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2011 Fiscal Year Annual Research Report

生体超分子の立体構造および電子構造の統合的決定技術の開発

Research Project

Project/Area Number 23654129
Research InstitutionUniversity of Hyogo

Principal Investigator

舘野 賢  兵庫県立大学, 大学院・生命理学研究科, 教授 (40291926)

Project Period (FY) 2011-04-28 – 2012-03-31
Keywords電子構造計算 / 生体高分子 / 電子密度 / ab initio計算 / 構造精密化 / 計算科学 / X線結晶構造解析 / タンパク質
Research Abstract

近年,生体高分子のX線結晶構造解析の精度が飛躍的に向上し,活性中心における外殻電子の軌道自体を実験的に求める試みも見られる。本研究では,非経験的電子構造計算の結果を用いて,回折実験データとの比較を理論的に行うことにより,生体高分子の活性中心の立体構造と電子構造の双方を最良の精度で獲得し得る解析法の開発を初めて試みた。そのための理論スキームを開発し,それを実装した計算システムの主要部分を構築することにより,解析法の妥当性・実現性を評価するのが本研究の目的である。初期座標(例えば,通常の構造精密化による原子座標)から電子密度を計算し,回折実験による電子密度との比較を行い,両者がより良く一致するように原子座標を移動した後,電子構造計算を再度実行する。これを繰り返して,最終的にふたつの電子密度分布をベストフィットさせる。このアルゴリズムの詳細の構築と実装を行い,実験データに適用した。その結果,座標の更新法や計算結果と実験データとの比較法などに,理論的工夫を要することが分かった。すなわち,現在の高精度な回折データの多くは1.5A前後の解像度であり,この領域では実験データに含まれる誤差の適切な評価・処理技術が,データの比較精度を向上させるために不可欠である。この問題は0.5Aレベルの高解像度のデータを用いることによって回避できると考えられるが,本研究では現在の主たる解像度領域の実験データ(中解像度)に対する適用を目指した。そこで,電子密度分布にこうした系統的な実験誤差を仮定し計算結果をフィットさせるための新たな理論の構築をさらに行った。本研究の結果により,当初の構想の実現が十分に可能であると考えられる。それには上述の点などがキーとなる。このように本研究により,生体高分子においても回折データに基づいて超精密電子構造を自動的かつ正確に獲得するための技術開発へと展開するための基盤が構築されたと考えられる。

  • Research Products

    (10 results)

All 2012 2011

All Journal Article (3 results) (of which Peer Reviewed: 3 results) Presentation (5 results) Book (2 results)

  • [Journal Article] Biological applications of hybrid quantum mechanics/molecular mechanics calculation2012

    • Author(s)
      Jiyoung Kang, Yohsuke Hagiwara, and Masaru Tateno
    • Journal Title

      J. Biomed. Biotech.

      Volume: 2012 Pages: 236157

    • DOI

      DOI:10.1155/2012/236157

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] A theoretical investigation of the functional role of the axial methionine ligand of the Cu_A site in cytochrome c oxidase2011

    • Author(s)
      Jiyoung Kang, Hiori Kino, and Masaru Tateno
    • Journal Title

      Biochim. Biophys. Acta Bioenerg.

      Volume: 1807 Pages: 1314-27

    • DOI

      DOI:10.1016/j.bbabio.2011.06.014

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] コンピュータ・シミュレーションによる生体触媒反応機構の研究2011

    • Author(s)
      姜志〓, 萩原陽介, 舘野賢
    • Journal Title

      応用物理

      Volume: 80 Pages: 610-614

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Computational investigation of functional role of axial methionine ligand of Cu_A site in cytochrome c oxidases2011

    • Author(s)
      Jiyoung Kang, 舘野賢
    • Organizer
      第34回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      パシフィコ横浜(神奈川県)
    • Year and Date
      20111214-20111215
  • [Presentation] シトクロム酸化酵素のCu_AサイトにおけるCu配位Met残基の機能的役割2011

    • Author(s)
      Jiyoung Kang, 舘野賢
    • Organizer
      第84回日本生化学会大会
    • Place of Presentation
      国立京都国際会館(京都府)
    • Year and Date
      2011-09-24
  • [Presentation] シトクロム酸化酵素のHeme ae及びCu_Bサイトにおける電子構造の解析2011

    • Author(s)
      枩岡享, Jiyoung Kang, 舘野賢
    • Organizer
      第84回日本生化学会大会
    • Place of Presentation
      国立京都国際会館(京都府)
    • Year and Date
      2011-09-24
  • [Presentation] A computational study of functional role of axial methionine ligand of Cu_A site in cytochro me c oxidase2011

    • Author(s)
      Jiyoung Kang, Masaru Tateno
    • Organizer
      第49回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      兵庫県立大学・姫路書写キャンパス(兵庫県)
    • Year and Date
      2011-09-17
  • [Presentation] Theoretical and computational quantum structural biology for understanding functional mechanisms of biological macromolecular systems2011

    • Author(s)
      Masaru Tateno, Jiyoung Kang, Ryo Nakaki
    • Organizer
      第49回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      兵庫県立大学・姫路書写キャンパス(兵庫県)
    • Year and Date
      2011-09-17
  • [Book] Some Applications of Quantum Mechanics2012

    • Author(s)
      Jiyoung Kang, Yohsuhe Hagiwara, Masaru Tateno
    • Total Pages
      359-384
    • Publisher
      INTECH
  • [Book] 密度汎関数理論の発展とマテリアルデザインへの応用2011

    • Author(s)
      萩原陽介, 姜志〓, 舘野賢
    • Total Pages
      327-344
    • Publisher
      シュプリンガージャパン

URL: 

Published: 2013-06-26  

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