診断に検討課題が残る欧米発ゲノムワイド関連解析結果への日本人症例解析での理解深化

2012 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 23659160
• Research Institution: Kyoto Prefectural University of Medicine
• Principal Investigator: 田代 啓 京都府立医科大学, 医学(系)研究科(研究院), 教授 (10263097)
• Keywords: 遺伝子 / 落屑緑内障 / GWAS

Research Abstract

１．サンプルの収集：2010年に欧米のグループが発表した原発開放隅角緑内障の大規模ゲノムワイド関連解析には、落屑緑内障のマーカーとして既に同定されていたLOXL1が含まれていた。このことは、ケースコントコール解析における「症例群」のサンプル中に、原発開放隅角緑内障と鑑別判断が難しい落屑緑内障が20％程度混入していると強く疑われた。落屑緑内障は瞳孔縁、水晶体表面に特徴的な偽落屑物質が認められる偽落屑症候群によって発症する続発性の緑内障で、70歳以上に多発し、高齢者の失明原因として重要な疾患である。本学緑内障専門外来では視野異常をきたしている緑内障症例のうち、瞳孔縁、水晶体嚢に付着する落屑物質を生体顕微鏡で確認し、さらに隅角検査の色素高位付着を参考に、熟練した緑内障専門医が厳密に診断を行った。落屑緑内障患者から研究協力の書面による同意を得て血液を採取した。すべての検体は匿名化後、DNAを抽出した。正常対照は2000人以上の協力者から研究協力の書面による同意を得て、緑内障患者と全く同じ精密検査を実施し、緑内障専門医が診察を行った上で、複数の緑内障専門医が「緑内障でない」と判定したものを正常対照群とした。さらにこの中から、問診上の緑内障家族歴のあるものを除外した。症例群同様すべての血液検体は匿名化後、DNAを抽出した。
２. 1000ＫチップによるSNPジェノタイプの情報の取得:落屑緑内障症例200例、正常対照群800例のジェノタイピングを実施した。ジェノタイピングはアフィメトリックス社のGenome-Wide Human Array　6.0システムを用いて、ヒト全ゲノムにわたる90万個以上のSNPジェノタイピングを実施した。これらの膨大なジェノタイプデータを独自の解析サーバーによりχ二乗検定を行い、LOXL1以外に落屑緑内障のマーカーと期待される新規遺伝子を同定した。

Research Products

• [Journal Article] Identification of a novel gene by whole human genome tiling array. (2013)
  • Author(s): Ishida, K., Yagi, T., Tanaka, M., Tokuda, Y., Kamoi, K., Hongo, F., Kawauchi, A., Nakano, M., Miki, T., Tashiro, K
  • Journal Title: Gene Volume: 1 Pages: 33-38
  • DOI: doi:10.1016/j.gene.2012.11.076.
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] An approach to predict the risk of glaucoma development by integrating different attribute data. (2012)
  • Author(s): Tokuda, Y., Yagi, T., Yoshii, K., Ikeda, Y., Fuwa, M., Ueno, M., Nakano, M., Omi, N., Tanaka, M., Mori, K., Kageyama, M. Nagasaki, I., Yagi, K., Kinoshita, S. and Tashiro, K.
  • Journal Title: SpringerPlus Volume: 1 Pages: 41
  • DOI: 10.1186/2193-1801-1-41
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Proteomic pattern analysis discriminates among multiple sclerosis-related disorders. (2012)
  • Author(s): Komori, M., Matsuyama, Y., Nirasawa, T., Thiele, H., Becker, M., Alexandrov, T., Saida, T., Tanaka, M., Matsuo, H., Tomimoto, H., Takahashi, R., Tashiro, K., Ikegawa, M., Kondo, T.
  • Journal Title: Ann. Neurol. Volume: 71 Pages: 614-623
  • DOI: DOI: 10.1002/ana.22633
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Cerebrospinal fluid proteomic patterns discriminate Parkinson’s diseases and multiple system atrophy. (2012)
  • Author(s): Ishigami, N., Tokuda, T., Ikegawa, M., Komori, M., Kasai, T., Kondo, T., Matsuyama, Y., Nirasawa, T., Thiele, H., Tashiro, K., Nakagawa, M.
  • Journal Title: Movement Disorders Volume: 27 Pages: 851-857
  • DOI: DOI: 10.1002/mds.24994
  • Peer Reviewed
• [Presentation] Common genetic variants of primary open-angle glaucoma in Japanese Population. (2012)
  • Author(s): Nakano M, Ikeda Y, Tokuda Y, Fuwa M, Omi N, Adachi H, Ueno M, Mori K, Kinoshita S and Tahiro K.
  • Organizer: 62nd Annual Meeting of the American Society of Human Genetics
  • Place of Presentation: Ｓａｎ Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ
  • Year and Date: 20121106-20121110
• [Presentation] Association of risk alleles of glaucoma marker SNPs with morphological characters of the optic disc (2012)
  • Author(s): Ikeda Y, Mori K, Ueno M, Imai K, Nakano M, Fuwa M, Yoshii K, Yagi Y, Tokuda Y, Tashiro K, and Kinoshita S.
  • Organizer: 10th Congress of the European Glaucoma Society
  • Place of Presentation: Ｃｏｐｅｎｈａｇｅｎ
  • Year and Date: 20120618-20120622
• [Presentation] Genome-wide association study on primary open- angle glaucoma with a 1000K gene chip. (2012)
  • Author(s): Mori K, Ikeda Y, Ueno M, Imai K, Nakano M, Touda Y, Omi N, Adachi H, Tashiro K, and Kinoshita S.
  • Organizer: Annual Meeting of the Association for Ressearch in Vision and Ophthalmology
  • Place of Presentation: Ｆｌｏｒｉｄａ
  • Year and Date: 20120506-20120510