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2011 Fiscal Year Research-status Report

水が誘起するタンパク質エネルギーゆらぎのパスウェイ解析

Research Project

Project/Area Number 23651202
Research InstitutionKyoto University

Principal Investigator

松林 伸幸  京都大学, 化学研究所, 准教授 (20281107)

Project Period (FY) 2011-04-28 – 2014-03-31
Keywords生体分子 / 生物物理 / 応用数学 / 計算物理 / 自己組織化 / 自由エネルギー / ゆらぎ / パスウェイ
Research Abstract

タンパク質構造のゆらぎに応じて、タンパク質の分子内構造エネルギーと水和自由エネルギーもゆらぐ。これらのエネルギーゆらぎを、残基ごと・2次構造ごとに局所分割し、局所エネルギーゆらぎの相関解析を行うことが本研究の目的である。23年度は、horse heart cytochrome cの平衡分子動力学シミュレーション(MD)を常温常圧で100 ns行い、100点の配座データを取り出し、各配座における水和自由エネルギーを全原子モデルで計算した。力場(モデルポテンシャル関数)は、通常のCHARMMであり、自由エネルギー計算は、エネルギー表示法を用いた。分子内エネルギー(構造エネルギー)と水和自由エネルギーの相関を調べ、相関係数が-1であることを見出した。タンパク質分子構造のゆらぎが、水和によって誘起・補償されることを示す結果である。また、水和自由エネルギーと水和エネルギー(溶質ー溶媒相互作用の平均和)の間に、線形応答理論的な相関関係が成り立つことを見出した。自由エネルギーを、タンパク質の構造単位(残基など)ごとの寄与に分割することは難しいが、エネルギーの分割は単純である。分割を必要とする本研究の進展に大事なステップである。分割を残基として、エネルギーの相関プロットを見たが、大きな特徴は見られなかった。これに対して、αヘリックスやβシートという2次構造を単位として、2次元エネルギー相関をみると、大きな相関のある組とそうで無い組の違いがクリアに表れた。エネルギー相関で特に注目すべきは、ヘムの部分とタンパク質表面である。ヘムは、タンパク質の最深部に位置し、水和はタンパク質表面に大きな影響を及ぼす。ヘム部のエネルギーゆらぎは、タンパク質表面に位置する特定の2次構造部位のエネルギーゆらぎと強い相関を持つことが見出された。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

まず最初に行ったことは、 horse heart cytochrome cの平衡分子動力学シミュレーション(MD)を常温常圧で100 ns行い、100点の配座データを取り出してくることである。これは、予定通りのスケジュールで進行した。次いで行ったことは、エネルギー表示法による水和自由エネルギーの計算である。100個のタンパク質配座のそれぞれについて、水をexplicitに考慮して計算した。エネルギー表示法の理論自体の改良は行わなかったが、タンパク質の自由エネルギー計算は巨大計算と呼ぶべきものであり、これを高速・効率的に行うために、エネルギー表示法による自由エネルギー計算のプログラムの大幅改良を行った。この作業は、本研究の技術的側面として重要なステップである。数倍の高速化と、計算そのものの半自動化を行い、大量の配座構造の自動解析を可能とした。そして、100個の配座データの解析に取りかかった。当初予定では、水和自由エネルギーをタンパク質構造単位(残基など)の寄与に分割する予定であったが、水和自由エネルギーと水和エネルギーの直線関係が見出されたので、相関解析は、水和自由エネルギーではなく、水和エネルギーに対して行えば良いことが分った。これは当初予定とは異なる結果であるが、解析を簡略化することのできる結果であり、当初計画以上の進展であったと言える。タンパク質分子内エネルギーである構造エネルギーの相関解析では、2次構造ごとの分割によって、明確な相関が見出されることが分った。構造エネルギーと水和エネルギーとの間の相関も、残基ごとではなく、2次構造ごとの分割が有力であることが見出された。特に、タンパク質表面のある特定の2次構造とヘムの間に相関が見出されたことは、物理的意義が大きい。しかし、その2つをつなぐパスは、未だ見出されていない。そこは、予定より遅れた部分である。

