X線自由電子レーザー施設SACLAを用いたパルス状コヒーレントX線溶液散乱測定などを行った。環境セルは、測定装置内の真空中においても制御された試料環境下でパルス状コヒーレントX線溶液散乱測定を可能にする試料ホルダである。XFELのシングルショットで環境セルは破壊されるため、シリコン基盤にアレイ状に多数の環境セルを配置した構造を持つ。より効率的な測定のため、今年度は、アレイの要素数を増やす多窓化などの改良を行った。開発した環境セルに金のナノ粒子集合体やバクテリアなどの試料の溶液を封入して、SACLAを用いたパルス状コヒーレントX線溶液散乱測定を行った。試料からのコヒーレントX線回折パターンを、XFELのシングルショットで、高精度計測することに成功した。XFELの時間幅はフェムト秒と、試料の放射線損傷のプロセスが進行する時間スケールよりも短い。このため、超短パルスXFELを用いたコヒーレントX線回折は、試料損傷が起こる前の試料構造を反映しており、これまでの限界を超えた高い空間分解能での生体イメージングが初めて可能となる。測定したコヒーレントX線回折パターンから、試料像を再構成することにも成功し、成果を論文にまとめ投稿した。また、我々が提案するパルス状コヒーレントX線溶液散乱法の基本概念を含むレビュー論文を執筆しCurrent Opinion in Structural Biology誌に掲載された。

  • Research Products

    (31 results)

All 2013 2012 Other

All Journal Article (15 results) (of which Peer Reviewed: 13 results) Presentation (15 results) (of which Invited: 9 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Coherent x-ray zoom condenser lens for diffractive and scanning microscopy2013

    • Author(s)
      Takashi Kimura、Satoshi Matsuyama、Kazuto Yamauchi、Yoshinori Nishino
    • Journal Title

      Optics Express

      Volume: 21巻 Pages: 9267

    • DOI

      DOI:10.1364/OE.21.009267

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Quantifying covalency and metallicity in correlated compounds undergoing metal-insulator transitions2013

    • Author(s)
      A. Chainani
    • Journal Title

      Physical Review B

      Volume: 87 Pages: 45108

    • DOI

      10.1103/PhysRevB.87.045108

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Time-resolved Bragg coherent X-ray diffraction revealing ultrafast lattice dynamics in nano-thickness crystal layer using X-ray free electron laser2013

    • Author(s)
      Y. Tanaka
    • Journal Title

      Journal of the Ceramic Society of Japan

      Volume: 121 Pages: 283-286

    • DOI

      10.2109/jcersj2.121.283

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structure of the hypothetical DUF1811-family protein GK0453 from Geobacillus kaustophilus HTA426.2013

    • Author(s)
      B. Padmanabhan
    • Journal Title

      Acta Crystallographica Section F

      Volume: 69 Pages: 342-345

    • DOI

      10.1107/S1744309113003369

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Conservation of two distinct types of 100S ribosomes in bacteria2013

    • Author(s)
      M. Ueta
    • Journal Title

      Genes to Cell

      Volume: 18 Pages: 印刷中

    • DOI

      10.1111/gtc.12057

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] ヒトゲノムDNAの不規則で柔軟な収納原理2013

    • Author(s)
      前島一博
    • Journal Title

      日本生物物理学会誌

      Volume: 53 Pages: 4-10

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Chromosomes without a 30-nm chromatin fiber2012

    • Author(s)
      Yasumasa Joti、Takaaki Hikima、Yoshinori Nishino、Fukumi Kamada、Saera Hihara、Hideaki Takata、Tetsuya Ishikawa、Kazuhiro Maeshima
    • Journal Title

      Nucleus

      Volume: 3巻 Pages: 404-410

    • DOI

      DOI:10.4161/nucl.21222

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Human mitotic chromosomes consist predominantly of irregularly folded nucleosome fibres without a 30-nm chromatin structure2012

    • Author(s)
      Yoshinori Nishino、Mikhail Eltsov、Yasumasa Joti、Kazuki Ito、Hideaki Takata、Yukio Takahashi、Saera Hihara、Achilleas S Frangakis、Naoko Imamoto、Tetsuya Ishikawa、Kazuhiro Maeshima
    • Journal Title

      The EMBO Journal

      Volume: 31巻 Pages: 1644-1653

    • DOI

      DOI:10.1038/emboj.2012.35

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Photoemission Evidence for Valence Fluctuations and Kondo Resonance in YbAl22012

    • Author(s)
      M. Matsunami
    • Journal Title

      Journal of the Physical Society of Japan

      Volume: 81 Pages: 73702

    • DOI

      10.1143/JPSJ.81.073702

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Bonsu: the interactive phase retrieval suite2012

    • Author(s)
      M.C. Newton
    • Journal Title

      Journal of Applied Crystallography

      Volume: 45 Pages: 73702

    • DOI

      10.1107/S0021889812026751

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Fast microtomography using bright monochromatic x-rays2012

    • Author(s)
      J. W. Jung
    • Journal Title

      Review of Scientific Instruments

      Volume: 83 Pages: 93704

    • DOI

      10.1063/1.4751853

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Advances in X-ray scattering: from solution SAXS to achievements with coherent beams2012

    • Author(s)
      J. Perez
    • Journal Title

      Current Opinion in Structural Biology

      Volume: 22 Pages: 670-678

    • DOI

      10.1016/j.sbi.2012.07.014

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] A compact X-ray free-electron laser emitting in the sub-angstrom region2012

