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2011 Fiscal Year Research-status Report

高精度遺伝子座同定法の開発

Research Project

Project/Area Number 23651195
Research InstitutionKyushu University

Principal Investigator

大川 恭行  九州大学, 医学研究院, 准教授 (80448430)

Project Period (FY) 2011-04-28 – 2013-03-31
Keywordsクロマチン / 転写 / RNAポリメラーゼII / 発現プロファイリング / リン酸化
Research Abstract

本プロジェクトでは、RNAポリメラーゼIIのS2およびS5リン酸化抗体を用いたChIP-Seqによる高精度遺伝子座同定法(ADT法)を、Helaを用いて行った。更に、当初予定していた抗体に加えて、S5リン酸化抗体抗体、T4Glc化抗体の作出に成功し追加解析を行った。S5リン酸化抗体抗体を用いたChIP-Seqの結果は、従来の予期された通り主に転写開始点直近の上流に分布していた。また、S2リン酸化抗体を用いたChIP-Seqの結果は、転写開始点から転写終了点までを効率よくマーキングしており転写産物を反映していることが示唆された。これらの知見は従来のRNAポリメラーゼIIの報告と合致しており、本法がRNAポリメラーゼIIのゲノム上での挙動を精密に捉えていることが明らかとなった。更にマウスES細胞(mES)でも同様の解析を行いほぼ同様の現象が起こることを確認した。更に、Hela及びmES産物との細胞の両社でmRNA発言との相関性を解析するため、我々はmRNA-seqによるトランスクリプトーム解析を行い、同定された転写産物との分布を解析した。その結果、ゲノムへのマッピングの際の重複を排除した最も厳しい形でのトランスクリプトームの場合ではHelaの場合、3169遺伝子の発現を検出したが、ADT法により2およびS5リン酸化RNAポリメラーゼIIが重複する領域を同定したところ少なくとも9804遺伝子の発現を認めた。mES細胞では予期を大幅に上回り12000遺伝子以上の発現を確認した。これは、実際に発現した遺伝子のうち、30%程度しかmRNAとして認識されないことを意味している。定量的RT-PCRで検証したところ98%でその発現が確認できたことから、ADTによる探索が有効であることを裏付けた。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

1: Research has progressed more than it was originally planned.

Reason

当初目的の部分以上に、S7P及びT4Gの知見を得ることに成功している。また、現在までの部分については既に論文として発表したOdawara J et al(BMC genomics 2012)。更に現在ES及びS7P及びT4Gの知見について論文投稿の準備を進めている。

Strategy for Future Research Activity

当初予定に基づき引き続き解析を進める。転写産物の解析で、もっとも需要が見込まれているのは組織内での遺伝子発現解析である。幹細胞研究、発生学分野、疾患解析等多くの分野で、特定の細胞群を取り出して、その発現プロファイルを行うことは既にルーチンに行われている。しかし、純化可能な細胞の数は一般に微量であり、大規模なプロファイリングには向かず、定性、定量面の両方でいまだ解析に限界がある。我々の提唱するADT法は、微量サンプルの高精度な解析が可能であるため、この分野で強力なツールとなりうると考えている。微量サンプルの系として、まず我々は成熟骨格筋分化をモデル系として解析し評価を行う。その検体として核ソーティング法により、103~106の広いレンジで核を組織より得て用いる。ADT法の感度検証に最も適している。また、血液細胞等の外の微量サンプルでの解析も同様に進める。

Expenditure Plans for the Next FY Research Funding

おもに次世代シークエンサーによる解析のための消耗品およびライブラリー構築のための分子生物学用試薬に用いる。

  • Research Products

    (15 results)

All 2012 2011 Other

All Journal Article (8 results) (of which Peer Reviewed: 6 results) Presentation (6 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Age-related differences in cellular and molecular profiles of inflammatory responses after spinal cord injury.2012

    • Author(s)
      Kumamaru H, Saiwai H, Ohkawa Y, Yamada H, Iwamoto Y, Okada S.
    • Journal Title

      J Cell Physiol.

      Volume: 227 Pages: 1335-46

    • DOI

      10.1002/jcp.22845.

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Isolation of nuclei from skeletal muscle satellite cells and myofibers for use in chromatin immunoprecipitation assays.2012

    • Author(s)
      Ohkawa Y, Mallappa C, Vallaster CS, Imbalzano AN.
    • Journal Title

      Methods Mol Biol.

