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2012 Fiscal Year Annual Research Report

寄生性細菌の上皮細胞付着機構に関する研究

Research Project

Project/Area Number 23659225
Research InstitutionThe Institute of Physical and Chemical Research

Principal Investigator

池 郁生  独立行政法人理化学研究所, 実験動物開発室, 専任研究員 (40183157)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 小久保 年章  独立行政法人放射線医学総合研究所, 研究基盤センター, 課長 (10425663)
KeywordsCARバチルス / 肺炎病原菌 / 間質性肺炎 / マウス / ゲノムシークエンシング / 培養 / 感染 / 細胞付着機構
Research Abstract

マウス・ラットの肺炎病原菌CARバチルスは、純培養ができず増殖や感染の機構は不明である。我々は本菌のラット分離株をVero E6細胞に加えてin vitro感染系を確立した。本菌は位相差顕鏡下で、培養細胞に付着・増殖する様態、そして細胞及び菌の死をリアルタイムに観察することができる。本研究は、本菌の細胞付着に関わる細菌側の分子候補を探索することを目的とした。
本菌のゲノム情報は16S rRNA遺伝子配列以外、全く知られていなかったため、昨年度に本菌のゲノムシークエンスを東京大学新領域創生科学研究科オーミクス情報センターの服部正平教授との共同研究として行なった。その際、培養細胞の上清を使うことにより本菌を培養細胞なしに単独で増殖させる条件を発見し、培養細胞ゲノムの混入がない高純度の菌ゲノムDNAを抽出して全長約140万塩基対のドラフトシークエンスを得た。
本年度はギャップクロージングと低クオリティ部分の再シークエンスを行い、最終的にCARバチルスの環状DNA完全配列を得ることができた(全長1,439,084塩基)。プラスミドは持っていなかった。MetaGeneAnnotatorを用いてオープンリーディングフレームを抽出し、nrデータベースを対象にBLAST解析を行ったところ、34のtRNA、1つのrRNAセット、約1,700のコード領域を確認できた。ほとんどのコード領域は既報の遺伝子との相同性が低く、CARバチルスは今までに解析された細菌ゲノムとは異なる独特のゲノムを持つと推定された。当初はRNAseqを行う予定であったが、参考にできる菌が見当たらないため、複数の培養条件における本菌の発現遺伝子を網羅的に比較することに方針を変更し、コード領域などの塩基配列からDNAチップをデザインした。今後、このDNAチップを使用して本菌の細胞付着分子に関する発現遺伝子の探索を進めていく。

  • Research Products

    (14 results)

All 2013 2012

All Journal Article (3 results) (of which Peer Reviewed: 2 results) Presentation (11 results) (of which Invited: 1 results)

  • [Journal Article] Reverse Transcription-Loop-Mediated Isothermal Amplification for the Detection of Rodent Coronaviruses2013

    • Author(s)
      Hanaki K*, Ike F, Hatakeyama R, Hirano N.
    • Journal Title

      J. Virol. Meth.

      Volume: 187 Pages: 222-227

    • DOI

      10.1016/j.jviromet.2012.10.008

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] 齧歯類のニューモシスチス感染症2012

    • Author(s)
      池 郁生
    • Journal Title

      実験動物ニュース

      Volume: 61(4) Pages: 47-50

  • [Journal Article] An On-Site Serology Monitoring System Consisting of a Multiplex Microfluidic Chip Fabricated Using the Electrospray Deposition Method for Laboratory Mice2012

    • Author(s)
      Aoki H, Kaneko A, Kajita A, Yamagata Y, Ike F*, Kase H.
    • Journal Title

      J. Chem. Eng. Jap.

      Volume: 45 Pages: 528-538

    • DOI

      10.1252/jcej.12we017

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] What is Rodent Pneumonic CAR bacillus? - From Full Genome Sequencing2013