Strategy for Future Research Activity

当初計画に従って、2次元エネルギー相関の解析を進める。解析は2種ある。第1種は、タンパク質内の部分構造エネルギー間の相関を経由して、最後も、タンパク質内の部分構造エネルギー間の相関となるものである。第2種は、最後が、部分構造エネルギーと部分水和自由エネルギーの相関を用いて、水につながるものである。第1種は分子内ゆらぎによるエネルギー移動、第2種は、水とのエネルギーのやり取りによるエネルギー移動を記述する。水和自由エネルギーと水和エネルギーの直線関係を見出したことによって、第2種の解析が簡略化された。現在の手持ちは、2次元のエネルギー相関を記述する共分散行列である。共分散行列のみでは、パスウェイの解析には十分ではない。今後、独立成分分析および独立空間分析のような統計手法を導入する。これらの手法を空間座標のゆらぎに適用するプログラムは既に書いており、タンパク質分子に対する適用も行った。本研究にて行うべき技術的要件は、プログラムをエネルギーゆらぎに適用可能な形に書き換えることである。この書き換えを行い、その上で、cytochrome cタンパク質に適用する。見出されるパスウェイは1種類ではない可能性があるが、重み付けは独立成分分析および独立空間分析の枠内で行う。この解析がうまく行けば、当初予定にある通り、尿素混合溶媒系の解析を同様に行い、また、高温でも構造を保持するタンパク質の解析に進む。

Expenditure Plans for the Next FY Research Funding

計算をより大規模に行うために、16コアの計算サーバーを購入予定である。納入は、夏までを考えている。また、プログラミングとシステム管理補助のための謝金を計上している。通年で使用する予定である。これら以外には、大量のトラジェクトリデータを保存するためのハードディスクを消耗品として購入し、さらに、研究打合せのための旅費を使用することを予定している。新規購入の計算サーバーは、RAID システム搭載型として、データの安全性を担保する。既存のファイルサーバーにも連結することで、これまでのデータと一括して取り扱うことを可能にする。プログラミングとシステム管理補助には大学院生1名と共同して行う。

  • Research Products

    (70 results)

All 2012 2011 Other

All Journal Article (11 results) (of which Peer Reviewed: 11 results) Presentation (58 results) Book (1 results)

  • [Journal Article] Pathways and Kinetics of Anisole Pyrolysis Studied by NMR and Selective 13C Labeling. Heterolytic Carbon Monoxide Generation2012

    • Author(s)
      Y. Tsujino, Y. Yasaka, N. Matubayasi, and M. Nakahara
    • Journal Title

      Bulletin of the Chemical Society of Japan

      Volume: 85 Pages: 124-132

    • DOI

      10.1021/jp206355e

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Free-energy analysis of the electron-density fluctuation in the quantum-mechanical/molecular-mechanical simulation combined with the theory of energy representation2012

    • Author(s)
      N. Matubayasi and H. Takahashi
    • Journal Title

      Journal of Chemical Physics

      Volume: 136 Pages: 044505 (10 pp)

    • DOI

      10.1063/1.3677184

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Rotational dynamics of benzene and water in an ionic liquid explored via molecular dynamics simulations and NMR T1 measurements2012

    • Author(s)
      Y. Yasaka, M. L. Klein, M. Nakahara, and N. Matubayasi
    • Journal Title

      Journal of Chemical Physics

      Volume: 136 Pages: 074508 (12 pp)

    • DOI

      10.1063/1.3685100

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] The effect of pressure on halothane binding to hydrated DMPC bilayers2012

    • Author(s)
      P.-L. Chau, K. M. Tu, K. K. Liang, I. T. Todorov, S. J. Roser, R. Barker, and N. Matubayasi
    • Journal Title

      Molecular Physics

      Volume: 110 Pages: 印刷中

    • DOI

      10.1080/00268976.2012.659682

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Exploring the reorientation of benzene in an ionic liquid via molecular dynamics: Effect of temperature and solvent effective charge on the slow dynamics2011

    • Author(s)
      Y. Yasaka, M. L. Klein, M. Nakahara, and N. Matubayasi
    • Journal Title

      Journal of Chemical Physics

      Volume: 134 Pages: 191101 (4 pp)

    • DOI

      10.1063/1.3592530

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Energetic Origin of Proton Affinity to the Air/Water Interface2011

    • Author(s)
      H. Takahashi, K. Maruyama, Y. Karino, A. Morita, M. Nakano, P. Jungwirth, and N. Matubayasi
    • Journal Title

      Journal of Physical Chemistry B

      Volume: 115 Pages: 4745-4751

    • DOI

      10.1021/jp2015676

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] NMR-NOE and MD Simulation Study on Phospholipid Membranes: Dependence on Membrane Diameter and Multiple Time Scale Dynamics2011

    • Author(s)
      M. Shintani, K. Yoshida, S. Sakuraba, M. Nakahara, and N. Matubayasi
    • Journal Title

      Journal of Physical Chemistry B

      Volume: 115 Pages: 9106-9115

    • DOI

      10.1021/jp204051f

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Distribution-function approach to free energy computation2011

