• Search Research Projects
  • Search Researchers
  • How to Use
  1. Back to project page

2012 Fiscal Year Research-status Report

水が誘起するタンパク質エネルギーゆらぎのパスウェイ解析

Research Project

Project/Area Number 23651202
Research InstitutionKyoto University

Principal Investigator

松林 伸幸  京都大学, 化学研究所, 准教授 (20281107)

Keywordsゆらぎ / パスウェイ / 自由エネルギー / 分子シミュレーション / 分布関数 / 構造エネルギー / 生体分子 / 相関
Research Abstract

タンパク質の構造ゆらぎに応じて、タンパク質の分子内構造エネルギーと溶媒和自由エネルギーもゆらぐ。これらのエネルギーゆらぎを、残基ごと・2次構造ごとに局所分割し、局所エネルギーゆらぎの相関解析を行うことが本研究の目的である。本年度は、horse heart cytochrome cの全原子分子動力学シミュレーション(MD)から、固定配座データを取り出し、各配座における溶媒和自由エネルギーを全原子モデルで計算した。溶媒は、純水だけではなく、尿素ー水混合溶媒を用いた.力場(モデルポテンシャル関数)は、通常のAMBERであり、自由エネルギー計算はエネルギー表示法を用いた。前年度は、分子内エネルギー(構造エネルギー)と水和自由エネルギーの相関を調べ、相関係数が-1であることを見出した。タンパク質分子構造のゆらぎが、水和によって誘起・補償されることを示す結果である。これに対して、本年度は、溶媒が純水から尿素ー水混合溶媒に変わった際の溶媒和自由エネルギーの変化(移行自由エネルギー)を対象とした。前年度の場合は、水和自由エネルギーと水和の静電相互作用の間に、線形応答的な相関関係が成り立つことを見出した。これに対して、純水から尿素ー水混合溶媒への移行の場合には、van der Waals相互作用が支配的な相関因子であることを明らかにした。また、相関係数は、純水の場合と同様に 1 に近かったが、相関プロットの傾きは、線形応答値から大きくずれていた。自由エネルギーを、タンパク質の構造単位(残基など)ごとの寄与に分割することは難しいが、エネルギーの分割は容易である。上記の相関解析によって、純水から尿素ー水混合溶媒への移行の場合にも、自由エネルギーとエネルギーの線形性が明らかになった。エネルギーゆらぎの局所分割を、移行に関わる差の量についても、同様の手法で解析可能であることを担保する結果である。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

これまでに、horse heart cytochrome cの分子動力学シミュレーション(MD)を常温常圧で、純水および尿素ー水混合溶媒の2種類の溶媒中で行い、数百点の配座データを取り出してきた。次いで、純水だけではなく、
尿素ー水混合溶媒でも、エネルギー表示法による溶媒和自由エネルギーの全原子計算を行った。水も尿素分子も、原子レベルで考慮する計算である。タンパク質の自由エネルギー計算は巨大計算と呼ぶべきものであり、特に本研究では、純水と尿素ー水混合溶媒との間の溶媒和自由エネルギーの差(移行自由エネルギー)の計算が必要とされるため、精度の高い計算が必要となった。精度を上げるためには、長時間の計算が必要となり、そのためには、高速の計算が必要となる。このために、エネルギー表示法による自由エネルギー計算プログラムの改良を行った。また、数百に及ぶ配座での溶媒和自由エネルギーの計算を行うために、計算の自動化にも注力した。上記のプログラム開発および計算は、予定通りのスケジュールで進行した。また、申請時予定では、溶媒和自由エネルギーをタンパク質構造単位(残基など)の寄与に分割する予定であった。純水中での水和自由エネルギーが、水和エネルギーと強い相関を持つことを見出したことに続いて、純水から尿素ー水混合溶媒への移行自由エネルギーも、移行に伴う溶媒和エネルギーの変化と強い相関を持つことが分った。当初予想には無かった結果であるが、解析を簡略化することができることを意味する。純水から尿素ー水混合溶媒への移行の場合、van der Waals相互作用が支配的であり、特に有力な分割法が見出されているわけでは無い。これは、計算量がまだ不十分であることによるものなのか、相互作用の本質に関わる問題なのかは、未だ明らかでは無い。この点を、最終年度に考究することは、ほぼ予定通りである。

