2012 Fiscal Year Annual Research Report
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23659225
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| Research Institution | The Institute of Physical and Chemical Research |
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Principal Investigator |
池 郁生 独立行政法人理化学研究所, 実験動物開発室, 専任研究員 (40183157)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
小久保 年章 独立行政法人放射線医学総合研究所, 研究基盤センター, 課長 (10425663)
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| Keywords | CARバチルス / 肺炎病原菌 / 間質性肺炎 / マウス / ゲノムシークエンシング / 培養 / 感染 / 細胞付着機構 |
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| Research Abstract |
マウス・ラットの肺炎病原菌CARバチルスは、純培養ができず増殖や感染の機構は不明である。我々は本菌のラット分離株をVero E6細胞に加えてin vitro感染系を確立した。本菌は位相差顕鏡下で、培養細胞に付着・増殖する様態、そして細胞及び菌の死をリアルタイムに観察することができる。本研究は、本菌の細胞付着に関わる細菌側の分子候補を探索することを目的とした。
本菌のゲノム情報は16S rRNA遺伝子配列以外、全く知られていなかったため、昨年度に本菌のゲノムシークエンスを東京大学新領域創生科学研究科オーミクス情報センターの服部正平教授との共同研究として行なった。その際、培養細胞の上清を使うことにより本菌を培養細胞なしに単独で増殖させる条件を発見し、培養細胞ゲノムの混入がない高純度の菌ゲノムDNAを抽出して全長約140万塩基対のドラフトシークエンスを得た。
本年度はギャップクロージングと低クオリティ部分の再シークエンスを行い、最終的にCARバチルスの環状DNA完全配列を得ることができた(全長1,439,084塩基)。プラスミドは持っていなかった。MetaGeneAnnotatorを用いてオープンリーディングフレームを抽出し、nrデータベースを対象にBLAST解析を行ったところ、34のtRNA、１つのrRNAセット、約1,700のコード領域を確認できた。ほとんどのコード領域は既報の遺伝子との相同性が低く、CARバチルスは今までに解析された細菌ゲノムとは異なる独特のゲノムを持つと推定された。当初はRNAseqを行う予定であったが、参考にできる菌が見当たらないため、複数の培養条件における本菌の発現遺伝子を網羅的に比較することに方針を変更し、コード領域などの塩基配列からDNAチップをデザインした。今後、このDNAチップを使用して本菌の細胞付着分子に関する発現遺伝子の探索を進めていく。
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[Presentation] CARバチルスのゲノムシークエンス解析2013
Author(s)
池 郁生, 梶田亜矢子, 吉木 淳, 大久保将人, 村田武英, 大島健志朗, 服部正平, 小久保年章
Organizer
第60回日本実験動物学会総会
Place of Presentation
つくば国際会議場, 茨城県つくば市
Year and Date
20130515-20130517
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[Presentation] CAR Bacillus Single Culture2012
Author(s)
Ike F, Kajita A, Yoshiki A, Kokubo T
Organizer
5th AFLAS Congress
Place of Presentation
Bangkok International Trade & Exhibition Centre, Bangkok, Thailand
Year and Date
20121010-12
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[Presentation] Draft sequencing of rodent pneumonic CAR bacillus2012
Author(s)
Ike F, Kajita A, Yoshiki A, Okubo M, Murata T, Oshima K, Hattori M, Kokubo T
Organizer
The 11th Awaji International Forum on Infection and Immunity
Place of Presentation
Awaji Yumebutai International Conference Center, Awaji, Hyogo, Japan
Year and Date
20120911-20120914
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[Presentation] CARバチルス検査系の確立2012
Author(s)
池 郁生, 梶田亜矢子, 吉木 淳, 松下 悟, 小久保年章
Organizer
第59回日本実験動物学会総会
Place of Presentation
別府国際コンベンションセンター, 大分県別府市
Year and Date
20120524-20120526