    • Author(s)
      S. Sakuraba and N. Matubayasi
    • Journal Title

      Journal of Chemical Physics

      Volume: 134 Pages: 114108 (11 pp)

    • DOI

      10.1063/1.3637036

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Frequency-Domain Investigation of the Ionic Mobility of Triflate Salts in Tetrahydrofuran2011

    • Author(s)
      T. Yamaguchi, Y. Yamada, T. Matsuoka, S. Koda, Y. Yasaka, and N. Matubayasi
    • Journal Title

      Journal of Physical Chemistry B

      Volume: 115 Pages: 12558-12565

    • DOI

      10.1021/jp208317f

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Hydration structure around CO2 captured in aqueous amine solutions observed by high energy X-ray scattering2011

    • Author(s)
      H. Deguchi, Y. Kubota, H. Furukawa, Y. Yagi, Y. Imai, M. Tatsumi, N. Yamazaki, N. Watari, T. Hirata, N. Matubayasi, Y. Kameda
    • Journal Title

      Int. J. Greenhouse Gas Control

      Volume: 5 Pages: 1533-1539

    • DOI

      10.1016/j.ijggc.2011.08.010

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] In Situ Kinetic Study on Hydrothermal Transformation of D-Glucose into 5-Hydroxymethylfurfural through D-Fructose with 13C NMR2011

    • Author(s)
      H. Kimura, M. Nakahara, and N. Matubayasi
    • Journal Title

      Journal of Physical Chemistry A

      Volume: 115 Pages: 14013-14021

    • DOI

      10.1021/jp206355e

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 自由エネルギー計算で見るタンパク質に対する共溶媒効果2011

    • Author(s)
      狩野 康人、松林 伸幸
    • Organizer
      第63回コロイドおよび界面化学討論会(招待講演)
    • Place of Presentation
      京都大学吉田キャンパス (京都市左京区)
    • Year and Date
      2011年9月7~10日
  • [Presentation] Molecular study of hydration over a wide range of thermodynamic conditions2011

    • Author(s)
      Nobuyuki Matubayasi
    • Organizer
      International Association for the Properties of Water and Steam, 2011 Annual Meeting
    • Place of Presentation
      Plzen, Czech Republic
    • Year and Date
      2011年9月4~9日
  • [Presentation] Extended Concept of Solvation toward Unified Analysis of Molecular Binding in Weakly Ordered Systems2011

    • Author(s)
      Nobuyuki Matubayasi
    • Organizer
      The Seventh Congress of the International Society for Theoretical Chemical Physics (ISTCP-VII)(招待講演)
    • Place of Presentation
      早稲田大学 (新宿区西早稲田1-6-1)
    • Year and Date
      2011年9月2~8日
  • [Presentation] Summary and Near-Future Perspective of the Symposium "Asymmetry Produced by Water and ATP"2011

    • Author(s)
      Nobuyuki Matubayasi
    • Organizer
      第49回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      兵庫県立大学・姫路書写キャンパス (姫路市書写2167)
    • Year and Date
      2011年9月16~18日
  • [Presentation] Cosolvent effect on the stability of cytochrome c2011

    • Author(s)
      Yasuhito Karino and Nobuyuki Matubayasi
    • Organizer
      第49回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      兵庫県立大学・姫路書写キャンパス (姫路市書写2167)
    • Year and Date
      2011年9月16~18日
  • [Presentation] Solvation Free Energy of Complex: a potential tool for improving scoring function in protein-protein docking2011

    • Author(s)
      Kazuhiro Takemura, Hao Guo, Shun Sakuraba, Nobuyuki Matubayasi, Akio Kitao
    • Organizer
      第49回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      兵庫県立大学・姫路書写キャンパス (姫路市書写2167)
    • Year and Date
      2011年9月16~18日
  • [Presentation] All-atom analysis of solvent effect on ATP and related systems2011

    • Author(s)
      Nobuyuki Matubayasi
    • Organizer
      新学術領域研究「水を主役としたATPエネルギー変換」前期(2008-2010)研究成果報告会 および 後期(2011-2012)研究計画全体会議
    • Place of Presentation
      大阪ガーデンパレス (大阪市淀川区西宮原)
    • Year and Date
      2011年8月9~11日
  • [Presentation] Free-energy analysis of cosolvent effect on amino-acid analogs and protein2011

    • Author(s)
      Yasuhito Karino and Nobuyuki Matubayasi
    • Organizer
      新学術領域研究「水を主役としたATPエネルギー変換」前期(2008-2010)研究成果報告会 および 後期(2011-2012)研究計画全体会議
    • Place of Presentation
      大阪ガーデンパレス (大阪市淀川区西宮原)
    • Year and Date
      2011年8月9~11日
  • [Presentation] All-atom analysis of ATP hydrolysis free energy2011