Strategy for Future Research Activity

溶媒和自由エネルギーと溶媒和エネルギーの相関関係に則って、溶媒和エネルギーの方を軸として、2次元エネルギー相関の解析を進める。2種類の解析を行っている。第1種は、タンパク質内の部分構造エネルギー間の相関を経由して、最後も、タンパク質内の部分構造エネルギー間の相関となるものである。第2種は、最後が、部分構造エネルギーと部分溶媒和エネルギーの相関を用いて、溶媒につながるものである。第1種は分子内ゆらぎによるエネルギー移動、第2種は、溶媒とのエネルギーのやり取りによるエネルギー移動を記述する。溶媒和自由エネルギーと溶媒和エネルギーの直線関係を見出したことによって、第2種の解析が簡略化されている。最終年度は、純水から尿素ー水混合溶媒への移行に焦点を絞り、移行量を対象として、第2種の解析を行う。元となる計算量は、2次元のエネルギー相関を記述する共分散行列である。現在のところ、共分散行列の精度が十分ではなく、計算をさらに長時間化して、誤差を少なくする必要がある。その上で、独立成分分析および独立空間分析のような統計手法のエネルギー版を用いた解析を行う。これらの手法は、これまで空間座標のゆらぎに対して適用されてきたものであるが、元々の定式化からして、空間座標のゆらぎのみに適用が限定されるものでは無い。アルゴリズムは、エネルギーゆらぎでも空間座標ゆらぎでも同様である。次元の高い解析になるため、解析プログラムを並列化・高速化する必要がある。見出されるパスウェイは1種類ではない可能性があるが、重み付けは独立成分分析および独立空間分析の枠内で行う。当初予定の通り、cytochrome cタンパク質を対象として、全原子モデルを用いるという立場もそのままで、移行量(純水中での量と尿素ー水混合溶媒中での量の差)の解析を行う。

Expenditure Plans for the Next FY Research Funding

計算をより大規模に行うために、16コアの計算サーバーを購入予定である。納入は、秋までを考えている。また、大量のトラジェクトリデータを保存するためのハードディスクを消耗品として購入し、さらに、研究打合せのための旅費を使用することを予定している。新規購入の計算サーバーは、RAID システム搭載型として、データの安全性を担保する。既存のファイルサーバーにも連結することで、これまでのデータと一括して取り扱うことを可能にする。プログラミングとシステム管理補助には大学院生1名と共同して行う。

  • Research Products

    (24 results)

All 2013 2012

All Journal Article (17 results) (of which Peer Reviewed: 17 results) Presentation (7 results) (of which Invited: 7 results)

  • [Journal Article] High-Energy X-ray Diffraction Study on the Intramolecular Structure of 2-Aminoethanol in the Liquid State2013

    • Author(s)
      Y. Kameda, H. Deguchi, Y. Kubota, H. Furukawa, Y. Yagi, Y. Imai, M. Tatsumi, N. Yamazaki, N. Watari, T. Hirata, N. Matubayasi
    • Journal Title

      Bull. Chem. Soc. Japan

      Volume: 86 Pages: 99-103

    • DOI

      10.1246/bcsj.20120222

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Free-energy analysis of lysozyme–triNAG binding modes with all-atom molecular dynamics simulation combined with the solution theory in the energy representation2013

    • Author(s)
      K. Takemura, R. R. Burri, T. Ishikawa, T. Ishikura, S. Sakuraba, N. Matubayasi, K. Kuwata, and A. Kitao
    • Journal Title

      Chem. Phys. Lett

      Volume: 559 Pages: 94-98

    • DOI

      10.1016/j.cplett.2012.12.063

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] A theoretical study of the two binding modes between lysozyme and tri-NAG with an explicit solvent model based on the fragment molecular orbital method2013

    • Author(s)
      T. Ishikawa, R. R. Burri, Y. O. Kamatari, S. Sakuraba, N. Matubayasi, A. Kitao, and K. Kuwata
    • Journal Title