    • Author(s)
      T. Ishikawa
    • Journal Title

      Nature Photonics

      Volume: 6 Pages: 540-544

    • DOI

      10.1038/NPHOTON.2012.141

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] X 線自由電子レーザー施設SACLAと次世代スパコン京の連携による生命科学研究と微小結晶構造解析2012

    • Author(s)
      矢橋牧名
    • Journal Title

      内分泌・糖尿病・代謝内科

      Volume: 35 Pages: 565-571

  • [Journal Article] X 線自由電子レーザー、SACLA のコミッショニングと実現された光源性能2012

    • Author(s)
      田中均
    • Journal Title

      日本加速器学会誌「加速器」

      Volume: 9 Pages: 60-71

  • [Presentation] X線自由電子レーザーによる先端的イメージング2013

    • Author(s)
      西野吉則
    • Organizer
      物質・デバイス領域共同研究拠点」[B-1]公開シンポジウム
    • Place of Presentation
      北海道大学(札幌市)
    • Year and Date
      20130225-20130225
  • [Presentation] X線自由電子レーザー施設SACLAがついに指導~X線イメージングの最前線~2013

    • Author(s)
      西野吉則
    • Organizer
      第23回生物試料分析科学会
    • Place of Presentation
      新梅田研修センター(大阪)
    • Year and Date
      20130210-20130211
    • Invited
  • [Presentation] SPring-8/SACLAでのXFEL:生体試料イメージング手法の開発2012

    • Author(s)
      別所義隆
    • Organizer
      第35回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      福岡国際会議場・マリンメッセ福岡(福岡県福岡市)
    • Year and Date
      20121211-20121214
  • [Presentation] SACLAにおけるコヒーレント回折イメージング手法の開発2012

    • Author(s)
      城地 保昌
    • Organizer
      第18回ビジュアライゼーションカンファレンス
    • Place of Presentation
      タイム24ビル(東京)
    • Year and Date
      20121203-20121203
    • Invited
  • [Presentation] SPring-8/XFEL の新しい光に期待する生体試料イメージング手法の開発2012

    • Author(s)
      別所義隆
    • Organizer
      第5回アストロバイオロジー・ワークショップ
    • Place of Presentation
      国立天文台(東京都三鷹市)
    • Year and Date
      20121123-20121124
  • [Presentation] コヒーレントX線を用いた自然の階層をまたいだイメージング2012

    • Author(s)
      西野吉則
    • Organizer
      第2回複雑系数理とその応用に関するシンポジウム
    • Place of Presentation
      北海道大学(札幌市)
    • Year and Date
      20121113-20121113
    • Invited
  • [Presentation] Coherent Imaging with XFEL2012

    • Author(s)
      Y. Nishino
    • Organizer
      The 5th International Workshop on FEL Science: Creation of New Science
    • Place of Presentation
      Gyeongju Hilton, Korea
    • Year and Date
      20121028-20121101
    • Invited
  • [Presentation] Towards Synergistic Use of SACLA and K Computer for Bio-Molecular Imaging2012

    • Author(s)
      Y. Joti
    • Organizer
      The 5th International Workshop on FEL Science: Creation of New Science
    • Place of Presentation
      Gyeongju Hilton, Korea
    • Year and Date
      20121028-20121101
    • Invited
  • [Presentation] Research and development of bio-molecular imaging technology at SPring-8/SACLA. 「SPring-8/SACLAのX線利用技術: 生体試料イメージング手法の開発」2012

    • Author(s)
      別所義隆
    • Organizer
      第2回モデル生物丸ごと一匹学会
    • Place of Presentation
      SPring-8(兵庫県佐用郡佐用町)
    • Year and Date
      20120928-20120929
  • [Presentation] SPring-8/XFELの新しい光に期待される生体分子イメージング手法の開発2012

    • Author(s)
      別所義隆
    • Organizer
      日本宇宙生物科学会第26回大会
    • Place of Presentation
      阿波観光ホテル(徳島県徳島市)
    • Year and Date
      20120927-20120929
  • [Presentation] tRNA修飾酵素が主導する遺伝暗号の進化2012

    • Author(s)
      別所義隆
    • Organizer
      日本進化学会第14回東京大会
    • Place of Presentation
      首都大学東京(東京)
    • Year and Date
      20120821-20120824
    • Invited
  • [Presentation] Coherent Imaging with XFEL2012

    • Author(s)
      Y. Nishino
    • Organizer
      International workshop on 3D atomic imaging at nano-scale active sites in materials (3D-AINAS 2012)
    • Place of Presentation
      ISSP, Univ. of Tokyo, Japan
    • Year and Date
      20120806-20120808
    • Invited
  • [Presentation] Coherent Imaging with XFEL2012

    • Author(s)
      Y. Nishino
    • Organizer
      The 17th Sagamore Conference: IUCr Commission on Charge, Spin and Momentum Densities
    • Place of Presentation
      第二名水亭, 伊達市北湯沢
    • Year and Date
      20120715-20120720
    • Invited
  • [Presentation] Exploring the Nanoworld using Coherent X-rays2012

    • Author(s)
      Y. Nishino
    • Organizer
      Korean Physical Society Meeting (KPS2012-Spring)
    • Place of Presentation
      Daejeon Convention Center, Korea
    • Year and Date
      20120425-20120427
    • Invited
  • [Presentation] コヒーレンX線イメージング2012

    • Author(s)
      西野吉則
    • Organizer
      附置研究所間アライアンスによるナノとマクロをつなぐ物質・デバイス・システム創製戦略プロジェクト 平成23年度 成果報告会
    • Place of Presentation
      東京工業大学(東京)
    • Year and Date
      20120424-20120424
  • [Remarks] http://cxo-www.es.hokudai.ac.jp/

URL: 

Published: 2014-07-24  

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