    • Author(s)
      Shun Sakuraba and Nobuyuki Matubayasi
    • Organizer
      新学術領域研究「水を主役としたATPエネルギー変換」前期(2008-2010)研究成果報告会 および 後期(2011-2012)研究計画全体会議
    • Place of Presentation
      大阪ガーデンパレス (大阪市淀川区西宮原)
    • Year and Date
      2011年8月9~11日
  • [Presentation] Free-energy computation and analysis of beta subunit of F1-ATPase in water2011

    • Author(s)
      Toru Ekimoto and Nobuyuki Matubayasi
    • Organizer
      新学術領域研究「水を主役としたATPエネルギー変換」前期(2008-2010)研究成果報告会 および 後期(2011-2012)研究計画全体会議
    • Place of Presentation
      大阪ガーデンパレス (大阪市淀川区西宮原)
    • Year and Date
      2011年8月9~11日
  • [Presentation] Free-energy analysis of osmolyte effects of urea and its derivative on amino-acid analogs2011

    • Author(s)
      Kai-min Tu, Yasuhito Karino, Shun Sakuraba, and Nobuyuki Matubayasi
    • Organizer
      新学術領域研究「水を主役としたATPエネルギー変換」前期(2008-2010)研究成果報告会 および 後期(2011-2012)研究計画全体会議
    • Place of Presentation
      大阪ガーデンパレス (大阪市淀川区西宮原)
    • Year and Date
      2011年8月9~11日
  • [Presentation] 均一および不均一混合溶媒効果の自由エネルギー解析2011

    • Author(s)
      松林 伸幸、篠田 渉、Acep PURQON、狩野 康人、櫻庭 俊、TU Kai-Min
    • Organizer
      計算分子科学研究拠点 第2回研究会
    • Place of Presentation
      理化学研究所 計算科学研究機構 (神戸市中央区港島南町7-1-26)
    • Year and Date
      2011年8月11~12日
  • [Presentation] Free-energy Analysis of urea effect on amino-acid analogs and proteins2011

    • Author(s)
      Nobuyuki Matubayasi
    • Organizer
      Telluride Science Research Center workshop "The Physics, Chemistry, and Biology of Ions and Osmolytes in Solution"(招待講演)
    • Place of Presentation
      Telluride Science Research Center (Telluride, CO, USA)
    • Year and Date
      2011年7月11~15日
  • [Presentation] 溶媒和自由エネルギーを用いた蛋白質-蛋白質ドッキング複合体の評価2011

    • Author(s)
      竹村 和浩、Guo Hao、桜庭 俊、松林 伸幸、北尾 彰朗
    • Organizer
      第11回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      ホテル阪急エキスポパーク (大阪府吹田市千里万博公園)
    • Year and Date
      2011年6月7~9日
  • [Presentation] Hydration Effect on Functional, Self-Organizing Systems in Aqueous Solution2011

    • Author(s)
      Nobuyuki Matubayasi
    • Organizer
      International Conference on Computational Science (ICCS) 2011
    • Place of Presentation
      Nanyang Executive Centre, Nanyang Technological University (Singapore)
    • Year and Date
      2011年6月1~3日
  • [Presentation] 溶媒和自由エネルギー計算を用いたアミノ酸アナログおよびcytochrome c への尿素効果に関する研究2011

    • Author(s)
      狩野 康人、松林 伸幸
    • Organizer
      第25回分子シミュレーション討論会
    • Place of Presentation
      東京工業大学 大岡山キャンパス (大岡山西9号館 デジタル多目的ホール・メディアホール)
    • Year and Date
      2011年12月5~7日
  • [Presentation] エネルギー分布関数を用いた自由エネルギーの厳密計算2011

    • Author(s)
      櫻庭 俊、松林 伸幸
    • Organizer
      第25回分子シミュレーション討論会
    • Place of Presentation
      東京工業大学 大岡山キャンパス (大岡山西9号館 デジタル多目的ホール・メディアホール)
    • Year and Date
      2011年12月5~7日
  • [Presentation] F1モータータンパク質の水和自由エネルギー解析2011

    • Author(s)
      浴本 亨、松林 伸幸
    • Organizer
      第25回分子シミュレーション討論会
    • Place of Presentation
      東京工業大学 大岡山キャンパス (大岡山西9号館 デジタル多目的ホール・メディアホール)
    • Year and Date
      2011年12月5~7日
  • [Presentation] 全原子分子シミュレーションによる尿素およびその誘導体とアミノ酸アナログの相互作用の自由エネルギー解析2011