      Volume: 798 Pages: 517-30

  • [Journal Article] An improved restriction enzyme accessibility assay for analyzing changes in chromatin structure in samples of limited cell number.2012

    • Author(s)
      Ohkawa Y, Mallappa C, Vallaster CS, Imbalzano AN.
    • Journal Title

      Methods Mol Biol.

      Volume: 798 Pages: 531-42

  • [Journal Article] Myeloperoxidase Exacerbates Secondary Injury by Generating Highly Reactive Oxygen Species and Mediating Neutrophil Recruitment in Experimental Spinal Cord Injury.2012

    • Author(s)
      Kubota K, Saiwai H, Kumamaru H, Maeda T, Ohkawa Y, Aratani Y, Nagano T, Iwamoto Y, Okada S.
    • Journal Title

      Spine.

      Volume: In press Pages: 未定

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Chromatin accessibility and transcription factor binding at the PPARγ2 promoter during adipogenesis is protein kinase A-dependent.2011

    • Author(s)
      Xiao H, Leblanc SE, Wu Q, Konda S, Salma N, Marfella CG, Ohkawa Y, Imbalzano AN.
    • Journal Title

      J Cell Physiol.

      Volume: 226 Pages: 86-93

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Flow cytometric sorting of neuronal and glial nuclei from central nervous system tissue.2011

    • Author(s)
      Okada S, Saiwai H, Kumamaru H, Kubota K, Harada A, Yamaguchi M, Iwamoto Y, Ohkawa Y.
    • Journal Title

      J Cell Physiol.

      Volume: 226 Pages: 552-8

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Generation of a rat monoclonal antibody specific for hsp72.2011

    • Author(s)
      Tanaka M, Shiota M, Okada S, Harada A, Odawara J, Mun S, Iwao H, Ohkawa Y.
    • Journal Title

      Hybridoma

      Volume: 30 Pages: 397-400

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] The classification of mRNA expression levels by the phosphorylation state of RNAPII CTD based on a combined genome-wide approach.2011

    • Author(s)
      Odawara J, Harada A, Yoshimi T, Maehara K, Tachibana T, Okada S, Akashi K, Ohkawa Y.
    • Journal Title

      BMC Genomics.

      Volume: 12 Pages: web

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Chd-2 dependent deposition of H3.3 is required for myogenic cell fate.2012

    • Author(s)
      大川恭行
    • Organizer
      KEYSTONE SYMPOSIA
    • Place of Presentation
      KEYSTONE RESORT,USA
    • Year and Date
      2012.1.19
  • [Presentation] Control of gene expression through the phosphorylation of Ser2 and Ser5 of RNAPII: A combined analysis for ChIPseq and RNAseq.2012

    • Author(s)
      原田哲仁, 大川恭行
    • Organizer
      KEYSTONE SYMPOSIA
    • Place of Presentation
      KEYSTONE RESORT,USA
    • Year and Date
      2012.1.19
  • [Presentation] The deposition of histone varients is the basis of chromatin structual changes in cell fate decision.

    • Author(s)
      大川恭行
    • Organizer
      第34回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      パシフィコ横浜(神奈川)
    • Year and Date
      平成23年12月16日
  • [Presentation] Chd-2 dependent deposition of H3.3 is crucial for Brg1 recruitment in myogenesis.

    • Author(s)
      原田哲仁, 大川恭行
    • Organizer
      第34回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      パシフィコ横浜(神奈川)
    • Year and Date
      平成23年12月15日
  • [Presentation] Visualization for nuclear distribution of PPARδ in myoblast.

    • Author(s)
      澤野祥子, 大川恭行
    • Organizer
      第34回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      パシフィコ横浜(神奈川)
    • Year and Date
      平成23年12月15日
  • [Presentation] Control of gene expression through the phosphorylation of Ser2 and Ser5 of RNAPII: A combined analysis for ChIPseq and RNAseq.

    • Author(s)
      前原一満, 大川恭行
    • Organizer
      第34回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      パシフィコ横浜(神奈川)
    • Year and Date
      平成23年12月14日
  • [Remarks]

    • URL

      http://chromatin.med.kyushu-u.ac.jp/

URL: 

Published: 2013-07-10   Modified: 2020-04-17  

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