      Phys. Chem. Chem. Phys

      Volume: 15 Pages: 3646-3654

    • DOI

      10.1039/c3cp42761g

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Interaction-component analysis of the urea effect on amino acid analogs Solvent2013

    • Author(s)
      Y. Karino and N. Matubayasi
    • Journal Title

      Phys. Chem. Chem. Phys

      Volume: 15 Pages: 4377-4391

    • DOI

      10.1039/c3cp43346c

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Solvent Effect on Pathways and Mechanisms for D-Fructose Conversion to 5-Hydroxymethyl-2- furaldehyde: In Situ 13C NMR Study2013

    • Author(s)
      H. Kimura, M. Nakahara, and N. Matubayasi
    • Journal Title

      J. Phys. Chem. A

      Volume: 117 Pages: 2102-2113

    • DOI

      10.1021/jp312002h

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Molecular Dynamics Simulations of Yeast F1-ATPase before and after 16-deg Rotation of the gamma Subunit2013

    • Author(s)
      Y. Ito, T. Yoshidome, N. Matubayasi, M. Kinoshita, and M. Ikeguchi
    • Journal Title

      J. Phys. Chem. B

      Volume: 117 Pages: 3298-3307

    • DOI

      10.1021/jp312499u

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Effect of heavy hydrogen isotopes on the vibrational line shape for supercritical water through rotational couplings2013

    • Author(s)
      K. Yoshida, N. Matubayasi, Y. Uosaki, and M. Nakahara
    • Journal Title

      J. Chem. Phys

      Volume: 138 Pages: 134508-1-12

    • DOI

      10.1063/1.4798933

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Free-Energy and Structural Analysis of Ion Solvation and Contact Ion-Pair Formation of Li+ with BF4- and PF6- in Water and Carbonate Solvents2012

    • Author(s)
      M. Takeuchi, N. Matubayasi, Y. Kameda, B. Minofar, S. Ishiguro, and Y. Umebayashi
    • Journal Title

      J. Phys. Chem. B

      Volume: 116 Pages: 6476-6487

    • DOI

      10.1021/jp3011487

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] A possible molecular mechanism for the pressure reversal of general anaesthetics: aggregation of halothane in POPC bilayers at high pressure2012

    • Author(s)
      K. M. Tu, N. Matubayasi, K. K. Liang, I. T. Todorov, S. L. Chan, and P.-L. Chau
    • Journal Title

      Chem. Phys. Lett.

      Volume: 543 Pages: 148-154

    • DOI

      10.1016/j.cplett.2012.06.044

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Interaction of naphthalene derivatives with lipid in membrane studied by 1H-nuclear Overhauser effect and molecular dynamics simulation2012

    • Author(s)
      M. Shintani, Y. Matsuo, S. Sakuraba, and N. Matubayasi
    • Journal Title

      Phys. Chem. Chem. Phys.

      Volume: 14 Pages: 14049-14060

    • DOI

      10.1039/c2cp41984j

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structural characteristics of yeast F1-ATPase before and after 16-degree rotation of the gamma subunit: Theoretical analysis focused on the water-entropy effect2012

    • Author(s)
      T. Yoshidome, Y. Ito, N. Matubayasi, M. Ikeguchi, and M. Kinoshita
    • Journal Title

      J. Chem. Phys.

      Volume: 137 Pages: 035102-1-8

    • DOI

      10.1063/1.4734298

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Noncatalytic Hydrothermal Elimination of the Terminal D-Glucose Unit from Malto- and Cello- Oligosaccharides through Transformation to D-Fructose2012

    • Author(s)
      H. Kimura, M. Nakahara, and N. Matubayasi
    • Journal Title

      J. Phys. Chem. A

      Volume: 116 Pages: 10039-10049

    • DOI

      10.1021/jp3034165

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Nuclear magnetic resonance study on rotational dynamics of water and benzene in a series of ionic liquids: Anion and cation effects2012

    • Author(s)
      H. Kimura, Y. Yasaka, M. Nakahara, and N. Matubayasi
    • Journal Title

      J. Chem. Phys.

      Volume: 137 Pages: 194503-1-10

    • DOI

      10.1063/1.4766258

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Density effect on infrared spectrum for supercritical water in the low- and medium-density region studied by molecular dynamics simulation2012