    • Author(s)
      TU Kai-Min、狩野 康人、櫻庭 俊、松林 伸幸
    • Organizer
      第25回分子シミュレーション討論会
    • Place of Presentation
      東京工業大学 大岡山キャンパス (大岡山西9号館 デジタル多目的ホール・メディアホール)
    • Year and Date
      2011年12月5~7日
  • [Presentation] 2-アミノエタノール水溶液中でのカーバメート生成反応の分子動力学的解析2011

    • Author(s)
      窪田 善之、櫻庭 俊、狩野 康人、古川 博敏、松林 伸幸
    • Organizer
      第25回分子シミュレーション討論会
    • Place of Presentation
      東京工業大学 大岡山キャンパス (大岡山西9号館 デジタル多目的ホール・メディアホール)
    • Year and Date
      2011年12月5~7日
  • [Presentation] CO2化学吸収液の分子動力学計算による解析2011

    • Author(s)
      古川 博敏、窪田 善之、狩野 康人、櫻庭 俊、松林 伸幸
    • Organizer
      第25回分子シミュレーション討論会
    • Place of Presentation
      東京工業大学 大岡山キャンパス (大岡山西9号館 デジタル多目的ホール・メディアホール)
    • Year and Date
      2011年12月5~7日
  • [Presentation] 自由エネルギー計算による機能性分離膜の物質透過性の研究2011

    • Author(s)
      川上 智教、北畑 雅弘、茂本 勇、松林 伸幸
    • Organizer
      第25回分子シミュレーション討論会
    • Place of Presentation
      東京工業大学 大岡山キャンパス (大岡山西9号館 デジタル多目的ホール・メディアホール)
    • Year and Date
      2011年12月5~7日
  • [Presentation] イオン系の溶質-溶媒相互作用 ~どれだけ溶け、いかに動くか~2011

    • Author(s)
      松林 伸幸
    • Organizer
      新・元素戦略:触媒・電池研究会
    • Place of Presentation
      京都大学 福井謙一記念研究センター
    • Year and Date
      2011年12月27日
  • [Presentation] グルコース水熱反応の速度論的解析2011

    • Author(s)
      木村 浩、中原 勝、松林 伸幸
    • Organizer
      第52回高圧討論会
    • Place of Presentation
      沖縄キリスト教学院 (沖縄県中頭郡西原町字翁長777番地)
    • Year and Date
      2011年11月9~11日
  • [Presentation] 溶液NMR-NOE測定とMD計算を用いた脂質膜中の小分子の相互作用解析2011

    • Author(s)
      新谷 恵、松尾 勇志、櫻庭 俊、松林 伸幸
    • Organizer
      膜シンポジウム2011
    • Place of Presentation
      健康文化村 カルチャーリゾートフェストーネ (沖縄県宜野湾市真志喜3丁目28番1号)
    • Year and Date
      2011年11月18~19日
  • [Presentation] 脂質膜中に取り込まれたナフタレン誘導体の溶液NMR観測2011

    • Author(s)
      松尾 勇志、新谷 恵、松林 伸幸
    • Organizer
      膜シンポジウム2011
    • Place of Presentation
      健康文化村 カルチャーリゾートフェストーネ (沖縄県宜野湾市真志喜3丁目28番1号)
    • Year and Date
      2011年11月18~19日
  • [Presentation] cytochrome cに対する尿素効果の自由エネルギー解析2011

    • Author(s)
      狩野 康人、松林 伸幸
    • Organizer
      第34回溶液化学シンポジウム
    • Place of Presentation
      名古屋大学 ES総合館 ESホール (名古屋市千種区不老町))
    • Year and Date
      2011年11月15~17日
  • [Presentation] NMR-NOE測定とMDによる脂質膜中の小分子の相互作用とダイナミクス解析2011

    • Author(s)
      新谷 恵、松尾 勇志、櫻庭 俊、松林 伸幸
    • Organizer
      第34回溶液化学シンポジウム
    • Place of Presentation
      名古屋大学 ES総合館 ESホール (名古屋市千種区不老町))
    • Year and Date
      2011年11月15~17日
  • [Presentation] In situ NMRを用いたグルコース水熱反応の機構および速度論的解析2011

    • Author(s)
      木村 浩、中原 勝、松林 伸幸
    • Organizer
      第34回溶液化学シンポジウム
    • Place of Presentation
      名古屋大学 ES総合館 ESホール (名古屋市千種区不老町))
    • Year and Date
      2011年11月15~17日
  • [Presentation] アミノ酸アナログに対する尿素およびそのアルキル化物の共溶媒効果の自由エネルギー解析2011

