2012 Fiscal Year Annual Research Report
血清中の疾患特異的なタンパク質変異の探索法開発とその可能性の実証
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23659305
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| Research Institution | Kitasato University |
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Principal Investigator |
小寺 義男 北里大学, 理学部, 准教授 (60265733)
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| Keywords | タンパク質 / 機能状態 / 血清 / 定量分析 |
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| Research Abstract |
疾患特異的な翻訳後修飾やプロテアーゼによる切断、スプライシング異常等のタンパク質の状態変化（ここでは「変異」と記述する）が様々な点で疾患に関与していることは明らかである。そこで、本研究では、独自の前処理技術と最先端の質量分析技術を組み合わせて、血清中の任意のタンパク質の変異を網羅的に分析する方法の開発を目指した。
定量分析用質量分析計 (三連四重極質量分析計)を用いたSRM (Selected Reaction Monitoring)法によって、当初目的としていたアポリポプロテインA-Iとトランスサイレチンについて、全配列の中で分析可能なアミノ酸の90％以上の酵素消化ペプチドの存在量を定量分析する方法の確立に成功した。この方法を用いて健常者血清中の両タンパク質の分析を行った結果、各部分が定量解析できていることを確認した。ただ、この方法では長期間安定した分析を行うためには安定同位体標識タンパク質が必要であるが、この安定同位体標識タンパク質の調製は費用と期間の両面から全てのタンパク質に利用することは困難である。そこで、本研究目的であるタンパク質の状態変異をさらに幅広いタンパク質に応用するため、新たな方法として、安定同位体標識法（ジメチル標識法）を用いた方法の確立を試みた。
当研究室で開発した血清タンパク質の分画抽出法（Serum Fraction法：SF法）による血清タンパク分画物SF1, SF2に対してジメチル標識法を適応して、腎細胞癌患者血清中のタンパク質の状態変化の分析を試みた。その結果、同じタンパク質にもかかわらずSF1, SF2の両方で現れているタンパク質の中の5種類のタンパク質が手術に伴って異なる変動をしていることがわかった。
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Research Products
(20 results)
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[Journal Article] Medaka fish, Oryzias latipes, as a model for human obesity-related glomerulopathy.2013
Author(s)
Ichimura K, Kawashima Y, Nakamura T, Powell R, Hidoh Y, Terai S, Sakaida I, Kodera Y, Tsuji T, Ma JX, Sakai T, Matsumoto H, Obara T.
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Journal Title
Biochem Biophys Res Commun.
Volume: 431
Pages: 712-717
Peer Reviewed
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[Journal Article] Integrated view of the human chromosome X-centric proteome project.2013
Author(s)
Yamamoto T, Nakayama K, Hirano H, Tomonaga T, Ishihama Y, Yamada T, Kondo T, Kodera Y, Sato Y, Araki N, Mamitsuka H, Goshima N.
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Journal Title
J Proteome Res.
Volume: 12
Pages: 58-61
DOI
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[Journal Article] Angiotensin-converting enzyme inhibition curbs tyrosine nitration of mitochondrial proteins in the renal cortex during the early stage of diabetes mellitus in rats.2013
Author(s)
Ishii N, Carmines PK, Yokoba M, Imaizumi H, Ichikawa T, Ikenagasa H, Kodera Y, Oh-Ishi M, Aoki Y, Maeda T, Takenaka T, Katagiri M.
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Journal Title
Clin Sci (Lond).
Volume: 124
Pages: 543-552
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] A strategy for large-scale phosphoproteomics and SRM-based validation of human breast cancer tissue samples.2012
Author(s)
Narumi R, Murakami T, Kuga T, Adachi J, Shiromizu T, Muraoka S, Kume H, Kodera Y, Matsumoto M, Nakayama K, Miyamoto Y, Ishitobi M, Inaji H, Kato K, Tomonaga T.
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Journal Title
J Proteome Res.
Volume: 11
Pages: 5311-5322
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Strategy for SRM-based verification of biomarker candidates discovered by iTRAQ method in limited breast cancer tissue samples.2012
Author(s)
Muraoka S, Kume H, Watanabe S, Adachi J, Kuwano M, Sato M, Kawasaki N, Kodera Y, Ishitobi M, Inaji H, Miyamoto Y, Kato K, Tomonaga T.
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Journal Title
J Proteome Res.
Volume: 11
Pages: 4201-4210
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Proteomic analysis of gingival crevicular fluid for discovery of novel periodontal disease markers.2012
Author(s)
Tsuchida S, Satoh M, Umemura H, Sogawa K, Kawashima Y, Kado S, Sawai S, Nishimura M, Kodera Y, Matsushita K, Nomura F.
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Journal Title
Proteomics.
Volume: 12
Pages: 2190-2202
DOI
Peer Reviewed
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[Presentation] Comprehensive approach to develop diagnostic biomarker peptides in serum –Establishment of discovery and validation methods targeting low-abundance peptides–2012
Author(s)
Yoshio Kodera,Tatsuya Saitoh,Yusuke Kawashima, Kazuyuki Sogawa, Satoru Minamida, Kazumasa Matsumoto, Masatsugu Iwamura, Shiro Baba,Tadakazu Maeda,Takeshi Tomonaga,Fumio Nomura
Organizer
HUPO 2012 11th World Congress
Place of Presentation
ボストン（USA)
Year and Date
20120909-20120913
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[Presentation] High quality method for discovery and verification of low abundance biomarker peptides in serum2012
Author(s)
"Yoshio Kodera Tatsuya Saito, Yusuke Kawashima, Satoru Minamida, Kazumasa Matsumoto, Keita Araki, Takashi Matsui, Mamoru Satoh, Fumio Nomura,Masatsugu Iwamura, Shiro Baba ,Tadakazu Maeda
Organizer
AOHUPO(Asia Oceania HUman Proteomics Organization)
Place of Presentation
北京／中国
Year and Date
20120505-20120507
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