    • Author(s)
      Ike F. Kajita A, Yoshiki A, Okubo M, Murata T, Oshima K, Hattori M and Kokubo T
    • Organizer
      12th FELASA SECAL Congress
    • Place of Presentation
      Barcelona's International Convention Center, Barcelona, Spain
    • Year and Date
      20130610-13
  • [Presentation] CARバチルスのゲノムシークエンス解析2013

    • Author(s)
      池 郁生, 梶田亜矢子, 吉木 淳, 大久保将人, 村田武英, 大島健志朗, 服部正平, 小久保年章
    • Organizer
      第60回日本実験動物学会総会
    • Place of Presentation
      つくば国際会議場, 茨城県つくば市
    • Year and Date
      20130515-20130517
  • [Presentation] Culture Method Improvement of CAR Bacillus, Rodent Pneumonic Extracellular Bacteria, by Adding Methylcellulose2013

    • Author(s)
      Ike F
    • Organizer
      第86回日本細菌学会総会
    • Place of Presentation
      幕張メッセ国際会議場, 千葉県千葉市
    • Year and Date
      20130318-20130320
  • [Presentation] Biofilm Development by Rodent Pneumonic Extracellular Bacteria2012

    • Author(s)
      Ike F and Kokubo T
    • Organizer
      Biofilms 5
    • Place of Presentation
      Espace Saint-Martin, Paris, France
    • Year and Date
      20121210-20121212
  • [Presentation] CAR Bacillus Single Culture2012

    • Author(s)
      Ike F, Kajita A, Yoshiki A, Kokubo T
    • Organizer
      5th AFLAS Congress
    • Place of Presentation
      Bangkok International Trade & Exhibition Centre, Bangkok, Thailand
    • Year and Date
      20121010-12
  • [Presentation] Microbiological Status of Japanese Mouse Colony: From RIKEN BRC monitoring results2012

    • Author(s)
      Ike F and Yoshiki A
    • Organizer
      5th AFLAS Congress
    • Place of Presentation
      Bangkok International Trade & Exhibition Centre, Bangkok, Thailand
    • Year and Date
      20121010-12
  • [Presentation] CARバチルスはなぜ孵化鶏卵で増殖するのか(1)2012

    • Author(s)
      池 郁生, 小久保年章
    • Organizer
      第154回日本獣医学会学術集会
    • Place of Presentation
      岩手大学, 岩手県盛岡市
    • Year and Date
      20120914-20120916
  • [Presentation] Draft sequencing of rodent pneumonic CAR bacillus2012

    • Author(s)
      Ike F, Kajita A, Yoshiki A, Okubo M, Murata T, Oshima K, Hattori M, Kokubo T
    • Organizer
      The 11th Awaji International Forum on Infection and Immunity
    • Place of Presentation
      Awaji Yumebutai International Conference Center, Awaji, Hyogo, Japan
    • Year and Date
      20120911-20120914
  • [Presentation] Emerging microbiological contamination and its detection techniques in mice; Information from the quarantine at a mouse bank2012

    • Author(s)
      Ike F
    • Organizer
      2012 KALAS International Symposium
    • Place of Presentation
      Lotte Buyeo Resort, Buyeo, Korea
    • Year and Date
      20120823-20120825
    • Invited
  • [Presentation] CARバチルスがどうやってバイオフィルムを形成するかの考察2012

    • Author(s)
      池 郁生, 小久保年章
    • Organizer
      第6回細菌学若手コロッセウム
    • Place of Presentation
      八王子セミナーハウス, 東京都八王子市
    • Year and Date
      20120808-20120810
  • [Presentation] CARバチルス検査系の確立2012

    • Author(s)
      池 郁生, 梶田亜矢子, 吉木 淳, 松下 悟, 小久保年章
    • Organizer
      第59回日本実験動物学会総会
    • Place of Presentation
      別府国際コンベンションセンター, 大分県別府市
    • Year and Date
      20120524-20120526

URL: 

Published: 2014-07-24  

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