    • Author(s)
      TU Kai-Min、狩野 康人、櫻庭 俊、松林 伸幸
    • Organizer
      第34回溶液化学シンポジウム
    • Place of Presentation
      名古屋大学 ES総合館 ESホール (名古屋市千種区不老町))
    • Year and Date
      2011年11月15~17日
  • [Presentation] 脂質膜中に取り込まれたナフタレン誘導体の溶液1H-NMR測定2011

    • Author(s)
      松尾 勇志、新谷 恵、松林 伸幸
    • Organizer
      第34回溶液化学シンポジウム
    • Place of Presentation
      名古屋大学 ES総合館 ESホール (名古屋市千種区不老町))
    • Year and Date
      2011年11月15~17日
  • [Presentation] エネルギー表示法による2-アミノエタノール(MEA)水溶液中でのCO2の反応性の解析2011

    • Author(s)
      窪田 善之、櫻庭 俊、狩野 康人、古川 博敏、松林 伸幸
    • Organizer
      第34回溶液化学シンポジウム
    • Place of Presentation
      名古屋大学 ES総合館 ESホール (名古屋市千種区不老町))
    • Year and Date
      2011年11月15~17日
  • [Presentation] 分子動力学計算によるアルカノールアミン水溶液の解析2011

    • Author(s)
      古川 博敏、窪田 善之、狩野 康人、櫻庭 俊、松林 伸幸
    • Organizer
      第34回溶液化学シンポジウム
    • Place of Presentation
      名古屋大学 ES総合館 ESホール (名古屋市千種区不老町))
    • Year and Date
      2011年11月15~17日
  • [Presentation] イオン液体を構成するカチオン、アニオンと二酸化炭素の相互作用:ab initio 分子軌道法による解析2011

    • Author(s)
      都築 誠二、篠田 渉、藤井 健太、竹内 宗孝、牧野 貴至、金久保 光央、亀田 恭男、松林 伸幸、梅林 泰宏
    • Organizer
      第34回溶液化学シンポジウム
    • Place of Presentation
      名古屋大学 ES総合館 ESホール (名古屋市千種区不老町))
    • Year and Date
      2011年11月15~17日
  • [Presentation] 拡張型の溶媒和概念に基づくソフト分子集団の自由エネルギー解析2011

    • Author(s)
      松林 伸幸
    • Organizer
      東北大学グローバルCOEプログラム「分子系高次構造体化学国際教育研究拠点」 グローバルCOEプログラムシンポジウム2011(招待講演)
    • Place of Presentation
      東北大学片平さくらホール
    • Year and Date
      2011年10月19~20日
  • [Presentation] エネルギー表示溶液理論と分子シミュレーションの融合による機能性分子集合系の自由エネルギー解析2011

    • Author(s)
      松林 伸幸
    • Organizer
      社団法人新化学技術推進協会 2011 高分子シミュレーション技術セミナー(招待講演)
    • Place of Presentation
      ホテルラフォーレ強羅 (神奈川県箱根町強羅)
    • Year and Date
      2011年10月17~18日
  • [Presentation] Free-energy analysis of ATP hydrolysis

    • Author(s)
      Nobuyuki Matubayasi
    • Organizer
      科学研究費補助金 新学術領域研究「水を主役としたATPエネルギー変換」第4回全体会議
    • Place of Presentation
      岩沼屋(仙台市太白区秋保)
    • Year and Date
      2012年3月7~9日
  • [Presentation] Free-energy analysis of cosolvent effect on cytochrome c

    • Author(s)
      Yasuhito Karino and Nobuyuki Matubayasi
    • Organizer
      科学研究費補助金 新学術領域研究「水を主役としたATPエネルギー変換」第4回全体会議
    • Place of Presentation
      岩沼屋(仙台市太白区秋保)
    • Year and Date
      2012年3月7~9日
  • [Presentation] Solvation free-energy analysis of F1-motor protein

    • Author(s)
      Toru Ekimoto and Nobuyuki Matubayasi
    • Organizer
      科学研究費補助金 新学術領域研究「水を主役としたATPエネルギー変換」第4回全体会議
    • Place of Presentation
      岩沼屋(仙台市太白区秋保)
    • Year and Date
      2012年3月7~9日
  • [Presentation] Free-energy analysis of cosolvent effects of urea and its derivative on amino-acid analogs

    • Author(s)
      Kai-min Tu, Yasuhito Karino, Shun Sakuraba, and Nobuyuki Matubayasi
    • Organizer
      科学研究費補助金 新学術領域研究「水を主役としたATPエネルギー変換」第4回全体会議
    • Place of Presentation
      岩沼屋(仙台市太白区秋保)
    • Year and Date
      2012年3月7~9日
  • [Presentation] The chloride ion uptake mechanism in halorhodopsin as studied by the energy representation

