2012 Fiscal Year Research-status Report
次世代シークエンサーによるＣ型肝炎ウイルスゲノム多様性解析法の確立
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23659407
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| Research Institution | National Institute of Infectious Diseases |
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Principal Investigator |
脇田 隆字 国立感染症研究所, ウイルス第二部, 部長 (40280789)
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| Keywords | HCV / ウイルス / 次世代シーケンス / quasispecies / インターフェロン |
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| Research Abstract |
Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）は我が国に多くのキャリアが存在する重要な感染症の原因ウイルスである。ＨＣＶはRNAウイルスでありそのゲノムは多様性に富む（quasispecies）ことが知られている。このquasispeciesのＨＣＶ感染症における意義は十分に解明されていないが、持続感染あるいは病原性に関わっていることが想定されている。ウイルスゲノムのquasispeciesに関してはこれまでのシークエンス技術では十分に解析ができなかった。本研究において飛躍的に遺伝子解析能力が向上した次世代シークエンサーを用いてウイルスゲノムのquasispecies解析法を確立することができた。次世代シークエンスを従来のPCR法と組み合わせ、HCVゲノムの多種性をウイルスゲノム全長にわたり解析する手法を開発した。その結果、HCV陽性患者の7年おいた経時血清サンプルから、３種類の独立したウイルスゲノムRNA配列を特定した。C型慢性肝炎患者の標準治療法であるインターフェロン／リバビリン(IFN/RBV)併用療法の感受性を決定する因子は複数報告されている。本研究で複数の感受性因子が一種類の配列上に共存していることが初めて確認された。従来のPCRおよびクローニング法によるコンセンサス配列を有するウイルスゲノムは患者血清中には存在しないことが判明した。さらにIFN/RBV併用療法の感受性に関与するコア70番の配列により独立した2群のウイルスゲノムが存在し、それぞれ個別に進化していることがわかった。このコア70番によるウイルスゲノム分類は他のHCV陽性患者3例でも確認することができた。このHCVの新たなquasispecies存在様式の病原性や薬剤耐性に関する意義を検討する必要がある。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
本研究により次世代シークエンスを従来のPCR法と組み合わせ、HCVゲノムの多種性をウイルスゲノム全長にわたり解析する手法を開発することができた。さらにHCVゲノムのquasispeciesの存在様式について新たな知見を得ることができた。
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| Strategy for Future Research Activity |
HCVゲノムのquasispeciesの存在様式について新たな知見を得ることができた。結果は非常に興味深いが、その一般性を確認するために追加サンプルの実験が必要となった。追加の解析を実施しないと次に予定していた機能解析実験を実施できないことが判明した。
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| Expenditure Plans for the Next FY Research Funding |
HCVゲノムのquasispeciesの存在様式が一般的かどうかをサンプル数を増やして確認する。また、同定したウイルス配列をクローニングして機能解析を実施する。
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Research Products
(7 results)
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[Journal Article] Novel cell culture-adapted genotype 2a hepatitis C virus infectious clone2012
Author(s)
Date T, Kato T, Kato J, Takahashi H, Morikawa K, Akazawa D, Murayama A, Tanaka-Kaneko K, Sata T, Tanaka Y, Mizokami M, Wakita T
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Journal Title
J Virol
Volume: 86
Pages: 10805-20
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Trans-complemented hepatitis C virus particles as a versatile tool for study of virus assembly and infection2012
Author(s)
Suzuki R, Saito K, Kato T, Shirakura M, Akazawa D, Ishii K, Aizaki H, Kanegae Y, Matsuura Y, Saito I, Wakita T, Suzuki T
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Journal Title
Virology
Volume: 432
Pages: 29-38
DOI
Peer Reviewed
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