2013 Fiscal Year Annual Research Report
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23657063
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| Research Institution | Kanazawa University |
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Principal Investigator |
西山 智明 金沢大学, 学際科学実験センター, 助教 (50390688)
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| Keywords | 全ゲノム解析 / 系統解析 |
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| Research Abstract |
ストレプトファイツ類は陸上植物と、陸上植物に近縁なシャジクモ藻類を含む分類群であるが、特に陸上植物に最も近縁な藻類が何であるか、陸上植物の最初の分岐はどういう順であったかについて諸説があり、定説が定まっていない。
本研究では、一種の生物を徹底的に解析するゲノム科学と、一部特定領域だけを多種間比較する系統学を融合し、ゲノムワイド系統解析手法の確立を目指す。新型シークエンサーを用いて、画期的に高スループット低コストで、系統解析に用いる事ができるデータを取得する方法を開発し、陸上植物の基部系統という難題の解決を目指した。
当初、RNA-seqデータを中心に解析すること目指していたが、比較的ゲノムサイズが小さい生物については、全ゲノムを決定したほうがかえって効率が良い可能性が高まり、タイ類の基部で分岐したオオホウキゴケJungermannia infuscaについてPaired-end library, Mate-pairライブラリーを作製しシーケンシングを行った。
オオホウキゴケについては、Total scaffold 383 Mb, Scaffold N50 245 kb, Contig N50 14kbのアセンブリーが得られた。CEGMAによる超保存的248遺伝子の評価でも、complete 91%, partial 95%に達した。
RNA-seqのデータと合わせて、全ゲノムのアノテーションと系統解析につなげる予定である。
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