    • Author(s)
      Hiroyuki Tamura, Shuntaro Chiba, Shun Sakuraba, Nobuyuki Matubayasi, and Minoru Sakurai
    • Organizer
      科学研究費補助金 新学術領域研究「水を主役としたATPエネルギー変換」第4回全体会議
    • Place of Presentation
      岩沼屋(仙台市太白区秋保)
    • Year and Date
      2012年3月7~9日
  • [Presentation] Structural Characteristics of Yeast F1-ATPase before and after 16° Rotation of the Gamma Subunit: Theoretical Analysis Focued on Water Entropy Effect

    • Author(s)
      Takashi Yoshidome, Yuko Ito, Nobuyuki Matubayasi, Mitsunori Ikeguchi, and Masahiro Kinoshita
    • Organizer
      科学研究費補助金 新学術領域研究「水を主役としたATPエネルギー変換」第4回全体会議
    • Place of Presentation
      岩沼屋(仙台市太白区秋保)
    • Year and Date
      2012年3月7~9日
  • [Presentation] Dielectric Relaxation of Water around a Spherical Solute

    • Author(s)
      Yoji Kubota, Akira Yoshimori, Nobuyuki Matubayasi, Makoto Suzuki, and Ryo Akiyama
    • Organizer
      科学研究費補助金 新学術領域研究「水を主役としたATPエネルギー変換」第4回全体会議
    • Place of Presentation
      岩沼屋(仙台市太白区秋保)
    • Year and Date
      2012年3月7~9日
  • [Presentation] Molecular Dynamics Simulation on Structural Characteristics of Yeast F1-ATPase before and after 16 degree Rotation of Gamma Subunit

    • Author(s)
      Yuko Ito, Takashi Yoshidome, Nobuyuki Matubayasi, Masahiro Kinoshita, and Mitsunori Ikeguchi
    • Organizer
      科学研究費補助金 新学術領域研究「水を主役としたATPエネルギー変換」第4回全体会議
    • Place of Presentation
      岩沼屋(仙台市太白区秋保
    • Year and Date
      2012年3月7~9日
  • [Presentation] エネルギー表示法を用いた自由エネルギー計算:プログラム開発と適用事例

    • Author(s)
      松林 伸幸
    • Organizer
      文部科学省「革新的ハイパフォーマンス・コンピューティング・インフラ(HPCI)の構築」プロジェクト 次世代ナノ統合シミュレーションソフトウェアの研究開発 公開シンポジウム(招待講演)
    • Place of Presentation
      ニチイ学館 神戸ポートアイランドセンター(神戸市中央区)
    • Year and Date
      2012年3月5~6日
  • [Presentation] アミノ酸アナログ及びcytochrome cに対する尿素効果の自由エネルギー解析

    • Author(s)
      狩野 康人、松林 伸幸
    • Organizer
      文部科学省「革新的ハイパフォーマンス・コンピューティング・インフラ(HPCI)の構築」プロジェクト 次世代ナノ統合シミュレーションソフトウェアの研究開発 公開シンポジウム
    • Place of Presentation
      ニチイ学館 神戸ポートアイランドセンター(神戸市中央区)
    • Year and Date
      2012年3月5~6日
  • [Presentation] エネルギー分布関数を用いた自由エネルギーの厳密計算

    • Author(s)
      櫻庭 俊、松林 伸幸
    • Organizer
      文部科学省「革新的ハイパフォーマンス・コンピューティング・インフラ(HPCI)の構築」プロジェクト 次世代ナノ統合シミュレーションソフトウェアの研究開発 公開シンポジウム
    • Place of Presentation
      ニチイ学館 神戸ポートアイランドセンター(神戸市中央区)
    • Year and Date
      2012年3月5~6日
  • [Presentation] F1モータータンパク質βサブユニットの水和自由エネルギー計算と解析

    • Author(s)
      浴本 亨、松林 伸幸
    • Organizer
      文部科学省「革新的ハイパフォーマンス・コンピューティング・インフラ(HPCI)の構築」プロジェクト 次世代ナノ統合シミュレーションソフトウェアの研究開発 公開シンポジウム
    • Place of Presentation
      ニチイ学館 神戸ポートアイランドセンター(神戸市中央区)
    • Year and Date
      2012年3月5~6日
  • [Presentation] 2-アミノエタノール(MEA)水溶液のカーバメート生成反応の自由エネルギー計算