    • Author(s)
      K. Yoshida, N. Matubayasi, Y. Uosaki, and M. Nakahara
    • Journal Title

      J. Chem. Phys.

      Volume: 137 Pages: 194506-1-10

    • DOI

      10.1063/1.4767352

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Evaluation of protein-protein docking model structures using all-atom molecular dynamics simulations combined with the solution theory in the energy representation2012

    • Author(s)
      K. Takemura, H. Guo, S. Sakuraba, N. Matubayasi, and A. Kitao
    • Journal Title

      J. Chem. Phys.

      Volume: 137 Pages: 215105-1-10

    • DOI

      10.1063/1.4768901

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Molecular dynamics study of fast dielectric relaxation of water around a molecular-sized ion2012

    • Author(s)
      Y. Kubota, A. Yoshimori, N. Matubayasi, M. Suzuki, and R. Akiyama
    • Journal Title

      J. Chem. Phys.

      Volume: 137 Pages: 224502-1-4

    • DOI

      10.1063/1.4769972

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Free-energy analysis of water affinity in polymer studied by atomistic molecular simulation combined with the theory of solutions in the energy representation2012

    • Author(s)
      T. Kawakami, I. Shigemoto, and N. Matubayasi
    • Journal Title

      J. Chem. Phys.

      Volume: 137 Pages: 234903-1-9

    • DOI

      10.1063/1.4770334

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Interaction-component analysis of hydration and cosolvent effects on protein structure2013

    • Author(s)
      Nobuyuki Matubayasi
    • Organizer
      International Mini-Workshop on the Coupled Effects of Water, ATP, and Osmolyte on Bio-Related Systems
    • Place of Presentation
      仙台市青葉区 ホテルモントレー
    • Year and Date
      20130306-20130306
    • Invited
  • [Presentation] Free-energy analysis of water and cosolvent effects on functional molecules in solution2012

    • Author(s)
      Nobuyuki Matubayasi
    • Organizer
      RCAS Thursday Seminar
    • Place of Presentation
      台北、台湾
    • Year and Date
      20121213-20121213
    • Invited
  • [Presentation] Free-energy analysis of water and cosolvent effects on biomolecules in the energetic perspective2012

    • Author(s)
      Nobuyuki Matubayasi
    • Organizer
      Mini-Symposium on Modeling, Simulation and Function of Biomolecular Assemblies(
    • Place of Presentation
      東京大学 伊藤国際学術研究センター
    • Year and Date
      20121109-20121109
    • Invited
  • [Presentation] 拡張型の溶媒和概念に基づくソフト分子集団の自由エネルギー解析2012

    • Author(s)
      松林 伸幸
    • Organizer
      第2回CSJ化学フェスタ2012
    • Place of Presentation
      東京工業大学 大岡山キャンパス
    • Year and Date
      20121015-20121015
    • Invited
  • [Presentation] Effects of water and cosolvents on functional molecules in solution2012

    • Author(s)
      Nobuyuki Matubayasi
    • Organizer
      EMLG/JMLG Annual Meeting 2012 "Molecular association in fluid phases and at fluid interfaces"
    • Place of Presentation
      Eger, Hungary
    • Year and Date
      20120905-20120909
    • Invited
  • [Presentation] 拡張型の溶媒和概念に基づく均一・不均一溶液系の自由エネルギー解析2012

    • Author(s)
      松林 伸幸
    • Organizer
      第72回分析化学討論会
    • Place of Presentation
      鹿児島大学工学部 郡元キャンパス
    • Year and Date
      20120519-20120520
    • Invited
  • [Presentation] Extended Concept of Solvation toward Unified Understandings of Molecular Binding in Weakly Ordered Systems2012

    • Author(s)
      Nobuyuki Matubayasi
    • Organizer
      JST International Symposium on Multi-scale Simulation of Condensed-phase Reacting Systems
    • Place of Presentation
      名古屋大学 東山キャンパス ESホール
    • Year and Date
      20120510-20120512
    • Invited

URL: 

Published: 2014-07-24  

Information User Guide FAQ News Terms of Use Attribution of KAKENHI

Powered by NII kakenhi