    • Author(s)
      窪田 善之、古川 博敏、櫻庭 俊、狩野 康人、松林 伸幸
    • Organizer
      文部科学省「革新的ハイパフォーマンス・コンピューティング・インフラ(HPCI)の構築」プロジェクト 次世代ナノ統合シミュレーションソフトウェアの研究開発 公開シンポジウム
    • Place of Presentation
      ニチイ学館 神戸ポートアイランドセンター(神戸市中央区)
    • Year and Date
      2012年3月5~6日
  • [Presentation] 分子動力学計算によるCO2化学吸収液の解析

    • Author(s)
      古川 博敏、窪田 善之、狩野 康人、櫻庭 俊、松林 伸幸
    • Organizer
      文部科学省「革新的ハイパフォーマンス・コンピューティング・インフラ(HPCI)の構築」プロジェクト 次世代ナノ統合シミュレーションソフトウェアの研究開発 公開シンポジウム
    • Place of Presentation
      ニチイ学館 神戸ポートアイランドセンター(神戸市中央区)
    • Year and Date
      2012年3月5~6日
  • [Presentation] 自由エネルギー計算を活用した高分子電解質の物質透過性の研究

    • Author(s)
      川上 智教、茂本 勇、松林 伸幸
    • Organizer
      文部科学省「革新的ハイパフォーマンス・コンピューティング・インフラ(HPCI)の構築」プロジェクト 次世代ナノ統合シミュレーションソフトウェアの研究開発 公開シンポジウム
    • Place of Presentation
      ニチイ学館 神戸ポートアイランドセンター(神戸市中央区)
    • Year and Date
      2012年3月5~6日
  • [Presentation] 分子動力学計算による2-アミノエタノール水溶液中でのカーバメート生成反応

    • Author(s)
      窪田 善之、古川 博敏、狩野 康人、櫻庭 俊、松林 伸幸
    • Organizer
      電気化学会第79回大会
    • Place of Presentation
      アクトシティ浜松 (浜松市中区板屋町111-1)
    • Year and Date
      2012年3月29~31日
  • [Presentation] Extended Concept of Solvation toward Unified Treatment of Molecular Binding in Weakly Ordered Systems

    • Author(s)
      Nobuyuki Matubayasi
    • Organizer
      The 2nd AICS (Advanced Institute for Computational Science) International Symposium(招待講演)
    • Place of Presentation
      RIKEN Advanced Institute for Computational Science (神戸)
    • Year and Date
      2012年3月1~2日
  • [Presentation] Free-energy analysis of urea effect on protein

    • Author(s)
      Yasuhito Karino and Nobuyuki Matubayasi
    • Organizer
      The 2nd AICS (Advanced Institute for Computational Science) International Symposium
    • Place of Presentation
      RIKEN Advanced Institute for Computational Science (神戸)
    • Year and Date
      2012年3月1~2日
  • [Presentation] Free-Energy Analysis of Solvation in the Energetic Perspective

    • Author(s)
      Nobuyuki Matubayasi
    • Organizer
      The International Conference on Statistical Mechanics of Liquids: From Water to Biomolecules
    • Place of Presentation
      自然科学研究機構 岡崎コンファレンスセンター (愛知県岡崎市)
    • Year and Date
      2012年2月13~14日
  • [Presentation] ポリモルフから生起する分子集団機能

    • Author(s)
      松林 伸幸
    • Organizer
      HPCI戦略プログラム 分野2「新物質・エネルギー創成」 第2回計算物質科学イニシアティブ(CMSI)研究会
    • Place of Presentation
      東北大学 金属材料研究所 (仙台)
    • Year and Date
      2012年1月30~31日
  • [Presentation] エネルギー分布関数を用いた自由エネルギーの厳密計算

    • Author(s)
      櫻庭 俊、松林 伸幸
    • Organizer
      HPCI戦略プログラム 分野2「新物質・エネルギー創成」 第2回計算物質科学イニシアティブ(CMSI)研究会
    • Place of Presentation
      東北大学 金属材料研究所 (仙台)
    • Year and Date
      2012年1月30~31日
  • [Presentation] ermodを用いた凝縮系の自由エネルギー計算

    • Author(s)
      松林 伸幸
    • Organizer
      文部科学省「革新的ハイパフォーマンス・コンピューティング・インフラ(HPCI)の構築」 次世代ナノ統合シミュレーションソフトウェアの研究開発 第2回次世代ナノ統合シミュレーションソフトウェア説明会(招待講演)
    • Place of Presentation
      学士会館 (東京)
    • Year and Date
      2012年1月26日
  • [Book] 巨大分子系の計算化学 超大型計算機時代の理論化学の新展開 11章 超臨界水と脂質膜2012

    • Author(s)
      松林 伸幸
    • Total Pages
      201
    • Publisher
      化学同人

URL: 

Published: 2013-07-10  

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